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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003092

染色体: Chr01 坐标: 49735087-49740054 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003092
名称SmilChr01G003092
描述uncharacterized SmilChr01G003092
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向49735087 - 49740054 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990003
GeneID130990003
locus_tag-
NCBI NameLOC130990003
原始查询LOC130990003

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990003

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770172.1
2 Chromosome 染色体 0.80000 XP_057770172.1
3 Nucleoplasm 核质 0.40000 XP_057770172.1
4 Telomere 端粒 0.20000 XP_057770172.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770172.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:49735584 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr1:49735588 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 11 B113,B115,B39,B51,B75,C40,C42,C53,C55,C74,C9
Chr1:49735594 C CG 1bp_insertion frameshift_variant 11 B113,B115,B39,B51,B75,C40,C42,C53,C55,C74,C9
Chr1:49735623 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C87
Chr1:49735629 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A22,B106,C11,C69
Chr1:49735641 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A22,B108,B49,B58,C23
Chr1:49735658 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B114
Chr1:49735668 C CTT 2bp_insertion frameshift_variant 67 A15,A18,A22,A24,A4,B1,B103,B105,B109,B115,B121,B123,B127,B129,B130,B136,B19,B3,B32,B34,B36,B37,B44,B45,B46,B47,B48,B50,B59,B61,B62,B66,B7,B77,B82,B85,B9,B91,B94,B97,C10,C19,C2,C26,C41,C43,C45,C51,C54,C55,C58,C60,C61,C63,C65,C70,C71,C74,C8,C81,C82,C9,D1,D11,D4,D7,D8
Chr1:49735669 CCG C 2bp_deletion frameshift_variant 66 A15,A18,A22,A24,A4,B1,B103,B105,B109,B115,B121,B123,B127,B129,B130,B136,B19,B3,B32,B34,B36,B37,B44,B45,B46,B47,B48,B50,B59,B61,B62,B66,B7,B77,B82,B85,B9,B91,B94,B97,C10,C19,C26,C41,C43,C45,C51,C54,C55,C58,C60,C61,C63,C65,C70,C71,C74,C8,C81,C82,C9,D1,D11,D4,D7,D8
Chr1:49735678 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C25,D6
Chr1:49735680 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33
Chr1:49735682 G GGT 2bp_insertion frameshift_variant 1 B19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914189.1
CTGATTTGGGTGTGATTTGATAATTTTCGCAGGTTTGGGGGCTATTCTGAAAAAGATGTGAAGCTGGGGGCCGCATGGAAGTTACTTAAGAATTGGGGGAGCAATGTGCAAAATTCAATACTAGGGTTTTATTTTGACTAGTCAAAATTCCTCCCCAATTTCCCCCCCCAATTCCCGCCGCTGCGCCCCTCTCCCCACCGGGCGACCACCTCCCTCTTCCGGCCAAGCAGCACCGCCTTGACCACAGCCGCCATCACTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990003
ATGGCTCCCACGAGGAAGAAGCGACTGCCAGCCCGCAAGCCCAAGCTGCCATCTCCATGCCCAATCCAACCCACCGAGGAAGCACCATCTGCCGGCGCGAGTCCGGCCCTTCCAGCCACCGGAACACTCCCCGCCACCACTGAGATGTCTTCGGCCGATGCTTTAGCCATCGTTGTGTTCTCACCGCCACCGACGTGTGAGAACGTACCATCCGCCGAGCCCTCAGCCTCAGCCACCATCTCCGACGTTCCGGTTTCTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770172.1
MAPTRKKRLPARKPKLPSPCPIQPTEEAPSAGASPALPATGTLPATTEMSSADALAIVVFSPPPTCENVPSAEPSASATISDVPVSPSPSTSRKRRRKVAIPTPKKLRKSTSGKAKLPTCSKAKAQTTTSTPLRRSSRQHARPITIDTRVHEIASTSDSEDEAYEQGEEEQAEDEQVEQDGEYEQEKEEQAETRPRQKPKRRKPAVPHSRFTVTKVGARSFQPHYQLHYSPTLVPAAASHLAHGVVHPL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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