Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003237

染色体: Chr06 坐标: 45078641-45080191 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003237
名称SmilChr06G003237
描述uncharacterized SmilChr06G003237
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向45078641 - 45080191 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989949
GeneID130989949
locus_tag-
NCBI NameLOC130989949
原始查询LOC130989949

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述OsEnS-148; symbol=OsEnS-148; hit=Os12g0187800; species=rice; confidence=low
产物OsEnS-148; symbol=OsEnS-148; hit=Os12g0187800; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT4G33467 (AT4G33467)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:5008180]
identity=43.1; qcov=0.714; evalue=6.01e-11; confidence=low
RiceOs12g0187800 (OsEnS-148)
-
identity=55.2; qcov=0.637; evalue=1.15e-15; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989949

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 0.60000 XP_057770111.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.60000 XP_057770111.1
3 Secreted 分泌到胞外 0.40000 XP_057770111.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770111.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770111.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:45079034 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914128.1
TGTGCATTTGGATACTAACATACACAATCAAAGTGGAGATTTACTCAATTTGCAGAATATCTGGATATATATATATATATAATTGTTATATTGTTGAAATAGAGAGAGAGAGAGGCATGCTTGGATTTGAGAGGCAGTCATCTATTGAGAATGAACCTCGCACTCTCAGTAATAATCAGATCGATTTCGCTAGGGAAGCAGCACTTTATGTGGTGAATACAAGAAGCACGCAGGAAGCTCTCACCATCTTCACCGAGGGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130989949
ATGCTTGGATTTGAGAGGCAGTCATCTATTGAGAATGAACCTCGCACTCTCAGTAATAATCAGATCGATTTCGCTAGGGAAGCAGCACTTTATGTGGTGAATACAAGAAGCACGCAGGAAGCTCTCACCATCTTCACCGAGGGGCTGGAGCCGGCGGTGGCACGGGCTGAAGATGGTGGCTGCGACGGCGAATTGGTTAATGTTTGCAATACCGAAACTTATGGGAACATCGACAATCATCACAATGTTAGAGACGTAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770111.1
MLGFERQSSIENEPRTLSNNQIDFAREAALYVVNTRSTQEALTIFTEGLEPAVARAEDGGCDGELVNVCNTETYGNIDNHHNVRDVVTSPF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器