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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003262

染色体: Chr06 坐标: 45264185-45268295 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003262
名称SmilChr06G003262
描述uncharacterized SmilChr06G003262
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向45264185 - 45268295 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130989976
GeneID130989976
locus_tag-
NCBI NameLOC130989976
原始查询LOC130989976

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841340]; symbol=AT1G49170; hit=AT1G49170; species=arabidopsis; confidence=high
产物uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841340]; symbol=AT1G49170; hit=AT1G49170; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G49170 (AT1G49170)
uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841340]
identity=62.4; qcov=0.969; evalue=2.57e-52; confidence=high
RiceOs04g0686300
-
identity=71.3; qcov=0.783; evalue=1.3e-49; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF02594 (PF1765-like)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130989976

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770145.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057770145.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057770145.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770145.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770145.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:45264238 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B93,C59
Chr6:45264238 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B93,C59
Chr6:45264286 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B15,C10,C3,C31,C43
Chr6:45264345 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 38 A1,A22,A6,A8,B103,B118,B120,B127,B132,B139,B15,B16,B17,B18,B26,B30,B44,B70,B77,B78,B8,B83,C13,C15,C16,C21,C3,C36,C47,C50,C52,C62,C63,C73,C77,C78,C79,D6
Chr6:45266129 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B106,B130,C25,C50,C81

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770145.1
129 aa
N
1
64
129
PF1765-like
C
PF02594 PF1765-like 40-111 aa
XP_057770146.1
129 aa
N
1
64
129
PF1765-like
C
PF02594 PF1765-like 40-111 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770145.1 Pfam PF02594 PF1765-like Domain 40 111 6.5e-21 75.0 PF1765 protein family
XP_057770146.1 Pfam PF02594 PF1765-like Domain 40 111 6.5e-21 75.0 PF1765 protein family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914163.1
CTAATTTGCTATTTTGATCCGTTCACAAAAATATGTCTTAATCTATTTAATAATAATTTCGTATAATTTTCTATTAGCTACCCATTGTTTTGTATAGGAATTCTCAAATCTAGTTTGGGAGTTGGGTTATCAATGGCTCCCAATAAAAAATTGAAACAGAAGGCCGCTGCCGCCGCCGCCGCCGGCGGCGGACCGCCTCAGCCCGCCACAGGATACCCGGCGTGCCTACGGTCTATATCGCCGTCGTCCGTTGCTATCTC...
XM_057914162.1
TAATTTCAATATTTTCTAATCTTTTTACTAATGATTACTATTAGCGTATAATTTTCTATTAGCTACCCATTGTTTTGTATAGGAATTCTCAAATCTAGTTTGGGAGTTGGGTTATCAATGGCTCCCAATAAAAAATTGAAACAGAAGGCCGCTGCCGCCGCCGCCGCCGGCGGCGGACCGCCTCAGCCCGCCACAGGATACCCGGCGTGCCTACGGTCTATATCGCCGTCGTCCGTTGCTATCTCTATCCATGCGAAGCC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130989976
ATGGCTCCCAATAAAAAATTGAAACAGAAGGCCGCTGCCGCCGCCGCCGCCGGCGGCGGACCGCCTCAGCCCGCCACAGGATACCCGGCGTGCCTACGGTCTATATCGCCGTCGTCCGTTGCTATCTCTATCCATGCGAAGCCTGGCTCCCGGCTCGCCACCATCACCGATATGAATGACGACGCGTTAGGAGTCCAGATTGATGCTCCCGCTAAAGACGGCGAAGCTAACGCCGCTCTTCTCGACTACATAAGCTCTGT...
LOC130989976
ATGGCTCCCAATAAAAAATTGAAACAGAAGGCCGCTGCCGCCGCCGCCGCCGGCGGCGGACCGCCTCAGCCCGCCACAGGATACCCGGCGTGCCTACGGTCTATATCGCCGTCGTCCGTTGCTATCTCTATCCATGCGAAGCCTGGCTCCCGGCTCGCCACCATCACCGATATGAATGACGACGCGTTAGGAGTCCAGATTGATGCTCCCGCTAAAGACGGCGAAGCTAACGCCGCTCTTCTCGACTACATAAGCTCTGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057770145.1
MAPNKKLKQKAAAAAAAGGGPPQPATGYPACLRSISPSSVAISIHAKPGSRLATITDMNDDALGVQIDAPAKDGEANAALLDYISSVIGVKKRQVSIGSGSKSRDKIVIVEEVTLQTVFDSLNRALMSQ
XP_057770146.1
MAPNKKLKQKAAAAAAAGGGPPQPATGYPACLRSISPSSVAISIHAKPGSRLATITDMNDDALGVQIDAPAKDGEANAALLDYISSVIGVKKRQVSIGSGSKSRDKIVIVEEVTLQTVFDSLNRALMSQ

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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