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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G002027

染色体: Chr06 坐标: 26305249-26307323 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G002027
名称SmilChr06G002027
描述uncharacterized SmilChr06G002027
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向26305249 - 26307323 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990091
GeneID130990091
locus_tag-
NCBI NameLOC130990091
原始查询LOC130990091

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
产物zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]; symbol=AT2G01050; hit=AT2G01050; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT2G01050 (AT2G01050)
zinc ion binding / nucleic acid binding protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814629]
identity=29.4; qcov=0.344; evalue=3.03e-25; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990091

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057770279.1
2 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.60000 XP_057770279.1
3 Cytoplasmic ribonucleoprotein granule Cytoplasmic ribonucleoprotein granule 0.60000 XP_057770279.1
4 P-body P-body 0.40000 XP_057770279.1
5 Stress granule Stress granule 0.20000 XP_057770279.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:26305426 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C24
Chr6:26305436 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C25
Chr6:26305504 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C24
Chr6:26305514 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B12
Chr6:26305528 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B63
Chr6:26305621 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B1
Chr6:26305657 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,D10
Chr6:26305658 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B58,C81
Chr6:26305820 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C21,C79
Chr6:26305821 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C4,C87
Chr6:26305825 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B97,C61,C68
Chr6:26305834 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,B125,B42,B49,B58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914296.1
TTGCTGCGGTTCTGGTGGCCAAACTCTGGTGGCCGGATCCGACAGCGTTTCTGGTGGACCGATCTGGTGGCTGCTGTCCGTGGCGTCTCCAACCTCCACAAACCAGGTCCCAAAAACAGCACACCAGCTGTTTGACAAAAAGCACCAAAGACCGATTTTGGCTCTCCCTTGTTTAGCTGCTGTCTGTTTTGCTTTTTCCGGCTCCTGCTGCAGGAGTTTTTTGGTTCCACATGACTTCTCCGGGAGGTCTGAATCTCCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990091
ATGACTTCTCCGGGAGGTCTGAATCTCCCAATAGTTTCGAACAATTTTGCCTGCAATAATTCCCCGATGAATGACTACACAAAGACTGGTGCGGGCTCGGCTGGCGGTAACGGAGCAGATTCTGCTTTTGTGGAGGAACGAGAAGTTGCTATACCCAACGCCACAGCTATCTCAAACCCTAATGATTCGGATGTGGGGGCTGAAAAAATGCCCAACTCCAAATCGTATGCTGATATCACGATGAACAGGCCACCGAGACG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770279.1
MTSPGGLNLPIVSNNFACNNSPMNDYTKTGAGSAGGNGADSAFVEEREVAIPNATAISNPNDSDVGAEKMPNSKSYADITMNRPPRRPDLAAHRFHSLRPTKEGEQFSLKVPQHLYAQEVSKEFSHAIIGRLLLRKGDKPQPALLLKAELHKIWKLESEWQLIPLGKGYYTLAFRTPEDKTRAKAKPVWELSCGHVRLREWSKHFDPFKEHSSMANVWVRIHYLPIEYWHPEILAGIGRYIGHPIKIDGASARRDFGQFA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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