当前解析结果
SmilChr06G003151| 统一新 Gene ID | SmilChr06G003151 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G003151 |
| 描述 | cold-regulated 413 plasma membrane protein 2-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 44515207 - 44516099 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130989865 |
|---|---|
| GeneID | 130989865 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130989865 |
| 原始查询 | LOC130989865 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cold-regulated 413 plasma membrane protein 2-like |
| 产物 | cold-regulated 413 plasma membrane protein 2-like |
| Arabidopsis | AT3G50830 (COR413-PM2)cold-regulated 413-plasma membrane 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824247] identity=71.4; qcov=1; evalue=2.81e-106; confidence=high |
| Rice | Os03g0767800 (Oscor413-pm1)- identity=61.8; qcov=1.02; evalue=4.05e-85; confidence=high |
| GO | GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF05562 (WCOR413) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130989865 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.80000 | XP_057769998.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.60000 | XP_057769998.1 |
| 3 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.40000 | XP_057769998.1 |
| 4 | Cytoplasmic vesicle | 细胞质囊泡 | 0.20000 | XP_057769998.1 |
| 5 | Clathrin-coated vesicle | Clathrin-coated vesicle | 0.20000 | XP_057769998.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:44515314 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B34,C36 |
Chr6:44515413 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C13,C69 |
Chr6:44515422 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A8,B34,B49,B81,C36 |
Chr6:44515428 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B100,B19,C40,C82,C9 |
Chr6:44515838 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B34,C36 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057769998.1PF05562
WCOR413 9-189 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057769998.1 |
Pfam | PF05562 |
WCOR413 | Family | 9 | 189 | 6.8e-90 | 300.7 | Cold acclimation protein WCOR413 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。