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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003039

染色体: Chr06 坐标: 43227478-43255068 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003039
名称SmilChr06G003039
描述protein COBRA-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向43227478 - 43255068 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989770
GeneID130989770
locus_tag-
NCBI NameLOC130989770
原始查询LOC130989770

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein COBRA-like
产物protein COBRA-like
ArabidopsisAT5G60920 (COB)
COBRA-like extracellular glycosyl-phosphatidyl inositol-anchored protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836213]
identity=79.1; qcov=1.01; evalue=2.65e-124; confidence=high
RiceOs05g0386800 (BC1L4)
-
identity=77.4; qcov=0.937; evalue=3.35e-114; confidence=high
GOGO:0005886 (plasma membrane); GO:0010215 (cellulose microfibril organization); GO:0052324 (plant-type cell wall cellulose biosynthetic process)
KEGG-
PfamPF04833 (COBRA_N); PF25079 (COB_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989770

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057769851.1
2 Secreted 分泌到胞外 0.60000 XP_057769854.1
3 Cell wall 细胞壁 0.40000 XP_057769854.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769851.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769851.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:43227907 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B56,B96,C22,C8
Chr6:43228206 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C44,C62
Chr6:43228404 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B40,C34
Chr6:43228407 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B134,B27,B57
Chr6:43228423 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B41,B71
Chr6:43228580 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B121
Chr6:43228648 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B56,B96,C22,C8
Chr6:43229055 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,B47,C60
Chr6:43229075 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr6:43229104 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B41,B54,B71
Chr6:43229148 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C6
Chr6:43229148 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769851.1
453 aa
N
1
226
453
COBRA_N
COB_C
C
PF04833 COBRA_N 56-219 aa PF25079 COB_C 228-422 aa
XP_057769852.1
449 aa
N
1
224
449
COBRA_N
COB_C
C
PF04833 COBRA_N 52-215 aa PF25079 COB_C 224-418 aa
XP_057769854.1
222 aa
N
1
111
222
COBRA_N
C
PF04833 COBRA_N 52-210 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769851.1 Pfam PF04833 COBRA_N Domain 56 219 4.9e-70 235.5 COBRA N-terminal domain
XP_057769851.1 Pfam PF25079 COB_C Domain 228 422 4.8e-64 216.9 COBRA family C-terminal domain
XP_057769852.1 Pfam PF04833 COBRA_N Domain 52 215 4.8e-70 235.5 COBRA N-terminal domain
XP_057769852.1 Pfam PF25079 COB_C Domain 224 418 5.3e-64 216.8 COBRA family C-terminal domain
XP_057769854.1 Pfam PF04833 COBRA_N Domain 52 210 1.3e-62 211.3 COBRA N-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913869.1
TCTCTTTTCCACGAGCTTTGCCACCGGACACCAGGCAGTCACACTCTCTCTCTCCTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTAGACATTGCAGATCTTCAGAGGTGGTGACTTATCAAGAGAATAAGCTTCTGGTAGAAATGGGGCTCTCCTTCAGATCTCTGTTGAGAGTCACAACTCCCACAGTTTTGCTGTTGTTCTTCAGCTTCACTTCTACAGAAGCCTACGATGCGCTTGATCCTAATGGCAATATCACAATTAAGTGGGA...
XM_057913868.1
CCTTAAGTTGAGTTGTCATCTTCAATATGAAACGATCAACGCCAATTACATATTCAATAAATTCTTGGAAAATTTGCAAGCTGCACGGAAAAACAACAAGCTAACGGCCCATGTCATTTAAAAGATTAAAGTAGATGTTTAAACGCAGAAAAATGGGATCATTGTGAAAGTGATGAAGTCGAGAGTAAAATATTCAAGAATGTTACATATATGTTCAATTAATTGACTTTATTTAAAGTCTAGTGACTTCTCTTTTCCAC...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130989770
ATGGGGCTCTCCTTCAGATCTCTGTTGAGAGTCACAACTCCCACAGTTTTGCTGTTGTTCTTCAGCTTCACTTCTACAGAAGCCTACGATGCGCTTGATCCTAATGGCAATATCACAATTAAGTGGGATGTCATCACTTGGACACCCGATGGCTATGTGGCTGTTGTGACGATGTTCAACTTCCAACAATACCGTCACATTGCAGCACCTGGTTGGACTTTGGGATGGACTTGGGCGAAGAAAGAAGTGATTTGGAGCAT...
LOC130989770
ATGGGACTCTCCTTCAGATCTCTGTTGAGAGTCACAACTCCCACAGTTTTGCTGTTTTTCTTGCTCTCTTGCTTCAGCTTCACTTCTACAGAAGCCTACGATGCGCTTGATCCTAATGGCAATATCACAATTAAGTGGGATGTCATCACTTGGACACCCGATGGCTATGTGGCTGTTGTGACGATGTTCAACTTCCAACAATACCGTCACATTGCAGCACCTGGTTGGACTTTGGGATGGACTTGGGCGAAGAAAGAAGT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057769851.1
MGLSFRSLLRVTTPTVLLFFLLSCFSFTSTEAYDALDPNGNITIKWDVITWTPDGYVAVVTMFNFQQYRHIAAPGWTLGWTWAKKEVIWSMMGGQTTEQGDCSRYKGNIPHCCKKDPTVVDLLPGTPYNQQIANCCKGGVINSWGQDPNNAASSFQISVGAAGTTNKTVRVPKNFTLKAPGPGYTCGPAKIVKPTKFVTSDGRRTTQAMMTWNVTCTYSQFLAQKTPSCCVSLSSFYNDTIVPCPTCTCGCQNNLTQPGS...
XP_057769852.1
MGLSFRSLLRVTTPTVLLLFFSFTSTEAYDALDPNGNITIKWDVITWTPDGYVAVVTMFNFQQYRHIAAPGWTLGWTWAKKEVIWSMMGGQTTEQGDCSRYKGNIPHCCKKDPTVVDLLPGTPYNQQIANCCKGGVINSWGQDPNNAASSFQISVGAAGTTNKTVRVPKNFTLKAPGPGYTCGPAKIVKPTKFVTSDGRRTTQAMMTWNVTCTYSQFLAQKTPSCCVSLSSFYNDTIVPCPTCTCGCQNNLTQPGSCVNP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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