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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003149

染色体: Chr06 坐标: 44505574-44509857 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003149
名称SmilChr06G003149
描述tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase 2
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向44505574 - 44509857 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989863
GeneID130989863
locus_tag-
NCBI NameLOC130989863
原始查询LOC130989863

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase 2
产物tRNA (guanine(37)-N1)-methyltransferase 2
ArabidopsisAT3G56120 (AT3G56120)
S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824778]
identity=63.5; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0390400 (OJ1123_G09.29-2)
-
identity=44.1; qcov=0.515; evalue=4.61e-60; confidence=medium
GOGO:0002939 (tRNA N1-guanine methylation); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0009019 (GO:0009019)
KEGG-
PfamPF02475 (TRM5-TYW2_MTfase); PF25133 (TYW2_N_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989863

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057769990.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057769995.1
3 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.80000 XP_057769995.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057769990.1
5 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057769990.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:44505922 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5
Chr6:44505938 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr6:44506242 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,B50,B63,B84,C20
Chr6:44506764 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B121,B140,C59,D10
Chr6:44506796 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B10,B50,B63,B84
Chr6:44507151 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C13
Chr6:44507151 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 C13
Chr6:44507158 GCT G 2bp_deletion frameshift_variant 14 A23,B101,B119,B121,B140,B42,B43,B46,B65,C59,C84,D10,D11,D7
Chr6:44507173 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 14 A23,B101,B119,B121,B140,B42,B43,B46,B65,C59,C84,D10,D11,D7
Chr6:44507174 A AAG 2bp_insertion frameshift_variant 14 A23,B101,B119,B121,B140,B42,B43,B46,B65,C59,C84,D10,D11,D7
Chr6:44507205 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B50,B63,B84,C20
Chr6:44508949 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057769990.1
533 aa
N
1
266
533
TYW2_N_2
TRM5-TYW2_MTfase
C
PF25133 TYW2_N_2 102-177 aa PF02475 TRM5-TYW2_MTfase 181-277 aa
XP_057769991.1
533 aa
N
1
266
533
TYW2_N_2
TRM5-TYW2_MTfase
C
PF25133 TYW2_N_2 102-177 aa PF02475 TRM5-TYW2_MTfase 181-277 aa
XP_057769992.1
533 aa
N
1
266
533
TYW2_N_2
TRM5-TYW2_MTfase
C
PF25133 TYW2_N_2 102-177 aa PF02475 TRM5-TYW2_MTfase 181-277 aa
XP_057769993.1
502 aa
N
1
251
502
TYW2_N_2
TRM5-TYW2_MTfase
C
PF25133 TYW2_N_2 102-177 aa PF02475 TRM5-TYW2_MTfase 181-277 aa
XP_057769994.1
495 aa
N
1
248
495
TYW2_N_2
TRM5-TYW2_MTfase
C
PF25133 TYW2_N_2 102-177 aa PF02475 TRM5-TYW2_MTfase 181-277 aa
XP_057769995.1
462 aa
N
1
231
462
TYW2_N_2
TRM5-TYW2_MTfase
C
PF25133 TYW2_N_2 102-177 aa PF02475 TRM5-TYW2_MTfase 181-277 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057769990.1 Pfam PF25133 TYW2_N_2 Domain 102 177 3.8e-21 75.7 TYW2 N-terminal domain
XP_057769990.1 Pfam PF02475 TRM5-TYW2_MTfase Domain 181 277 2.4e-25 90.1 TRM5/TYW2 methyltransferase domain
XP_057769991.1 Pfam PF25133 TYW2_N_2 Domain 102 177 3.8e-21 75.7 TYW2 N-terminal domain
XP_057769991.1 Pfam PF02475 TRM5-TYW2_MTfase Domain 181 277 2.4e-25 90.1 TRM5/TYW2 methyltransferase domain
XP_057769992.1 Pfam PF25133 TYW2_N_2 Domain 102 177 3.8e-21 75.7 TYW2 N-terminal domain
XP_057769992.1 Pfam PF02475 TRM5-TYW2_MTfase Domain 181 277 2.4e-25 90.1 TRM5/TYW2 methyltransferase domain
XP_057769993.1 Pfam PF25133 TYW2_N_2 Domain 102 177 3.3e-21 75.9 TYW2 N-terminal domain
XP_057769993.1 Pfam PF02475 TRM5-TYW2_MTfase Domain 181 277 2e-25 90.4 TRM5/TYW2 methyltransferase domain
XP_057769994.1 Pfam PF25133 TYW2_N_2 Domain 102 177 3.2e-21 75.9 TYW2 N-terminal domain
XP_057769994.1 Pfam PF02475 TRM5-TYW2_MTfase Domain 181 277 1.9e-25 90.4 TRM5/TYW2 methyltransferase domain
XP_057769995.1 Pfam PF25133 TYW2_N_2 Domain 102 177 2.9e-21 76.1 TYW2 N-terminal domain
XP_057769995.1 Pfam PF02475 TRM5-TYW2_MTfase Domain 181 277 1.6e-25 90.7 TRM5/TYW2 methyltransferase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914007.1
GAACTAACTAAATTCTCAACACACCAAAAGTCCAAATGGATCAAACCCTCACTAAACTCTCGTCCGATTCCTCCACCCCAGTCTGCCGCGCCGCCTCCCTCCAGTCCGACGCGCCTCCCGCTGCTTCCCCCTGTTCTGCCTTCGACCGCCTCGCCCCGCCCCTGAATCCGCGTCTGCGTCCAGCCTCCCGTCTAATCTCGTTCGCCCCGCCCCACTAATAAATCATCTTTGATACACGGCTTCCTCTGGGGAAACTCAAA...
XM_057914008.1
TCAACACACCAAAAGTCCAAATGGATCAAACCCTCACTAAACTCTCGTCCGATTCCTCCACCCCAGTCTGCCGCGCCGCCTCCCTCCAGTCCGACGCGCCTCCCGCTGCTTCCCCCTGTTCTGCCTTCGACCGCCTCGCCCCGCCCCTGAATCCGCGTCTGCGTCCAGCCTCCCGTCTAATCTCGTTCGCCCCGCCCCACTAATAAATCATCTTTGATACACGGCTTCCTCTGGGGAAACTCAAAGCAAAAAGGGGGGAA...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC130989863
ATGTTGGACGAGAAAACATTTGACGTGGAGTTGAATTTGCTGGCGCTTCGAGTTCCGCGGGAGCATTGCAAGCTTGCAACGCGGATTCTAAACGGTCATTTACTTGACAGACCACGTATCAAACCTGTAACTGAGGATCCGACTTCTGATAAGAATCGCTACGTGTTATTATCCGAGAAGATTAAAAGTTCTGAATTATCTGAAATTCCTGCTGGCAAAGTTGATGAACTGAAAGAGCACTTTGAGATCCAAGTAGTTCC...
LOC130989863
ATGTTGGACGAGAAAACATTTGACGTGGAGTTGAATTTGCTGGCGCTTCGAGTTCCGCGGGAGCATTGCAAGCTTGCAACGCGGATTCTAAACGGTCATTTACTTGACAGACCACGTATCAAACCTGTAACTGAGGATCCGACTTCTGATAAGAATCGCTACGTGTTATTATCCGAGAAGATTAAAAGTTCTGAATTATCTGAAATTCCTGCTGGCAAAGTTGATGAACTGAAAGAGCACTTTGAGATCCAAGTAGTTCC...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057769990.1
MLDEKTFDVELNLLALRVPREHCKLATRILNGHLLDRPRIKPVTEDPTSDKNRYVLLSEKIKSSELSEIPAGKVDELKEHFEIQVVPYSMTLGYSYWSADYILRQILPPGLEVPSSFETIGHVAHLNIADELLPYKDVIAKVIYDKNYPRIKTIVNKVGSITNEFRVPKFEVLAGDSDMVTEVKQYKATFKLDYSLVYWNSRLEHEHLRLISKFQAGDVVCDMFAGIGPFAIPAAQKGCRVYANDLNPDSARFLKINAET...
XP_057769991.1
MLDEKTFDVELNLLALRVPREHCKLATRILNGHLLDRPRIKPVTEDPTSDKNRYVLLSEKIKSSELSEIPAGKVDELKEHFEIQVVPYSMTLGYSYWSADYILRQILPPGLEVPSSFETIGHVAHLNIADELLPYKDVIAKVIYDKNYPRIKTIVNKVGSITNEFRVPKFEVLAGDSDMVTEVKQYKATFKLDYSLVYWNSRLEHEHLRLISKFQAGDVVCDMFAGIGPFAIPAAQKGCRVYANDLNPDSARFLKINAET...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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