同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003205

染色体: Chr06 坐标: 44878154-44881056 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003205
名称SmilChr06G003205
描述uncharacterized SmilChr06G003205
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向44878154 - 44881056 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989919
GeneID130989919
locus_tag-
NCBI NameLOC130989919
原始查询LOC130989919

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os02g0133900; species=rice; confidence=high
产物hit=Os02g0133900; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT2G18245 (AT2G18245)
alpha/beta-Hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816340]
identity=51.48; qcov=0.78; evalue=8.4e-96; confidence=high
RiceOs02g0133900
-
identity=55.22; qcov=0.69; evalue=3.2e-99; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF05705 (DUF829)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989919

打开注释模块

非零投票定位候选(最多五项)

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057770070.1
2 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.80000 XP_057770070.1
3 Chloroplast membrane 叶绿体膜 0.40000 XP_057770070.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:44878690 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:44878744 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr6:44878791 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 3 B11,B137,B92
Chr6:44878791 CT C 1bp_deletion CDS_variant 3 B11,B137,B92
Chr6:44880080 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B138,D6
Chr6:44880238 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr6:44880241 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B4
Chr6:44880310 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr6:44880349 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A13,C38
Chr6:44880610 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr6:44880612 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A13,B88
Chr6:44880732 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B33,B71,B91,C80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770070.1
387 aa
N
1
194
387
DUF829
C
PF05705 DUF829 113-377 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770070.1 Pfam PF05705 DUF829 Domain 113 377 3.9e-61 207.7 Eukaryotic protein of unknown function (DUF829)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914087.1
TTCCCATTCTCAAAGATTTTTTTTTTCTTTTAATTAACACATCATAAAGTGATTGTTAAATAATTTGATCAAAATATATCACTGTGAAAATATTAAGAACGAATATTTAGGTGATGAATTATTATGTAAAATTAAAAAAAAATCGTGAGAAACATTCAAGAAAAAATGAAATTTGGTGAATTTACAGAAAAATAACCCCCAAAAAAAAAAAACAAATTGGTATATGCTTCGCAGGCAACAAAATAGATGGAAGAAATTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080392.1_cds_XP_057770070.1_34165
ATGGCGGCTTCCGCTCGCATTCTCCACTCCTCCTACCGCCGTCCTCCCACTTCACTCCACCCTTTCCACCTCCCTCGCCGCTCACGCCAATACGTCCCCTCCCCACACCGATCCCCCTCTCCCTCTCTCATCCTCTCCCACAACCACTCCCCCAAATTCCACTCTTTCAATTCATTCCCCGTTTTCGCGCCGCCCAATTTCTCCATCTCCGGCGGTTACCTCGGCCGCCTCCTATTCGGCCCCGGAAACTCCCCATTCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770070.1
MAASARILHSSYRRPPTSLHPFHLPRRSRQYVPSPHRSPSPSLILSHNHSPKFHSFNSFPVFAPPNFSISGGYLGRLLFGPGNSPFSWNFAPVPTSIDQSNRIGVRVNDPEVAVVMLGWLGAKPKHLRRYVEMYNAKGIHAVTFVASVMDVLSFDLGKKLEERVRSLADELAAWLDRGGRDRFLVFHTFSNTGWLAYGAILDNLKDMQDLLERIKGCVVDSGGDPEIDPKVWAAGFSTALLKKSSSATYPSTEPVGGTQS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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