Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001444`

染色体: Chr06 坐标: 15265445-15268458 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001444`
名称	SmilChr06G001444
描述	adenylosuccinate synthetase 1, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	15265445 - 15268458 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990132`
GeneID	`130990132`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990132`
原始查询	`LOC130990132`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	adenylosuccinate synthetase 1, chloroplastic
产物	adenylosuccinate synthetase 1%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT3G57610` (ADSS) adenylosuccinate synthase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824930] identity=77.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0174500` (PURA1) - identity=82.1; qcov=0.862; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004019 (adenylosuccinate synthase activity); GO:0005525 (GTP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0044208 ('de novo' AMP biosynthetic process); GO:0046040 (IMP metabolic process)
KEGG	smil00230 (Purine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00250 (Alanine, aspartate and glutamate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01232 (Nucleotide metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01240 (Biosynthesis of cofactors - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00709 (Adenylsucc_synt)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990132

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057770314.1`
2	Mitochondrion matrix	线粒体基质	0.80000	`XP_057770314.1`
3	Mitochondrion	线粒体	0.60000	`XP_057770314.1`
4	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057770314.1`
5	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057770314.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:15265703`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A23,B26,B30,B72
`Chr6:15265839`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C75
`Chr6:15265910`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B47,D10
`Chr6:15265913`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A23,B26,B30,B72
`Chr6:15265928`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B85
`Chr6:15266859`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B103,C13
`Chr6:15266971`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr6:15267715`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B47,D10
`Chr6:15267814`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B130,C65
`Chr6:15267871`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B32
`Chr6:15268134`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B120,C37,C61,C85
`Chr6:15268162`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770314.1

499 aa

250

499

Adenylsucc_synt

PF00709 Adenylsucc_synt 80-497 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770314.1`	Pfam	`PF00709`	Adenylsucc_synt	Domain	80	497	7.2e-175	582.4	Adenylosuccinate synthetase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914331.1
GGGTAATAAGATTATAATTATCGTGAGTGTAATATTTGGATTTACATCCAATTAACTCAATTTTAAATGACATGAAAATTGTCGGATTGTTTCTGCATTTCGCACACTGTCGCTCGCGCTCTCCTCTCTAACCCTCACAACCCTCTCTCTCTCCGCCGCCATGAACCTCTCCTCCTCCACCTCCATATCCTCGGCCACGCGAACGTGGAACGGGACCCTCTACGGGAGGCTCGGCGGGTCCCACCCTCAATTTAGTCTCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990132
ATGAACCTCTCCTCCTCCACCTCCATATCCTCGGCCACGCGAACGTGGAACGGGACCCTCTACGGGAGGCTCGGCGGGTCCCACCCTCAATTTAGTCTCTCGCTTCCTACCTGCAAGCAGCAGAAGACGATTATTTGCTCCGCCGCCGCGAAGAGCGGCTCCGCCGTGATCGAGCAAGGGCTCGGCGAGTATCGATCGGGAGTCAGCCGAATCGTAGATCTGAGTCATGTTTCCGGCGTGCTTGGATGTCAGTGGGGGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770314.1
MNLSSSTSISSATRTWNGTLYGRLGGSHPQFSLSLPTCKQQKTIICSAAAKSGSAVIEQGLGEYRSGVSRIVDLSHVSGVLGCQWGDEGKGKLVDVLAQHFDIVARCQGGANAGHTIYNSEGKKFALHLVPSGILNEETVCVIGNGVVVHLPGFFKEVDGLEANGVSCKGRILVSDRAHLLFDFHQAVDGLREAELAKSFIGTTRRGIGPCYSSKVIRNGLRVSDLRHMDTFPQKLDVLLSDAASRFKGFNYTPEMLREE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器