Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G003195`

染色体: Chr06 坐标: 44833157-44835112 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G003195`
名称	SmilChr06G003195
描述	ABC transporter G family member 5
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	44833157 - 44835112 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989906`
GeneID	`130989906`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989906`
原始查询	`LOC130989906`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ABC transporter G family member 5
产物	ABC transporter G family member 5
Arabidopsis	`AT2G13610` (ABCG5) ABC-2 type transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815846] identity=63.6; qcov=1.08; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0615500` (OsABCG2) - identity=44; qcov=0.983; evalue=2.83e-150; confidence=medium
GO	GO:0005524 (ATP binding); GO:0016020 (membrane); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity); GO:0140359 (ABC-type transporter activity)
KEGG	smil02010 (ABC transporters - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04981 (Folate transport and metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00005 (ABC_tran); PF01061 (ABC2_membrane)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989906

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole membrane	液泡膜	1.00000	`XP_057770049.1`
2	Vacuole	液泡	0.80000	`XP_057770049.1`
3	Cell membrane	细胞膜	0.40000	`XP_057770049.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057770049.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770049.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:44833449`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B29
`Chr6:44833491`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60
`Chr6:44833498`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B125,B99,C18,C34,C87
`Chr6:44833612`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B51,C41
`Chr6:44833971`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B30
`Chr6:44833995`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B62
`Chr6:44834019`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B52
`Chr6:44834042`	`CG`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B104
`Chr6:44834042`	`CG`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B104
`Chr6:44834046`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	4	B100,B123,C46,D9
`Chr6:44834046`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	4	B100,B123,C46,D9
`Chr6:44834183`	`A`	`AG`	1bp_insertion	frameshift_variant	76	A1,A13,A15,A16,A18,A21,A22,A23,A25,A5,A8,A9,B100,B104,B105,B106,B109,B11,B110,B111,B118,B123,B125,B126,B129,B130,B131,B134,B135,B17,B18,B22,B25,B31,B38,B39,B45,B46,B48,B49,B57,B58,B6,B69,B70,B76,B83,B84,B85,B87,C13,C14,C16,C17,C18,C21,C26,C28,C3,C33,C39,C43,C44,C46,C49,C50,C52,C59,C6,C61,C67,C76,C78,C84,D10,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770049.1

597 aa

298

597

ABC_tran

ABC2_membrane

PF00005 ABC_tran 23-171 aa PF01061 ABC2_membrane 325-533 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770049.1`	Pfam	`PF00005`	ABC_tran	Domain	23	171	3.4e-31	109.4	ABC transporter
`XP_057770049.1`	Pfam	`PF01061`	ABC2_membrane	Domain	325	533	1e-47	163.1	ABC-2 type transporter

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914066.1
CATCAAATAATTGAAAATACAAACTATACTCCAAGTCCAAGTTTGAGTTATTTGTTGTGACTCCACATTCTCTCACTCTCTCTCATTCTTCAATGAAGGAGAAAGGCTGCGAGATTGAAGCACTAGACATCAACTACACCGTCGAAGCCAACCCAATCCTAAAGGATGTTAGCCTCACCGCGAAGCCGTCGGAGATCCTCGCCATCGTGGGCCCGAGCGGCGCCGGAAAGTCCTCCCTCCTCGAGATCCTCGCCGGCAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989906
ATGAAGGAGAAAGGCTGCGAGATTGAAGCACTAGACATCAACTACACCGTCGAAGCCAACCCAATCCTAAAGGATGTTAGCCTCACCGCGAAGCCGTCGGAGATCCTCGCCATCGTGGGCCCGAGCGGCGCCGGAAAGTCCTCCCTCCTCGAGATCCTCGCCGGCAAGCTCACGCCGCAGTCGGCCTCCATCTTCGTCAACCACAAGCCCATCCACAAGGCCCGTTTCAAGAGGATCTCCGGCTACGTCGCCCAGCGCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770049.1
MKEKGCEIEALDINYTVEANPILKDVSLTAKPSEILAIVGPSGAGKSSLLEILAGKLTPQSASIFVNHKPIHKARFKRISGYVAQRDTLFPLLTVEETLRFGAQLRLRLPRADLASRVGSLLRELGLAHVAAARVGDDRVRGISGGERRRVSIGLEVIHQPEVLILDEPTSGLDSTSAHQIIDMLHVMAEANARTIILSIHQPAFRIVKLFGTILLLAGGVVLHHGSVDLLSVNLMLMDLPLPVHVNVVEFAIESIDAIA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器