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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003126

染色体: Chr06 坐标: 44118493-44123070 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003126
名称SmilChr06G003126
描述uncharacterized SmilChr06G003126
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向44118493 - 44123070 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989852
GeneID130989852
locus_tag-
NCBI NameLOC130989852
原始查询LOC130989852

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述electron transporter, putative (Protein of unknown function, DUF547) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836792]; symbol=AT5G66600; hit=AT5G66600; species=arabidopsis; confidence=high
产物electron transporter, putative (Protein of unknown function, DUF547) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836792]; symbol=AT5G66600; hit=AT5G66600; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G66600 (AT5G66600)
electron transporter, putative (Protein of unknown function, DUF547) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:836792]
identity=57.9; qcov=0.989; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0769000
-
identity=45.2; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF04784 (DUF547); PF14389 (Lzipper-MIP1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989852

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057769971.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057769971.1
3 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057769971.1
4 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057769971.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769971.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:44119905 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C80
Chr6:44119915 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,B123,B130,B36
Chr6:44120158 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,A4,C79,C80
Chr6:44120160 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C7
Chr6:44120174 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C55
Chr6:44120178 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B130,B14,B36,B89
Chr6:44120180 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr6:44120462 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B83,B86,C14,C28,C59
Chr6:44120609 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,A7,B48,B84
Chr6:44120622 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B68,C26,C36,C87
Chr6:44120636 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 23 A16,A23,A5,A7,A8,B130,B135,B15,B2,B3,B31,B58,B60,B71,B8,B87,B88,C58,C6,C78,C80,C84,C85
Chr6:44120638 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 38 A14,A19,A2,A20,A24,A6,B103,B106,B107,B108,B118,B12,B133,B17,B25,B40,B41,B45,B61,B67,B68,B73,B86,B94,C1,C17,C25,C26,C27,C3,C35,C36,C39,C40,C45,C81,C87,D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769971.1
618 aa
N
1
309
618
Lzipper-MIP1
DUF547
C
PF14389 Lzipper-MIP1 66-145 aa PF04784 DUF547 403-537 aa
XP_057769973.1
618 aa
N
1
309
618
Lzipper-MIP1
DUF547
C
PF14389 Lzipper-MIP1 66-145 aa PF04784 DUF547 403-537 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769971.1 Pfam PF14389 Lzipper-MIP1 Family 66 145 1.5e-24 86.9 Leucine-zipper of ternary complex factor MIP1
XP_057769971.1 Pfam PF04784 DUF547 Family 403 537 2.5e-40 138.1 Protein of unknown function, DUF547
XP_057769973.1 Pfam PF14389 Lzipper-MIP1 Family 66 145 1.5e-24 86.9 Leucine-zipper of ternary complex factor MIP1
XP_057769973.1 Pfam PF04784 DUF547 Family 403 537 2.5e-40 138.1 Protein of unknown function, DUF547

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913988.1
TAAAAAAAATGTTTTAATTCACAATAAATAGAAGTATATATTTGTCTGTCATTGACAATGTGACGAAGGGCTGGTCACCAACTCCCACTCACAACACAACGATTCAAAGGAATGTGGATTTGGAGCTTACTTCTAATTTCTTGTCACTAAAATCTTTTTTTTTTTTCTTCTTTCTGCTTGATAATAGTAACAAAAATTTAATCTTTTTATTTGGGGTTCAACACCATTACTATTTCAGCTCTTGAATTTCTTCTACTTGC...
XM_057913990.1
TGACAATGTGACGAAGGGCTGGTCACCAACTCCCACTCACAACACAACGATTCAAAGGAATGTGGATTTGGAGCTTACTTCTAATTTCTTGTCACTAAAATCTTTTTTTTTTTTCTTCTTTCTGCTTGATAATAGTAACAAAAATTTAATCTTTTTATTTGGGGTTCAACACCATTACTATTTCAGCTCTTGAATTTCTTCTACTTGCTGCTACTATAGCAAAGTGCCACCTTTTTTGCAGAGAGCATCTACTTTTGTAC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130989852
ATGGGTTTTGAAGGGTTTAGCAGTAGTAAATGGCCTGGGCTGGTTAGACATCAGCGTTCCAACAGCTTCCCAGATAGCAAAAGATCCGAGGAAGGTAGGCTGGTTCAATCTACTGAAGCAGTCGCTGAAGAAAAGCTGGATATGGGTCCCTTAAATGGTTGTACCAACGGCAACAAGACATTTTCATCGAATGTCGAGATCCAACAATCTTTGAGGAAAGAGATATTGACGCTCGAAAAGAGATTACAAGACCAAGTTTC...
LOC130989852
ATGGGTTTTGAAGGGTTTAGCAGTAGTAAATGGCCTGGGCTGGTTAGACATCAGCGTTCCAACAGCTTCCCAGATAGCAAAAGATCCGAGGAAGGTAGGCTGGTTCAATCTACTGAAGCAGTCGCTGAAGAAAAGCTGGATATGGGTCCCTTAAATGGTTGTACCAACGGCAACAAGACATTTTCATCGAATGTCGAGATCCAACAATCTTTGAGGAAAGAGATATTGACGCTCGAAAAGAGATTACAAGACCAAGTTTC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057769971.1
MGFEGFSSSKWPGLVRHQRSNSFPDSKRSEEGRLVQSTEAVAEEKLDMGPLNGCTNGNKTFSSNVEIQQSLRKEILTLEKRLQDQVSVRCALERALGYRASSHDITSEATIPKPATELIREISVLELEVGHLEQYLLSLYRKAFDPQVSIVSPLKKDEGFKSPLTTPRRRRLDFSTSDITPATESTPVVENPTSSNMRKEANGLSEEKLVDSGVHRSHSSLSQRSALANRTSGSPSSEVLGKAVRACHSQPLSMMEYAQN...
XP_057769973.1
MGFEGFSSSKWPGLVRHQRSNSFPDSKRSEEGRLVQSTEAVAEEKLDMGPLNGCTNGNKTFSSNVEIQQSLRKEILTLEKRLQDQVSVRCALERALGYRASSHDITSEATIPKPATELIREISVLELEVGHLEQYLLSLYRKAFDPQVSIVSPLKKDEGFKSPLTTPRRRRLDFSTSDITPATESTPVVENPTSSNMRKEANGLSEEKLVDSGVHRSHSSLSQRSALANRTSGSPSSEVLGKAVRACHSQPLSMMEYAQN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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