当前解析结果
SmilChr01G003121| 统一新 Gene ID | SmilChr01G003121 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr01G003121 |
| 描述 | cytochrome P450 71D10-like |
| 染色体 / SeqID | Chr01 / NC_080387.1 |
| 坐标与链方向 | 50031791 - 50033646 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130990145 |
|---|---|
| GeneID | 130990145 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990145 |
| 原始查询 | LOC130990145 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | cytochrome P450 71D10-like |
| 产物 | cytochrome P450 71D10-like |
| Arabidopsis | AT3G26310 (CYP71B35)cytochrome P450, family 71, subfamily B, polypeptide 35 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822235] identity=37.7; qcov=0.998; evalue=1.22e-119; confidence=medium |
| Rice | Os09g0275400- identity=44.6; qcov=0.946; evalue=2.35e-137; confidence=medium |
| GO | GO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00067 (p450) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990145 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 1.00000 | XP_057770335.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.80000 | XP_057770335.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057770335.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770335.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770335.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr1:50031965 |
AT |
A |
1bp_deletion | frameshift_variant | 28 | A13,A20,A21,A3,B128,B132,B15,B17,B22,B25,B31,B47,B63,B67,B69,B86,B88,C19,C34,C44,C46,C54,C60,C62,C79,D1,D2,D3 |
Chr1:50032113 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 18 | A14,A6,B100,B102,B112,B117,B12,B123,B125,B3,B84,B90,B92,C14,C38,C65,C75,C83 |
Chr1:50032158 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B85 |
Chr1:50032204 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B28,B55,C60,D11 |
Chr1:50032352 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B78,C2 |
Chr1:50032945 |
C |
CT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B10 |
Chr1:50032945 |
C |
CT |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B10 |
Chr1:50033273 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C51 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770335.1PF00067
p450 39-476 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770335.1 |
Pfam | PF00067 |
p450 | Domain | 39 | 476 | 1.2e-98 | 331.6 | Cytochrome P450 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。