Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000815

染色体: Chr01 坐标: 17598615-17599142 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000815
名称SmilChr01G000815
描述vegetative cell wall protein gp1-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向17598615 - 17599142 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989844
GeneID130989844
locus_tag-
NCBI NameLOC130989844
原始查询LOC130989844

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述vegetative cell wall protein gp1-like
产物vegetative cell wall protein gp1-like
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989844

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057769997.1
2 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057769997.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057769997.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769997.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769997.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:17598632 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B56,C1,C38,C52
Chr1:17598637 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B17,C66
Chr1:17598652 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,B90
Chr1:17598674 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 D11
Chr1:17598674 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:17598680 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:17598709 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,B14,C71
Chr1:17598714 A ATT 2bp_insertion frameshift_variant 2 B14,C71
Chr1:17598714 A ATT 2bp_insertion CDS_variant 2 B14,C71
Chr1:17598716 TTG T 2bp_deletion frameshift_variant 2 B14,C71
Chr1:17598716 TTG T 2bp_deletion CDS_variant 2 B14,C71
Chr1:17598780 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B9,C31,C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914014.1
ATGGAGGATTATGACAACAATGACAATGAGTTCACTGCTGAAAAGCCAATTGCTGAGATCATGACCGAGGAGGGATTTCTGCAAAGTTCAGCTCTGACGAGCCCAGCTCTAACGAGCCCAGCTCTGATGAGTCCAGCTATGATGAGCCCAGCTCTGATGAGTCAAGCTCCCGACGCTACCAACCACGTGCCAGCCCTGCCAAGTCCAGCGCTGCCCAGTCCAGCCCTGCAAGGTCCACCTCTACCAAGTCCAGCGCTGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989844
ATGGAGGATTATGACAACAATGACAATGAGTTCACTGCTGAAAAGCCAATTGCTGAGATCATGACCGAGGAGGGATTTCTGCAAAGTTCAGCTCTGACGAGCCCAGCTCTAACGAGCCCAGCTCTGATGAGTCCAGCTATGATGAGCCCAGCTCTGATGAGTCAAGCTCCCGACGCTACCAACCACGTGCCAGCCCTGCCAAGTCCAGCGCTGCCCAGTCCAGCCCTGCAAGGTCCACCTCTACCAAGTCCAGCGCTGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769997.1
MEDYDNNDNEFTAEKPIAEIMTEEGFLQSSALTSPALTSPALMSPAMMSPALMSQAPDATNHVPALPSPALPSPALQGPPLPSPALPSPALPSPALSSSALPSPALQGPPLPSPALPSSALQNPTMSNPVLQSPDMQNPAMPSAALQNTVLKNPVLQGPALPSPALPSSALTSPC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器