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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G003297

染色体: Chr06 坐标: 45501690-45515142 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G003297
名称SmilChr06G003297
描述uncharacterized SmilChr06G003297
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向45501690 - 45515142 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990013
GeneID130990013
locus_tag-
NCBI NameLOC130990013
原始查询LOC130990013

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述RING/FYVE/PHD zinc finger superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830776]; symbol=AT5G08750; hit=AT5G08750; species=arabidopsis; confidence=high
产物RING/FYVE/PHD zinc finger superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830776]; symbol=AT5G08750; hit=AT5G08750; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT5G08750 (AT5G08750)
RING/FYVE/PHD zinc finger superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830776]
identity=53.7; qcov=0.952; evalue=4.68e-101; confidence=high
RiceOs04g0692300
-
identity=50.4; qcov=0.888; evalue=8.93e-87; confidence=high
GOGO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF12906 (RINGv)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990013

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057770181.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057770181.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057770189.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057770189.1
5 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057770181.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:45503018 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B103,B108,B70,C43
Chr6:45503369 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B42,B43,B51
Chr6:45503469 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B35
Chr6:45503749 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B68
Chr6:45503793 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr6:45503849 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B95
Chr6:45514907 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B127

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770181.1
356 aa
N
1
178
356
RINGv
C
PF12906 RINGv 123-162 aa
XP_057770182.1
356 aa
N
1
178
356
RINGv
C
PF12906 RINGv 123-162 aa
XP_057770183.1
356 aa
N
1
178
356
RINGv
C
PF12906 RINGv 123-162 aa
XP_057770184.1
345 aa
N
1
172
345
RINGv
C
PF12906 RINGv 123-162 aa
XP_057770186.1
335 aa
N
1
168
335
RINGv
C
PF12906 RINGv 123-162 aa
XP_057770187.1
331 aa
N
1
166
331
RINGv
C
PF12906 RINGv 123-162 aa
XP_057770188.1
331 aa
N
1
166
331
RINGv
C
PF12906 RINGv 123-162 aa
XP_057770189.1
313 aa
N
1
156
313
RINGv
C
PF12906 RINGv 123-162 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770181.1 Pfam PF12906 RINGv Domain 123 162 6.2e-07 30.2 RING-variant domain
XP_057770182.1 Pfam PF12906 RINGv Domain 123 162 6.2e-07 30.2 RING-variant domain
XP_057770183.1 Pfam PF12906 RINGv Domain 123 162 6.2e-07 30.2 RING-variant domain
XP_057770184.1 Pfam PF12906 RINGv Domain 123 162 5.9e-07 30.2 RING-variant domain
XP_057770186.1 Pfam PF12906 RINGv Domain 123 162 5.7e-07 30.3 RING-variant domain
XP_057770187.1 Pfam PF12906 RINGv Domain 123 162 5.6e-07 30.3 RING-variant domain
XP_057770188.1 Pfam PF12906 RINGv Domain 123 162 5.6e-07 30.3 RING-variant domain
XP_057770189.1 Pfam PF12906 RINGv Domain 123 162 5.1e-07 30.4 RING-variant domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

10 records

下载 cDNA FASTA
XR_009090814.1
TGCTGAAGGGTGTGGATGCAAGAGCCACAAGTAAAGTGCACAACTACTAAATACACAGTCCCATCAGTACTCGCTGGAACACGAGAGAGAGAGACAGAGAGAGATTTCTTGGCCACCTACCAAATTATTTTCACACGATTTGCATTCCTAATTAGTGGAGTATTGGAGATCTTCTTCCTCCTCTATGCTCGTTTCCTATATCAGGACTTTTTTTTTTCTTTCTTTTAGGAAGTGATTCTTGGCTGCATGGTATCAGTGTC...
XR_009090813.1
TCTTCTCTTCAAATATTTGGTATTTTAGCTTTGGTTTGATGAGAATCATCGTCCTCTCATTTCTTCAAAACTAGTTTATTACTTCAACTGATATGAGTATTGTGTTCCTGGTGCTTTTTGATTACTGCACTAGATTCAGATTTATGTTCACTGCTGCATCTTTTTTGCATTTATTTTTTAGGCCTTTTCCCGCTGTAATTATGCTATTGTCATCGCTGTATCGATTGTTAAAGCTGTATCTACTAATAAAGTTCATCTCA...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC130990013
ATGGAGAAAGAAAGGCCCAATCAAACGGGTGTAGTCGGTGAGAACATTCTCTCTTCTACTGAGGATGAAGAACCAAGAACTGACAGAACATGTCTTAATGTAGACAAGGAAGCTGTCTCGGAAACTTGTCGAGTTTGTCAGTGTTCCGAACCTGATAGAAGGGGAAATATTGCCCTGGGATTCTTGGGTATATCTCCACCAGTATGTGATCTTACAAATGGTAAAGAGGAGGTTAAGTCTAATTTGAAAGTCACCTCAGG...
LOC130990013
ATGGAGAAAGAAAGGCCCAATCAAACGGGTGTAGTCGGTGAGAACATTCTCTCTTCTACTGAGGATGAAGAACCAAGAACTGACAGAACATGTCTTAATGTAGACAAGGAAGCTGTCTCGGAAACTTGTCGAGTTTGTCAGTGTTCCGAACCTGATAGAAGGGGAAATATTGCCCTGGGATTCTTGGGTATATCTCCACCAGTATGTGATCTTACAAATGGTAAAGAGGAGGTTAAGTCTAATTTGAAAGTCACCTCAGG...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057770181.1
MEKERPNQTGVVGENILSSTEDEEPRTDRTCLNVDKEAVSETCRVCQCSEPDRRGNIALGFLGISPPVCDLTNGKEEVKSNLKVTSGNIENNSLYKRSELVEFVSPNGEVFLCTADVELGLEDSQDRLFELGCACKNDLALAHYACALKWFISHGSTVCEICGSITKNIRPEDYKRILGSLKEYEALRERTVNGEPNPAAPQTNYGVDPDAVAAIRRQRLSEISLWFNPHNNNSITVSQVVSEQPSASNTVLEEVAPVEN...
XP_057770182.1
MEKERPNQTGVVGENILSSTEDEEPRTDRTCLNVDKEAVSETCRVCQCSEPDRRGNIALGFLGISPPVCDLTNGKEEVKSNLKVTSGNIENNSLYKRSELVEFVSPNGEVFLCTADVELGLEDSQDRLFELGCACKNDLALAHYACALKWFISHGSTVCEICGSITKNIRPEDYKRILGSLKEYEALRERTVNGEPNPAAPQTNYGVDPDAVAAIRRQRLSEISLWFNPHNNNSITVSQVVSEQPSASNTVLEEVAPVEN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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