当前解析结果
SmilChr01G003107| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003107 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003107 |
| 描述 | 15-cis-phytoene desaturase, chloroplastic/chromoplastic-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 49882048 - 49882711 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130990081 |
|---|---|
| GeneID | 130990081 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990081 |
| 原始查询 | LOC130990081 |
| 来源 | GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | 15-cis-phytoene desaturase, chloroplastic/chromoplastic-like |
| 产物 | 15-cis-phytoene desaturase%2C chloroplastic/chromoplastic-like |
| Arabidopsis | AT4G14210 (PDS3)phytoene desaturase 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827061] identity=59.2; qcov=1.05; evalue=3.04e-33; confidence=medium |
| Rice | Os03g0184000 (PDS1)- identity=59.1; qcov=0.949; evalue=1.48e-29; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990081 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057770270.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057770270.1 |
| 3 | Nucleoplasm | 核质 | 0.20000 | XP_057770270.1 |
| 4 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057770270.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770270.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:49882404 |
C |
CCG |
2bp_insertion | frameshift_variant | 6 | A25,B37,B61,B7,C27,C75 |
Chr1:49882429 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B111,B130 |
Chr1:49882436 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B26,C64,C66 |
Chr1:49882466 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 143 | A11,A13,A15,A18,A19,A20,A22,A23,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B10,B102,B103,B105,B106,B107,B108,B109,B11,B110,B112,B122,B123,B124,B125,B126,B129,B13,B130,B132,B133,B134,B136,B137,B138,B14,B140,B16,B17,B20,B21,B22,B24,B26,B27,B3,B30,B31,B32,B34,B35,B36,B38,B39,B4,B41,B45,B46,B47,B49,B50,B51,B52,B54,B57,B58,B59,B6,B61,B63,B64,B65,B68,B69,B73,B75,B77,B81,B82,B83,B84,B85,B87,B88,B89,B9,B95,C1,C10,C11,C12,C13,C15,C18,C19,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C28,C29,C31,C33,C35,C36,C37,C42,C43,C45,C49,C5,C51,C55,C56,C59,C6,C61,C64,C65,C66,C69,C70,C72,C73,C78,C8,C80,C81,C82,C84,C85,C86,C9,D4,D8,D9 |
Chr1:49882481 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B105,B75 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。