Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G003043`

染色体: Chr06 坐标: 43276520-43279581 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G003043`
名称	SmilChr06G003043
描述	receptor-like protein kinase FERONIA
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	43276520 - 43279581 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989773`
GeneID	`130989773`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989773`
原始查询	`LOC130989773`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	receptor-like protein kinase FERONIA
产物	receptor-like protein kinase FERONIA
Arabidopsis	`AT3G51550` (FER) Malectin/receptor-like protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824318] identity=49.3; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0333200` (DRUS1) - identity=49; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF12819 (Malectin_like)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989773

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	1.00000	`XP_057769857.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057769857.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057769857.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057769857.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057769857.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:43276771`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B41,B54,B71
`Chr6:43277087`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B122,B137,C41,C63
`Chr6:43277089`	`AGT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	4	B122,B137,C41,C63
`Chr6:43277089`	`AGT`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	4	B122,B137,C41,C63
`Chr6:43277092`	`T`	`TCA`	2bp_insertion	frameshift_variant	4	B122,B137,C41,C63
`Chr6:43277092`	`T`	`TCA`	2bp_insertion	CDS_variant	4	B122,B137,C41,C63
`Chr6:43277101`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B122,B137,C41,C63
`Chr6:43277104`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	B122,B137,C28,C41,C63
`Chr6:43277104`	`TA`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	5	B122,B137,C28,C41,C63
`Chr6:43277109`	`AAG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	5	B122,B137,C28,C41,C63
`Chr6:43277109`	`AAG`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	5	B122,B137,C28,C41,C63
`Chr6:43277149`	`A`	`AAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	7	B122,B137,B3,C41,C59,C63,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769857.1

884 aa

442

884

Malectin_like

Pkinase

PK_Tyr_Ser-Thr

PF12819 Malectin_like 39-407 aa PF00069 Pkinase 530-797 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 530-800 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057769857.1`	Pfam	`PF12819`	Malectin_like	Domain	39	407	3.6e-28	99.5	Malectin-like domain
`XP_057769857.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	530	797	3.8e-42	145.2	Protein kinase domain
`XP_057769857.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	530	800	1.8e-47	162.6	Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057913874.1
AAATGGTTTTGATTCGAGATCCTGAACTGCCGAGCCGATTACTAAAGTCTTCTACAATGGTCGTCTTGGTGGGCCACACTAAAGTTACCCGAAAGACATGATTCATATAACTATAACGCCATTGACTTCATCCCAAGTCTTTGGCAGCACTTGTTTATCTTTTCAATTTCCACACACTTCAATTTAATTGCCTCAAATCTGCTAAACAAGGCCCTTACTCACTACAACGATGATGTCCCACGCTCTTTCTCTTCACCTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989773
ATGATGTCCCACGCTCTTTCTCTTCACCTGCTCTTGCTCACCTCTATATTTTCAACAGCCCAAATCAGCAGCGCCTCCACGCCGCCGGCCTACACCGCCACGGACTTAATCCTCCTCAACTGCGGCGCGTCGGCAATCGCAAACGACACCAGCCACCGGAGTTGGGACGGCGATGCCCGTTCAAGATACATGCCATCAAACGCCGCCTCCATATCTTCAGCTTCCGAAGCTTCCACTATGGACCCTTCGGTTTTTCCAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057769857.1
MMSHALSLHLLLLTSIFSTAQISSASTPPAYTATDLILLNCGASAIANDTSHRSWDGDARSRYMPSNAASISSASEASTMDPSVFPVPYRTARLFHSPFTYTFPLTTGQKFLRLYFYPNAYSDVNATQSLFSLTANSFTLLRNFSAFLHSPSLSRPAFMKEFIVNIGATQRLDLTFTPNPKSSAFINGIEIVSIPDKLYFKGNDVVIKFVDQVYYLNSDTALENLYRLNVGGARVAIEDDSGPTRGMFRGWNPDDDYISF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器