Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001432

染色体: Chr06 坐标: 15137319-15143468 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001432
名称SmilChr06G001432
描述zinc finger A20 and AN1 domain-containing stress-associated protein 8-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向15137319 - 15143468 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990121
GeneID130990121
locus_tag-
NCBI NameLOC130990121
原始查询LOC130990121

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述zinc finger A20 and AN1 domain-containing stress-associated protein 8-like
产物zinc finger A20 and AN1 domain-containing stress-associated protein 8-like
ArabidopsisAT1G51200 (AT1G51200)
A20/AN1-like zinc finger family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841543]
identity=56.4; qcov=0.965; evalue=1e-47; confidence=medium
RiceOs06g0612800 (Osi-SAP8)
-
identity=60.8; qcov=1; evalue=9.03e-73; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF01428 (zf-AN1); PF01754 (zf-A20)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990121

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770307.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057770307.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770307.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770307.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770307.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:15138653 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B59,D2
Chr6:15138667 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,C85
Chr6:15138693 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B59,D2
Chr6:15138702 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B109,B47,D10
Chr6:15138738 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B113,B52,B65,C49
Chr6:15138750 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,B9,C38
Chr6:15138778 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,B9,C38
Chr6:15138792 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B34,C85
Chr6:15138794 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 26 A16,B11,B111,B123,B138,B15,B23,B3,B37,B41,B58,B71,B73,B84,B89,C2,C3,C30,C32,C5,C51,C62,C68,C74,C80,C83
Chr6:15138801 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B100,B44
Chr6:15138804 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr6:15138854 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770307.1
171 aa
N
1
86
171
zf-A20
zf-AN1
C
PF01754 zf-A20 16-41 aa PF01428 zf-AN1 112-148 aa
XP_057770308.1
171 aa
N
1
86
171
zf-A20
zf-AN1
C
PF01754 zf-A20 16-41 aa PF01428 zf-AN1 112-148 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770307.1 Pfam PF01754 zf-A20 Domain 16 41 1.6e-14 53.9 A20-like zinc finger
XP_057770307.1 Pfam PF01428 zf-AN1 Domain 112 148 4.3e-09 37.1 AN1-like Zinc finger
XP_057770308.1 Pfam PF01754 zf-A20 Domain 16 41 1.6e-14 53.9 A20-like zinc finger
XP_057770308.1 Pfam PF01428 zf-AN1 Domain 112 148 4.3e-09 37.1 AN1-like Zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XR_009090836.1
TGGAAGGTGATATTTTCATTGAAATTTTGCTTAGGTTTTCAGGCTTTTGTTAGGAATTTTCTGTGACGCTTGATTGCATTTGTGAAACTGTGATTGATTCGGAAAGTTTGAATTTTTATCGAGTGATCTAGGTTTCTTTTTGGTGTTTGTTAGATGTTTGAACCTTTTTAGGTTTAGGGTAAATATTTATATTCATTGCGGGATTGTTTGGCTTTTGGACTAGAAGAATTTATGGTACAAGTTTTATGATGTGAAGGTTT...
XM_057914325.1
TGGAAGGTGATATTTTCATTGAAATTTTGCTTAGGTTTTCAGGCTTTTGTTAGGAATTTTCTGTGACGCTTGATTGCATTTGTGAAACTGTGATTGATTCGGAAAGTTTGAATTTTTATCGAGTGATCTAGGTTTCTTTTTGGTGTTTGTTAGATGTTTGAACCTTTTTAGGTTTAGGGTAAATATTTATATTCATTGCGGGATTGTTTGGCTTTTGGACTAGAAGAATTTATGGTACAAGTTTTATGATGTGAAGGTTT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130990121
ATGGAGTCTTCAAATGAGACAAGCTACCAAGCTCGAGAAGGCCCGATTCTCTGCATCAACAACTGTGGCTTCTTCGGAAGTGCTGCTACGATGAACATGTGCTCCAAGTGCCATAAAGACATGGTACTGAAACAGCAGCAGACACAATTTGCTGCAGCATCAATCGAGAACATGGTTAATGGCTGCAGCAGCTCTAGCATCAACCAGAAAGAGCCTCTCCCTGCCAATGCAGTGAGCGTGGATGCTGGGGCAGTTGATTT...
LOC130990121
ATGGAGTCTTCAAATGAGACAAGCTACCAAGCTCGAGAAGGCCCGATTCTCTGCATCAACAACTGTGGCTTCTTCGGAAGTGCTGCTACGATGAACATGTGCTCCAAGTGCCATAAAGACATGGTACTGAAACAGCAGCAGACACAATTTGCTGCAGCATCAATCGAGAACATGGTTAATGGCTGCAGCAGCTCTAGCATCAACCAGAAAGAGCCTCTCCCTGCCAATGCAGTGAGCGTGGATGCTGGGGCAGTTGATTT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057770307.1
MESSNETSYQAREGPILCINNCGFFGSAATMNMCSKCHKDMVLKQQQTQFAAASIENMVNGCSSSSINQKEPLPANAVSVDAGAVDLKLDSPQPIPDLVSSEPKPNERPSRCTSCRKRVGLTGFSCRCGNLFCSVHRYSDKHECSFDYRSVAQDAIAKANPLVKADKLDKI
XP_057770308.1
MESSNETSYQAREGPILCINNCGFFGSAATMNMCSKCHKDMVLKQQQTQFAAASIENMVNGCSSSSINQKEPLPANAVSVDAGAVDLKLDSPQPIPDLVSSEPKPNERPSRCTSCRKRVGLTGFSCRCGNLFCSVHRYSDKHECSFDYRSVAQDAIAKANPLVKADKLDKI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器