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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003233

染色体: Chr06 坐标: 45051902-45054444 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003233
名称SmilChr06G003233
描述flavonoid-6-hydroxylase-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向45051902 - 45054444 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989945
GeneID130989945
locus_tag-
NCBI NameLOC130989945
原始查询LOC130989945

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述flavonoid-6-hydroxylase-like
产物flavonoid-6-hydroxylase-like
ArabidopsisAT4G31970 (CYP82C2)
cytochrome P450, family 82, subfamily C, polypeptide 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:829327]
identity=47.5; qcov=1.03; evalue=1.75e-166; confidence=high
RiceOs09g0441400
-
identity=39.7; qcov=0.909; evalue=4.25e-102; confidence=medium
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989945

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057770106.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057770106.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770106.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770106.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770106.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:45052189 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B129,B70,C44,C6
Chr6:45052197 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B129,B70,C44,C6
Chr6:45052219 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr6:45052248 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,B93
Chr6:45052249 TAA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C32
Chr6:45052249 TAA T 2bp_deletion CDS_variant 1 C32
Chr6:45052311 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B31
Chr6:45052418 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B19,C54
Chr6:45052461 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B34
Chr6:45052662 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B31,B48
Chr6:45052665 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B2
Chr6:45052900 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B120,B81,B82,C10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770106.1
516 aa
N
1
258
516
p450
C
PF00067 p450 62-494 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770106.1 Pfam PF00067 p450 Domain 62 494 6.1e-84 283.1 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914123.1
AATATAAAATTAAATTGAAAAAAAAAATGAAAAATGAATTGAAATGGGGAATTTAATGATGATTTTAGAAAAGGAAGAAATTAAGTATCTTATTAGGAAGAAATTAAGTATAATTTGAAAGAAATAAATTTGCGTACGTTGACCCGTCGGGCCGTGGTCAACGGTCCGGGCCGATTCCGATTAGCCCATGGCAACACTACTTTCAAACACCCCTATATATATGGCAAGATAGTGTCTAGCTAACAATAGTAGTCAATCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989945
ATGGAATTCTTCTCCACCATCTACGCCGCCGTTGCCCTCTCTCTCCTATTCTACTACTACAAACTCTTCTTCAAATCCTCTAAAAACCCAAAGCATGCCGCAGCAAGAGCTCCGCCGCAAGCCGGCGGCGCACGCCTCCTCACCGGCCACCTCCACCTCATGGTGGCCGAGGAGGGCTCCTCCACCAAGCTCCCTCACTTCAACCTCGGCGACCTCGCCGACAAGCACGGCCCGATCTTCACGATCCGGCTGGGCGTGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770106.1
MEFFSTIYAAVALSLLFYYYKLFFKSSKNPKHAAARAPPQAGGARLLTGHLHLMVAEEGSSTKLPHFNLGDLADKHGPIFTIRLGVRRAVVVSSPELAKELFTTCDTAVSSRPLLRGTMHLSYDLAQFGFAPYGPYWREIRKLVTTELLSARRLELQRSVRVAETARSVRKLHEAWEAGRDGSGRVLVDMKRWFGELSLSVVVRLVAGRGIGGGGDADTAETRRWREVMRDFFYLAGLFVPGDALPYLGWLDIGGYEKRM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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