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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003248

染色体: Chr06 坐标: 45160699-45173653 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003248
名称SmilChr06G003248
描述salicylic acid-binding protein 2-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向45160699 - 45173653 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989966
GeneID130989966
locus_tag-
NCBI NameLOC130989966
原始查询LOC130989966

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述salicylic acid-binding protein 2-like
产物salicylic acid-binding protein 2-like
ArabidopsisAT2G23610 (MES3)
methyl esterase 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816893]
identity=52.5; qcov=0.985; evalue=3.53e-99; confidence=high
RiceOs01g0787600 (OsPOP4)
-
identity=53.1; qcov=0.996; evalue=1.65e-88; confidence=high
GOGO:0009694 (jasmonic acid metabolic process); GO:0009696 (salicylic acid metabolic process); GO:0080030 (methyl indole-3-acetate esterase activity); GO:0080031 (methyl salicylate esterase activity); GO:0080032 (methyl jasmonate esterase activity)
KEGG-
PfamPF00561 (Abhydrolase_1); PF12146 (Hydrolase_4); PF12697 (Abhydrolase_6)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989966

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057770132.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057770133.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770132.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770132.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770132.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:45161730 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C51
Chr6:45161931 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B102,B122,B13,B52,B79
Chr6:45161963 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B52
Chr6:45161965 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,B15,C3,C31,C43
Chr6:45162000 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C48
Chr6:45162058 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr6:45162122 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C73
Chr6:45163885 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 D1
Chr6:45163885 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 D1
Chr6:45163914 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B20,B40,C58
Chr6:45163949 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B129
Chr6:45164715 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770132.1
259 aa
N
1
130
259
Hydrolase_4
Abhydrolase_1
Abhydrolase_6
C
PF12146 Hydrolase_4 7-114 aa PF00561 Abhydrolase_1 7-242 aa PF12697 Abhydrolase_6 8-248 aa
XP_057770133.1
312 aa
N
1
156
312
Hydrolase_4
Abhydrolase_1
Abhydrolase_6
C
PF12146 Hydrolase_4 58-165 aa PF00561 Abhydrolase_1 58-295 aa PF12697 Abhydrolase_6 59-300 aa
XP_057770134.1
259 aa
N
1
130
259
Hydrolase_4
Abhydrolase_1
Abhydrolase_6
C
PF12146 Hydrolase_4 7-114 aa PF00561 Abhydrolase_1 7-242 aa PF12697 Abhydrolase_6 8-248 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770132.1 Pfam PF12146 Hydrolase_4 Domain 7 114 6.8e-10 39.4 Serine aminopeptidase, S33
XP_057770132.1 Pfam PF00561 Abhydrolase_1 Domain 7 242 7.7e-20 72.3 alpha/beta hydrolase fold
XP_057770132.1 Pfam PF12697 Abhydrolase_6 Domain 8 248 8.2e-27 95.9 Alpha/beta hydrolase family
XP_057770133.1 Pfam PF12146 Hydrolase_4 Domain 58 165 8.2e-10 39.1 Serine aminopeptidase, S33
XP_057770133.1 Pfam PF00561 Abhydrolase_1 Domain 58 295 7.3e-20 72.4 alpha/beta hydrolase fold
XP_057770133.1 Pfam PF12697 Abhydrolase_6 Domain 59 300 6.7e-26 93.0 Alpha/beta hydrolase family
XP_057770134.1 Pfam PF12146 Hydrolase_4 Domain 7 114 1.5e-09 38.3 Serine aminopeptidase, S33
XP_057770134.1 Pfam PF00561 Abhydrolase_1 Domain 7 242 4.8e-20 73.0 alpha/beta hydrolase fold
XP_057770134.1 Pfam PF12697 Abhydrolase_6 Domain 8 248 2.3e-27 97.7 Alpha/beta hydrolase family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914150.1
GTTTTCTAAGATTATAAATAATATTAGGAAAATATTGAAAAAATCGCTAAGCTGGTCAATAATGGTTGTCCATCCTTCATTAACGATAACTACATTAATATCAATACGAATTAAGGGCGGCCCATCCTTCATTAACGATAACTACATTAATATCAATACGAATTAAGGGCGGTCCATCCTTAATTAACGATAACTACATTAATATCAATACAAATTAAGGGCACGTTTGATTTTCAGTATTGGATTAATCAAGATATAAA...
XM_057914149.1
CATAATTCCTCATATTTTCCACAAATACAAAAAGAGAAAAATTATTTACTCTCTTCAATCTTCTATTCTACTCCAAATCGAATAGCATATATAGTAATGTCGGCAGCCGCGGTGCATATAGTTCTAGTCCACGGCGCGTGCCACGGTGCATGGTGCTGGTTCAAGCTCAAGCCGCTGCTGGAGGCGGCCGGCCACCGCGTCACGGCCCTCGACTTAGCCGCCTCCGGCATCGACCGCAGAAGCCTGCAAGACCTCCGCAG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130989966
ATGAGACCTGTACACAGCGGTATATCTTCTTCTTTATATATACGGATGAGAATGAATCATAATTCCTCATATTTTCCACAAATACAAAAAGAGAAAAATTATTTACTCTCTTCAATCTTCTATTCTACTCCAAATCGAATAGCATATATAGTAATGTCGGCAGCCGCGGTGCATATAGTTCTAGTCCACGGCGCGTGCCACGGTGCATGGTGCTGGTTCAAGCTCAAGCCGCTGCTGGAGGCGGCCGGCCACCGCGTCAC...
LOC130989966
ATGTCGGCAGCCGCGGTGCATATAGTTCTAGTCCACGGCGCGTGCCACGGTGCATGGTGCTGGTTCAAGCTCAAGCCGCTGCTGGAGGCGGCCGGCCACCGCGTCACGGCCCTCGACTTAGCCGCCTCCGGCATCGACCGCAGAAGCCTGCAAGACCTCCGCAGCTTTGCCGACTACTCGCAGCCTCTGCTTGAGCTTATGGCCGCGATTCCGGCGGAGGAGAAGGTGGTTGTGGTGGGCCACAGCCTAGGTGGAATTAA...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057770132.1
MSAAAVHIVLVHGACHGAWCWFKLKPLLEAAGHRVTALDLAASGIDRRSLQDLRSFADYSQPLLELMAAIPAEEKVVVVGHSLGGINISLAMEMYPHKIAVAVFLAAFLPGSTHPPSYVVDQFSKEAPAEEWLDTEFLPCDTMKETSLFFGPNMLSSKLYQLSSPEDVTLAKMLIRPSSLFREDLSKRSAFTKERYGSVKRVYAVCSQDMIIPESFQRWQIETNGVDEVKVLENADHMAMFSQPQELCQCLLEIANIYA
XP_057770133.1
MRPVHSGISSSLYIRMRMNHNSSYFPQIQKEKNYLLSSIFYSTPNRIAYIVMSAAAVHIVLVHGACHGAWCWFKLKPLLEAAGHRVTALDLAASGIDRRSLQDLRSFADYSQPLLELMAAIPAEEKVVVVGHSLGGINISLAMEMYPHKIAVAVFLAAFLPGSTHPPSYVVDQISKEIPAEEWLDTEFLPYGSPEENLTSLFFGPNMLSSKVYQLSSPEDVTLAKMLIRPSSLFREDLSKRKPFTKERYGSVKRVYAVCS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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