当前解析结果
SmilChr06G001930| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001930 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001930 |
| 描述 | oleosin H1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 23506575 - 23507334 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130990089 |
|---|---|
| GeneID | 130990089 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990089 |
| 原始查询 | LOC130990089 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | oleosin H1-like |
| 产物 | oleosin H1-like |
| Arabidopsis | AT3G01570 (AT3G01570)Oleosin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821106] identity=51.2; qcov=0.976; evalue=6.62e-44; confidence=medium |
| Rice | Os03g0699000 (OLE18)- identity=51.5; qcov=0.783; evalue=1.49e-24; confidence=medium |
| GO | GO:0010344 (seed oilbody biogenesis); GO:0012511 (monolayer-surrounded lipid storage body); GO:0016020 (membrane); GO:0019915 (lipid storage); GO:0050826 (response to freezing) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01277 (Oleosin) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990089 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.60000 | XP_057770278.1 |
| 2 | Cytoplasmic vesicle | 细胞质囊泡 | 0.40000 | XP_057770278.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.40000 | XP_057770278.1 |
| 4 | Nucleus membrane | 核膜 | 0.20000 | XP_057770278.1 |
| 5 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057770278.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:23506807 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B91 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770278.1PF01277
Oleosin 39-148 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770278.1 |
Pfam | PF01277 |
Oleosin | Family | 39 | 148 | 1e-37 | 129.0 | Oleosin |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。