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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003130

染色体: Chr06 坐标: 44177488-44180289 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003130
名称SmilChr06G003130
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g20230-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向44177488 - 44180289 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989856
GeneID130989856
locus_tag-
NCBI NameLOC130989856
原始查询LOC130989856

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g20230-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g20230-like
ArabidopsisAT1G20230 (AT1G20230)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838612]
identity=35.3; qcov=1.03; evalue=2.16e-166; confidence=medium
RiceOs02g0106300
-
identity=33.4; qcov=1.09; evalue=2.36e-152; confidence=low
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF14432 (DYW_deaminase); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989856

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057769977.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057769977.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057769977.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057769977.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057769977.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:44178179 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B4,B65,C5,C64,C66
Chr6:44178267 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C86
Chr6:44178526 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,C45
Chr6:44178784 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B136
Chr6:44178891 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B72,B81
Chr6:44178958 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr6:44179206 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B39,C76
Chr6:44179317 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B23,B24,B3,B78,C32
Chr6:44179460 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B135,B2
Chr6:44179471 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B61,C45
Chr6:44179649 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,B119,B65
Chr6:44179752 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A13,B110

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769977.1
687 aa
N
1
344
687
PPR
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_2
PPR
PPR_3
PPR
E_motif
DYW_deaminase
C
PF01535 PPR 44-72 aa PF01535 PPR 117-140 aa PF01535 PPR 145-175 aa PF13812 PPR_3 242-290 aa PF13041 PPR_2 243-291 aa PF01535 PPR 247-276 aa PF13812 PPR_3 268-325 aa PF12854 PPR_1 274-307 aa PF13041 PPR_2 279-325 aa PF01535 PPR 281-311 aa PF13041 PPR_2 379-427 aa PF01535 PPR 382-412 aa PF13812 PPR_3 402-460 aa PF01535 PPR 417-445 aa PF20431 E_motif 497-558 aa PF14432 DYW_deaminase 595-687 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769977.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 44 72 4.2e-59 193.5 PPR repeat
XP_057769977.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 117 140 4.2e-59 193.5 PPR repeat
XP_057769977.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 145 175 4.2e-59 193.5 PPR repeat
XP_057769977.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 242 290 7.2e-27 94.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057769977.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 243 291 1.3e-65 218.0 PPR repeat family
XP_057769977.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 247 276 4.2e-59 193.5 PPR repeat
XP_057769977.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 268 325 7.2e-27 94.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057769977.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 274 307 3.8e-33 113.6 PPR repeat
XP_057769977.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 279 325 1.3e-65 218.0 PPR repeat family
XP_057769977.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 281 311 4.2e-59 193.5 PPR repeat
XP_057769977.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 379 427 1.3e-65 218.0 PPR repeat family
XP_057769977.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 382 412 4.2e-59 193.5 PPR repeat
XP_057769977.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 402 460 7.2e-27 94.0 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057769977.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 417 445 4.2e-59 193.5 PPR repeat
XP_057769977.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 497 558 4.7e-23 81.9 E motif
XP_057769977.1 Pfam PF14432 DYW_deaminase Domain 595 687 5.1e-37 126.3 DYW family of nucleic acid deaminases

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057913994.1
GTGATATTTAAATTATCACCTTATTATAACACATTTTTCATCAATTACATATTTATCAATTAACTTGAGCTAATTGTTAACATCTAACATAACTTTATCCGATTAAAATAAAAGTAATAAAAAAAATTACTTGAGCTAATGTAATAAAATTATAGTCAATTTATATTTTCAATATTAAAAAAATCTTTCTGTAGTAATGCACTAATCACTAATGCTATGAAATTTTATTATTCTACCATTTACAAAGCCACGCACCGCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989856
ATGCTCGCAAAGGTACCCACTGGTCTCCCGTTACATTTGAATGCCAAATTCATAAAGAAATTTCTCAACTTGGGAGATTTAGCGCGTGCACGCCAACTGTTCGACGGAATATCCGAACCAGACGTGCAGTCATGGACTATATTGATTTCAGCTTATACCAAGACTGGCCGAAGTAGAGACGCGATTAAGCTTTACACTGAAGTGAAAAACAGGGGAAAGATAAATCTAGATGAGTTTGTTATCTTAGCTGCTGCCAAAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057769977.1
MLAKVPTGLPLHLNAKFIKKFLNLGDLARARQLFDGISEPDVQSWTILISAYTKTGRSRDAIKLYTEVKNRGKINLDEFVILAAAKACAVSGDLAKAKEVHFDALNYKFSSDLLIGNALIDMYGKCKYFKGGEQVFRDLRIKDVITWTSFCSCCVNCGLPEAALRAFRDMVVSGVRPNAMTLSSVVPACSRLKCLHSGREMHGFALKNGMGENQFVSSALVDMYSSCSSIKHAQSVFANMPRPDVASWNAIISAYFANGE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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