Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001469`

染色体: Chr06 坐标: 15588018-15590236 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001469`
名称	SmilChr06G001469
描述	protein DUF642 L-GALACTONO-1,4-LACTONE-RESPONSIVE GENE 2-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	15588018 - 15590236 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990154`
GeneID	`130990154`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990154`
原始查询	`LOC130990154`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein DUF642 L-GALACTONO-1,4-LACTONE-RESPONSIVE GENE 2-like
产物	protein DUF642 L-GALACTONO-1%2C4-LACTONE-RESPONSIVE GENE 2-like
Arabidopsis	`AT2G41810` (AT2G41810) imidazolonepropionase (Protein of unknown function, DUF642) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818780] identity=67; qcov=0.981; evalue=1.79e-175; confidence=high
Rice	`Os03g0807700` - identity=57.4; qcov=0.932; evalue=3.15e-140; confidence=high
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF04862 (DUF642)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990154

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	0.60000	`XP_057770351.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.40000	`XP_057770351.1`
3	Vacuole	液泡	0.40000	`XP_057770351.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057770351.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770351.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:15589095`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:15589131`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:15589143`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B112,C11,C69,C79,D3
`Chr6:15589146`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr6:15589689`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B56
`Chr6:15589859`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C48
`Chr6:15589919`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B24,C8,C82,D10,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770351.1

368 aa

184

368

DUF642

PF04862 DUF642 29-186 aa PF04862 DUF642 198-364 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770351.1`	Pfam	`PF04862`	DUF642	Domain	29	186	7e-79	263.8	Protein of unknown function (DUF642)
`XP_057770351.1`	Pfam	`PF04862`	DUF642	Domain	198	364	7e-79	263.8	Protein of unknown function (DUF642)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914368.1
AAATAATATTAAAAATGTAGTCTAATATTCTGAAACGCTTTTCCATTACAAACTATACGTACAAGTTCCCTTGCATAGACATTCATTTTTCTCCAACAATATGCTCCTGTTATCAAATAACAATAGACACTCTGGGTTTTTTTTTACACATATTGTTTTTAATTATATTTTCCCTATATGTGACTTTTGAATTCGAAATCCCACATATATTAGCTTTAATAGTTTTTTTTTTTGGGTTTTCCTTCAACTTTTCTTTTTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990154
ATGGCCTATCCTACTCTTTCTTTCCTAGTCCTATTCATTCTTTGCAACATTCTAGCTTCTGCTAAAGAAGCTACACCTCTCGATGGACTACTACCGAATGGAAACTTTGAAGTTGGGCCAAAGGCAGTGCACCTGAATAAAACAGTGATAATTGGCAAGTACTCCCTCCCCAAATGGGTGATCTCCGGCATAGTTGAGTACATCTCCGGCGGGCCCCAGCCGGGCGGGTTCTACTTTGCCGTCCCGCGAGGGATCCACGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770351.1
MAYPTLSFLVLFILCNILASAKEATPLDGLLPNGNFEVGPKAVHLNKTVIIGKYSLPKWVISGIVEYISGGPQPGGFYFAVPRGIHAVRLGNEASITQYVRNLKPGTTYSLTFGATRTCAQDEVLRVSVPGLYSDLPIQTLYSTDGGDTYAWSFRANSSVVKVTFHNLGMQEDPTCGPLLDAIAIKERLPLKLTPGNLVKNGGFENGPHIFKNFSTGILVLPMRQDLYSPIPGWIVESLKPVKYIDSKHFNVPSGLAAIE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器