Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr01G003086`

染色体: Chr01 坐标: 49696552-49699537 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr01G003086`
名称	SmilChr01G003086
描述	uncharacterized SmilChr01G003086
染色体 / SeqID	Chr01 / NC_080387.1
坐标与链方向	49696552 - 49699537 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130989960`
GeneID	`130989960`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130989960`
原始查询	`LOC130989960`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os09g0122100; species=rice; confidence=medium
产物	hit=Os09g0122100; species=rice; confidence=medium
Arabidopsis	`AT5G41980` (AT5G41980) nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834203] identity=36; qcov=0.891; evalue=2.49e-68; confidence=medium
Rice	`Os09g0122100` - identity=41.8; qcov=0.851; evalue=2.71e-83; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF01609 (DDE_Tnp_1); PF04827 (Plant_tran); PF13359 (DDE_Tnp_4); PF26138 (DUF8040)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130989960

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057770127.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057770127.1`
3	Telomere	端粒	0.20000	`XP_057770127.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770127.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057770127.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变，或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770127.1

402 aa

201

402

DUF8040

DDE_Tnp_1

Plant_tran

DDE_Tnp_4

PF26138 DUF8040 65-149 aa PF01609 DDE_Tnp_1 174-341 aa PF04827 Plant_tran 174-345 aa PF13359 DDE_Tnp_4 181-342 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770127.1`	Pfam	`PF26138`	DUF8040	Domain	65	149	1.8e-23	82.9	Domain of unknown function (DUF8040)
`XP_057770127.1`	Pfam	`PF01609`	DDE_Tnp_1	Domain	174	341	9.5e-10	39.3	Transposase DDE domain
`XP_057770127.1`	Pfam	`PF04827`	Plant_tran	Family	174	345	3.5e-05	24.3	Plant transposon protein
`XP_057770127.1`	Pfam	`PF13359`	DDE_Tnp_4	Domain	181	342	1.2e-23	84.2	DDE superfamily endonuclease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XR_009090804.1
TATTTTACAAGTTTACAATTATACCCCCAAAATGAAGGTTCAAAATAAGCAAATCTCACTTTCCCTCTTCCTTCTCTTTTATGCACTTCACCCAGACGGAAGAGAGACAGGAGAGAGCCGCCATTTTCTTTCCCAACCAAAAGTAATTTGCAAGGGCAACTGTTGGAACCCTGTTCCCTACAGCTCGAAGAGGAAGATAGCAGCGCAGTTGTCGAATTCGTGCCTCAAGCATACAACTTTTTCTGATGGATAACAACTAC...

XM_057914144.1
CTTATTTTACAAGTTTACAATTATACCCCCAAAATGAAGGTTCAAAATAAGCAAATCTCACTTTCCCTCTTCCTTCTCTTTTATGCACTTCACCCAGACGGAAGAGAGACAGGAGAGAGCCGCCATTTTCTTTCCCAACCAAAAGTAATTTGCAAGGGCAACTGTTGGAACCCTGTTCCCTACAGCTCGAAGAGGAAGATAGCAGCGCAGTTGTCGAATTCGTGCCTCAAGCATACAACTTTTTGAATTTTGAACGTAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130989960
ATGCCCTCTCGACGCCAAATAAATGCTTACGTGTTTTCAATGGCGGAGGAAATTATGCACCAACAACTATTGCAAATCATTGCAGTTTTTGATCAAATAGATAGAAGTAAGGCGCGAAAAAGGAATCGATGTTTAGGACCCGGGCCTTATACTATACTGACACGTATTCCCGACCAAGTAAAACACATGGGTAGGCTCGTTAACGTTAGTGATGTTGATTGTATTTTAAATTTGCGGATGGATCGCAACACGTTTGGGCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770127.1
MPSRRQINAYVFSMAEEIMHQQLLQIIAVFDQIDRSKARKRNRCLGPGPYTILTRIPDQVKHMGRLVNVSDVDCILNLRMDRNTFGRLCQLLRQLGGLNNGRYVTVEEQVAMFLSVLAHHKKNRVVRFDFWRSGYTISKYIHVVLKAVLSLHILLFVKPSPVTEECVDSRWKWFKGCLGALDGTYIDVMVPTEDKPRYRTRKGHISTNTLAVCDRNLKFAYVLPGWEGSAADSRILRDALTRPYGLRVPKGNYYLCDNGY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器