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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003109

染色体: Chr06 坐标: 43944025-43945538 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003109
名称SmilChr06G003109
描述elongation of fatty acids protein 3-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向43944025 - 43945538 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989835
GeneID130989835
locus_tag-
NCBI NameLOC130989835
原始查询LOC130989835

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述elongation of fatty acids protein 3-like
产物elongation of fatty acids protein 3-like
ArabidopsisAT4G36830 (HOS3-1)
GNS1/SUR4 membrane protein family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829836]
identity=61.5; qcov=0.979; evalue=2.32e-124; confidence=high
RiceOs12g0635700
-
identity=56.6; qcov=0.99; evalue=3.92e-81; confidence=high
GOGO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0009922 (fatty acid elongase activity); GO:0019367 (fatty acid elongation, saturated fatty acid); GO:0030148 (sphingolipid biosynthetic process); GO:0034625 (fatty acid elongation, monounsaturated fatty acid); GO:0034626 (fatty acid elongation, polyunsaturated fatty acid); GO:0042761 (very long-chain fatty acid biosynthetic process)
KEGG-
PfamPF01151 (ELO)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989835

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057769943.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057769943.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769943.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769943.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769943.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:43944443 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C49,C53,C54,D5
Chr6:43944497 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B81
Chr6:43944539 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,B108,C79
Chr6:43944566 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr6:43944578 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B53,C41
Chr6:43944617 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B79
Chr6:43944644 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13
Chr6:43944686 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B7
Chr6:43944734 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C41,D11
Chr6:43944834 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769943.1
289 aa
N
1
144
289
ELO
C
PF01151 ELO 29-272 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769943.1 Pfam PF01151 ELO Family 29 272 3.6e-35 122.4 GNS1/SUR4 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913960.1
TCACGTTATAAACTTATAAATAACAATCTATAAAATGAAATCCCCACCTTCCAATCAGAATCCCCCACGTACCCCTTTCCGAGCTCTTTTTATTAATTACTACTATTAGTATTATTCACCACTTCCCTAGTTCTCGTCGTCAAACCCAGATTTCCGCCACCGCAATCTGATATCAGAAGAAATTTTTTTTTTCTTTCTTTCTTAGTGCCATTTTATTCAATTTCCAATGTCCAAATACTAACAAAAAACAAGAAAATAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989835
ATGGCGTCGTTTGACGGGCTGAGGTATTACCTCTCAGAGCACCCCTCCATCGTGAGCTTCCGGTGGAGCCACGCCGAATCGTGGGGCTCCACGTGGTCCTTCCTACTCACCTCCATCGCCCTCTACCTCTCCGCCGCCGCCCTCCTCCACGCCGCCCCCCTCCTCCTCCTCCGCCACCGCCGCTCCCTCCCCCTGGGCCCGCTCCCCGCCGCCCACGCCCTCTCCATGGCGCTCCTCTCGCTCACCATCTTCGCCGGCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769943.1
MASFDGLRYYLSEHPSIVSFRWSHAESWGSTWSFLLTSIALYLSAAALLHAAPLLLLRHRRSLPLGPLPAAHALSMALLSLTIFAGTLLSAAAEIRDTRWLWRRSRTTPLQWLLCFPLGTRASGRVFFWSYAFYLSRFLHAAGSLIEILRRRRIPAFKLCSHAVSITASFLWLEFTQSFQVVGIVLTTLVYSAVYGYRFWTAVGLPGACPPFVANCQMLLLGCNLVCHCAVLLLHLLTGGCNGIGAWLFNSVLNGAVMML...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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