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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003107

染色体: Chr06 坐标: 43918488-43921710 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003107
名称SmilChr06G003107
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g01390
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向43918488 - 43921710 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989833
GeneID130989833
locus_tag-
NCBI NameLOC130989833
原始查询LOC130989833

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At2g01390
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At2g01390
ArabidopsisAT2G01390 (EMB3111)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814667]
identity=52.6; qcov=0.95; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0358700
-
identity=44; qcov=0.89; evalue=1.35e-149; confidence=medium
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989833

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057769940.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057769940.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769940.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769940.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769940.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:43919189 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B110,B31,B9,C35,D1
Chr6:43919193 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:43919341 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B24,B59,B68,B70,C10
Chr6:43919568 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B108
Chr6:43919661 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr6:43919747 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B100,B121,C33
Chr6:43920801 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17
Chr6:43920830 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B118
Chr6:43920929 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C40,C41
Chr6:43921020 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B125,B22,B40,C44,C87
Chr6:43921024 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:43921454 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769940.1
582 aa
N
1
291
582
PPR_3
PPR_long
TPR_24
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR_3
PPR
C
PF13812 PPR_3 124-163 aa PF17177 PPR_long 125-251 aa PF23276 TPR_24 126-227 aa PF13041 PPR_2 130-174 aa PF01535 PPR 132-162 aa PF13812 PPR_3 157-210 aa PF12854 PPR_1 160-193 aa PF13041 PPR_2 165-209 aa PF01535 PPR 167-197 aa PF13041 PPR_2 199-246 aa PF01535 PPR 202-232 aa PF13812 PPR_3 224-281 aa PF01535 PPR 238-267 aa PF13041 PPR_2 238-283 aa PF13812 PPR_3 258-300 aa PF01535 PPR 273-300 aa PF13812 PPR_3 490-528 aa PF01535 PPR 491-519 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769940.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 124 163 1.5e-36 125.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057769940.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 125 251 1.6e-18 67.6 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057769940.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 126 227 1.2e-19 71.3 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057769940.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 130 174 6.3e-49 164.6 PPR repeat family
XP_057769940.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 132 162 1.4e-35 119.7 PPR repeat
XP_057769940.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 157 210 1.5e-36 125.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057769940.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 160 193 2.7e-22 78.9 PPR repeat
XP_057769940.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 165 209 6.3e-49 164.6 PPR repeat family
XP_057769940.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 167 197 1.4e-35 119.7 PPR repeat
XP_057769940.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 199 246 6.3e-49 164.6 PPR repeat family
XP_057769940.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 202 232 1.4e-35 119.7 PPR repeat
XP_057769940.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 224 281 1.5e-36 125.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057769940.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 238 267 1.4e-35 119.7 PPR repeat
XP_057769940.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 238 283 6.3e-49 164.6 PPR repeat family
XP_057769940.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 258 300 1.5e-36 125.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057769940.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 273 300 1.4e-35 119.7 PPR repeat
XP_057769940.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 490 528 1.5e-36 125.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057769940.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 491 519 1.4e-35 119.7 PPR repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913957.1
ACAAAAAAATAAAAGAAAGCCCATAAGAAAAAAATAAAATAGCCCATTTCTCCCTCTCGTCTCTCTACGCTCAGCTGCACGCGACTGCCGCCACCGTCCAGTCCCGCCGGCGGAAACAGCTGCCGCCGTGAGCCATCGGTGCCGCCTTCTCCACTCTCGCCTAGAAAAAATAACCTACCGCCTCCACCTTCAAACAGCAGCAACAACACAATCCAATCCCTCACTGCCCAAGCGGGGCCCAGCCCTTGACTCATCAAATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989833
ATGTTTTCTTCGAATGTTTCTCGTCAATTTCTCAAAAAGATTTCCCCTTTCTTGAATCCAGCTATAGCTAGGGCTTTTACCTCGCAGAAAATTATCCAGCAGAGAAAACCTATAAAGCATACCCGTCCAAATATTAAAAAATCTTCTACCCAAAAATCATCAATCAAGAAGCATAATGTGGAGCCGGAAAATTATGCAAAACAAAGAATCGCCAAAATCTACAACATTTTGAAGTACTCGACCTGGGATTCTGCTAAAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769940.1
MFSSNVSRQFLKKISPFLNPAIARAFTSQKIIQQRKPIKHTRPNIKKSSTQKSSIKKHNVEPENYAKQRIAKIYNILKYSTWDSAKEQLENLSVKWDSYTVNQVLKTHPPMEKSWLFFNWAAGRKSFRHDQYTYTTMLDIFGEARRISSMMYVFNQMKEKGIKIDVVTYTSLMHWISNDGDVDGAIDLWKEMRAKGCRPTVVSYTAYMKILLDSKRVNVAAGVYKEMLESGLSPNCHTYTVLMEYLASSGKFSEAMEIFY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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