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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000064

染色体: Chr06 坐标: 520472-520786 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000064
名称SmilChr06G000064
描述protein PELPK1-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向520472 - 520786 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990023
GeneID130990023
locus_tag-
NCBI NameLOC130990023
原始查询LOC130990023

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein PELPK1-like
产物protein PELPK1-like
ArabidopsisAT5G09520 (PELPK2)
hydroxyproline-rich glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:830811]
identity=39.8; qcov=1.18; evalue=1.42e-11; confidence=low
RiceOs07g0599700 (OJ1634_B10.115)
-
identity=58.7; qcov=0.606; evalue=9.69e-07; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990023

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Secreted 分泌到胞外 0.60000 XP_057770209.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.20000 XP_057770209.1
3 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057770209.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770209.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770209.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:520493 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B139,B37
Chr6:520519 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B111
Chr6:520554 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A24,D4
Chr6:520563 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A19,B32,B8,B90
Chr6:520564 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr6:520570 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B112,B3,C22,C59
Chr6:520578 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A19,B32
Chr6:520609 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr6:520702 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A8,B107,C37
Chr6:520784 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 4 A24,B4,B99,D4
Chr6:520784 C CAT 2bp_insertion CDS_variant 4 A24,B4,B99,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914226.1
ATGGCGAATCGTAGCTGCCTTTCGTTATTAATCTTGCTCTTAATCGTCGCGTTCTCATCTATGATCGAGGCCCGAGGCCTCCTCGAATCCCCGATTCCCCTGCCGGAGATCCCGAAACTCGAGATTCCGGAATTTCCGAAGGTCGAGATTCCAGAGCTGCCGGCTTTGCCAGAATTGGAGTTTCCAGAATTGCCAAAATTGGAAATCCCAGTTCTGCCAAAGCCGGAGATGCCAGAATTGCCGAAACTCGAGATTCCGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990023
ATGGCGAATCGTAGCTGCCTTTCGTTATTAATCTTGCTCTTAATCGTCGCGTTCTCATCTATGATCGAGGCCCGAGGCCTCCTCGAATCCCCGATTCCCCTGCCGGAGATCCCGAAACTCGAGATTCCGGAATTTCCGAAGGTCGAGATTCCAGAGCTGCCGGCTTTGCCAGAATTGGAGTTTCCAGAATTGCCAAAATTGGAAATCCCAGTTCTGCCAAAGCCGGAGATGCCAGAATTGCCGAAACTCGAGATTCCGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770209.1
MANRSCLSLLILLLIVAFSSMIEARGLLESPIPLPEIPKLEIPEFPKVEIPELPALPELEFPELPKLEIPVLPKPEMPELPKLEIPNLAEILPIPTLPELPESP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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