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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G000817

染色体: Chr01 坐标: 17605350-17606378 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G000817
名称SmilChr01G000817
描述uncharacterized SmilChr01G000817
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向17605350 - 17606378 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990080
GeneID130990080
locus_tag-
NCBI NameLOC130990080
原始查询LOC130990080

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os12g0292200; species=rice; confidence=weak
ArabidopsisAT2G06105 (AT2G06105)
aspartyl protease gag-polyprotein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28717693]
identity=37.7; qcov=0.202; evalue=7.06e-07; confidence=weak
RiceOs12g0292200
-
identity=30.9; qcov=0.275; evalue=2.2e-07; confidence=weak
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990080

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057770292.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057770292.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057770292.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770292.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770292.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:17605363 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46
Chr1:17605369 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B115,C7
Chr1:17605372 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:17605482 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C12,C31
Chr1:17605608 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C3
Chr1:17605647 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B1,B127,B3
Chr1:17605661 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C5
Chr1:17605661 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 C5
Chr1:17605665 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr1:17605673 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 C86
Chr1:17605673 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C86
Chr1:17605701 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B122,B13,B14,B55,C71

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914309.1
ATGGCCCAACAACAAGTGAAATTCCAGCAAGATACCGAAAAGTTCATAATGGAGACAAGAGGAGGAATGCAGAATGTAAATTCCCAACTGTCGCATCTTGCCCAAGCGGTAGCCAGACTTGAGAGCAAACAAGGGGAACTCCCTTCCCAAGTGGAGGTCAAGAAAGTGAACGCTATGACACTTAGAGGTGGAAAGGAATTACCCGAGGTTGTTAGAAAGAAAAGTCAAGAGGAACCAGAGGTTAGCGAGGAGGTCGGAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990080
ATGGCCCAACAACAAGTGAAATTCCAGCAAGATACCGAAAAGTTCATAATGGAGACAAGAGGAGGAATGCAGAATGTAAATTCCCAACTGTCGCATCTTGCCCAAGCGGTAGCCAGACTTGAGAGCAAACAAGGGGAACTCCCTTCCCAAGTGGAGGTCAAGAAAGTGAACGCTATGACACTTAGAGGTGGAAAGGAATTACCCGAGGTTGTTAGAAAGAAAAGTCAAGAGGAACCAGAGGTTAGCGAGGAGGTCGGAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770292.1
MAQQQVKFQQDTEKFIMETRGGMQNVNSQLSHLAQAVARLESKQGELPSQVEVKKVNAMTLRGGKELPEVVRKKSQEEPEVSEEVGMGSADEEELAREREAKRKATGKGKEKLNQAEPILPFPGRMAKEQEKEELTELVKIFKKVEVNMPLLVALRSMPRCAKFLKELCTRKVKYTDDAKFQVGESVSAVLQRDMPIKWGDPGMFYIPCVIGTIKVEKAMLDLGASINVMPLSMYQDLEIGPLKPTRVVIQLADRSNVYP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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