Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G000340

染色体: Chr06 坐标: 2554031-2554510 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G000340
名称SmilChr06G000340
描述heavy metal-associated isoprenylated plant protein 7-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向2554031 - 2554510 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990049
GeneID130990049
locus_tag-
NCBI NameLOC130990049
原始查询LOC130990049

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述heavy metal-associated isoprenylated plant protein 7-like
产物heavy metal-associated isoprenylated plant protein 7-like
ArabidopsisAT5G50740 (AT5G50740)
Heavy metal transport/detoxification superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835146]
identity=84; qcov=0.357; evalue=1.21e-20; confidence=low
RiceOs04g0390100
-
identity=61.4; qcov=0.314; evalue=8.69e-09; confidence=low
GOGO:0046872 (metal ion binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990049

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057770230.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057770230.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770230.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770230.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770230.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:2554039 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B13,C20,C77
Chr6:2554073 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 54 A16,A3,B103,B104,B107,B110,B118,B119,B12,B124,B125,B127,B133,B134,B136,B2,B26,B27,B29,B3,B32,B51,B53,B55,B59,B6,B66,B88,B92,B97,B98,C1,C19,C22,C27,C4,C41,C42,C47,C49,C52,C53,C57,C59,C6,C65,C72,C74,C81,C83,C85,C9,D1,D7
Chr6:2554150 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B52,C76
Chr6:2554159 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,C64
Chr6:2554185 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B50
Chr6:2554242 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr6:2554342 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B42,B43,C54
Chr6:2554348 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B13,B3,C45,C78
Chr6:2554351 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B118,B2,B47,C63
Chr6:2554353 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B118,B2,B47,C2,C63
Chr6:2554394 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr6:2554395 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914247.1
ATGCCTCCGCCTCATTTGTGTTTTTCTTTTATTTTTGTTGAGCAGGAGGAGAAGAAACCGGAGGAAGCCAAGCCGACGCCGAAGGAGAAGAAGGACGAATCCCCAAAGGTCGAAGATGACAAGAAACCCGAGGCAGCGGAGCCGCCGACCCGCCGCAGGAGATCATCCTCAAAGTCGACATGCATTGCGAGGGCTGCGCTCGGAAAGTCCGCCGTTGTCTCAAATGAGTCGATTGTAACCAGATTAGGTGAGGAGGATGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990049
ATGCCTCCGCCTCATTTGTGTTTTTCTTTTATTTTTGTTGAGCAGGAGGAGAAGAAACCGGAGGAAGCCAAGCCGACGCCGAAGGAGAAGAAGGACGAATCCCCAAAGGTCGAAGATGACAAGAAACCCGAGGCAGCGGAGCCGCCGACCCGCCGCAGGAGATCATCCTCAAAGTCGACATGCATTGCGAGGGCTGCGCTCGGAAAGTCCGCCGTTGTCTCAAATGAGTCGATTGTAACCAGATTAGGTGAGGAGGATGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770230.1
MPPPHLCFSFIFVEQEEKKPEEAKPTPKEKKDESPKVEDDKKPEAAEPPTRRRRSSSKSTCIARAALGKSAVVSNESIVTRLGEEDVTTDCKTSKVVVKGEKADPLKVLERVQRKSHRQVELISSISPLPAPEEKGTMLS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器