Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003234

染色体: Chr06 坐标: 45056570-45058942 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003234
名称SmilChr06G003234
描述nascent polypeptide-associated complex subunit beta-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向45056570 - 45058942 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989946
GeneID130989946
locus_tag-
NCBI NameLOC130989946
原始查询LOC130989946

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述nascent polypeptide-associated complex subunit beta-like
产物nascent polypeptide-associated complex subunit beta-like
ArabidopsisAT1G17880 (BTF3)
basic transcription factor 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838367]
identity=83.7; qcov=0.922; evalue=1.02e-89; confidence=high
RiceOs03g0109600 (Osj3g1BTF3)
-
identity=81; qcov=0.922; evalue=9.7e-88; confidence=high
GOGO:0005829 (cytosol); GO:0005854 (nascent polypeptide-associated complex); GO:0042788 (GO:0042788)
KEGG-
PfamPF01849 (NAC)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989946

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057770107.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057770107.1
3 Cytoskeleton 细胞骨架 0.20000 XP_057770107.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057770107.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770107.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:45056899 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,B93
Chr6:45056907 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B32,B52,B88
Chr6:45057508 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C40
Chr6:45057623 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A4,B21,B59,C81
Chr6:45057755 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B131,B135,B94,C6,D5
Chr6:45057974 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B37,B69,C38,C62
Chr6:45057978 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770107.1
166 aa
N
1
83
166
NAC
C
PF01849 NAC 36-91 aa
XP_057770108.1
166 aa
N
1
83
166
NAC
C
PF01849 NAC 36-91 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770107.1 Pfam PF01849 NAC Family 36 91 5.9e-20 71.6 NAC domain
XP_057770108.1 Pfam PF01849 NAC Family 36 91 5.9e-20 71.6 NAC domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914124.1
AGAACTGGTGCGGTCCAAACACCCCCTAACTTTATCTTGAAAATAAATAAAAAAAACCCTGATTGAAGTTAAGCTGACGCTAGGGTTACATTTCATTTTTCCTCGCTGCCATCAGCTCCCTCTCGCCGCTCTCGATTTTATCCGAAGCGTTCTACTTCACATCTCGCAGAGATGAATGTGGAAAAATTAATGAAGATGGCCGGTTCGGTCCGGACTGGTGGGAAGGGTACCATGAGAAGAAAGAAGAAGGCAGTGCACAA...
XM_057914125.1
TTTGGTGTTTCAAAATATAACCAGAAAATCTAATCAGGAATAATAAATGAATGTGGAAAAATTAATGAAGATGGCCGGTTCGGTCCGGACTGGTGGGAAGGGTACCATGAGAAGAAAGAAGAAGGCAGTGCACAAGACGACGACAACAGATGACAAAAGGCTTCAGAGTACCTTAAAGAGAATAGGAGTAAATGCCATACCTGCAATTGAGGAAGTCAATATCTTCAAGGAGGATGTTGTTATCCAGTTCATGAACCCTA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130989946
ATGAATGTGGAAAAATTAATGAAGATGGCCGGTTCGGTCCGGACTGGTGGGAAGGGTACCATGAGAAGAAAGAAGAAGGCAGTGCACAAGACGACGACAACAGATGACAAAAGGCTTCAGAGTACCTTAAAGAGAATAGGAGTAAATGCCATACCTGCAATTGAGGAAGTCAATATCTTCAAGGAGGATGTTGTTATCCAGTTCATGAACCCTAAAGTTCAAGCATCAATTGCAGCCAACACTTGGGTTGTTAGTGGAAC...
LOC130989946
ATGAATGTGGAAAAATTAATGAAGATGGCCGGTTCGGTCCGGACTGGTGGGAAGGGTACCATGAGAAGAAAGAAGAAGGCAGTGCACAAGACGACGACAACAGATGACAAAAGGCTTCAGAGTACCTTAAAGAGAATAGGAGTAAATGCCATACCTGCAATTGAGGAAGTCAATATCTTCAAGGAGGATGTTGTTATCCAGTTCATGAACCCTAAAGTTCAAGCATCAATTGCAGCCAACACTTGGGTTGTTAGTGGAAC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057770107.1
MNVEKLMKMAGSVRTGGKGTMRRKKKAVHKTTTTDDKRLQSTLKRIGVNAIPAIEEVNIFKEDVVIQFMNPKVQASIAANTWVVSGTPQNKKLQDILPQIIHQLGPDNLENLKKLAEQFQKQAPGAGTASGAAGVVEEDDDDDVPELVAGETFEAAAEEPQQTQTS
XP_057770108.1
MNVEKLMKMAGSVRTGGKGTMRRKKKAVHKTTTTDDKRLQSTLKRIGVNAIPAIEEVNIFKEDVVIQFMNPKVQASIAANTWVVSGTPQNKKLQDILPQIIHQLGPDNLENLKKLAEQFQKQAPGAGTASGAAGVVEEDDDDDVPELVAGETFEAAAEEPQQTQTS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器