Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001511

染色体: Chr06 坐标: 16132046-16133257 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001511
名称SmilChr06G001511
描述probable calcium-binding protein CML36
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向16132046 - 16133257 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990192
GeneID130990192
locus_tag-
NCBI NameLOC130990192
原始查询LOC130990192

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable calcium-binding protein CML36
产物probable calcium-binding protein CML36
ArabidopsisAT3G10190 (AT3G10190)
Calcium-binding EF-hand family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820181]
identity=48.4; qcov=1; evalue=3.17e-59; confidence=high
RiceOs01g0949500 (OsCML10)
-
identity=42; qcov=0.624; evalue=1.27e-30; confidence=medium
GOGO:0005509 (calcium ion binding)
KEGGsmil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00036 (EF-hand_1); PF13202 (EF-hand_5); PF13405 (EF-hand_6); PF13499 (EF-hand_7); PF13833 (EF-hand_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990192

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057770400.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057770400.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770400.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770400.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770400.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:16132486 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C65
Chr6:16132494 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C37
Chr6:16132533 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B118,B126,B134,C25,C41
Chr6:16132551 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C14
Chr6:16132558 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr6:16132564 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C27,D4
Chr6:16132613 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:16132793 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B64,B90,B92
Chr6:16132800 TGA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 B75
Chr6:16132800 TGA T 2bp_deletion CDS_variant 1 B75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770400.1
221 aa
N
1
110
221
EF-hand_1
EF-hand_6
EF-hand_7
EF-hand_5
EF-hand_8
EF-hand_5
EF-hand_1
EF-hand_6
EF-hand_7
EF-hand_5
EF-hand_8
EF-hand_1
EF-hand_5
C
PF00036 EF-hand_1 81-108 aa PF13405 EF-hand_6 81-110 aa PF13499 EF-hand_7 81-141 aa PF13202 EF-hand_5 82-106 aa PF13833 EF-hand_8 94-140 aa PF13202 EF-hand_5 121-140 aa PF00036 EF-hand_1 154-181 aa PF13405 EF-hand_6 154-183 aa PF13499 EF-hand_7 155-216 aa PF13202 EF-hand_5 156-177 aa PF13833 EF-hand_8 167-217 aa PF00036 EF-hand_1 191-217 aa PF13202 EF-hand_5 199-216 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770400.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 81 108 5.7e-30 101.3 EF hand domain
XP_057770400.1 Pfam PF13405 EF-hand_6 Domain 81 110 2.7e-26 89.4 EF-hand domain
XP_057770400.1 Pfam PF13499 EF-hand_7 Domain 81 141 6e-31 107.3 EF-hand domain pair
XP_057770400.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 82 106 6.5e-25 86.1 EF hand
XP_057770400.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 94 140 9e-18 64.5 EF-hand domain pair
XP_057770400.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 121 140 6.5e-25 86.1 EF hand
XP_057770400.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 154 181 5.7e-30 101.3 EF hand domain
XP_057770400.1 Pfam PF13405 EF-hand_6 Domain 154 183 2.7e-26 89.4 EF-hand domain
XP_057770400.1 Pfam PF13499 EF-hand_7 Domain 155 216 6e-31 107.3 EF-hand domain pair
XP_057770400.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 156 177 6.5e-25 86.1 EF hand
XP_057770400.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 167 217 9e-18 64.5 EF-hand domain pair
XP_057770400.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 191 217 5.7e-30 101.3 EF hand domain
XP_057770400.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 199 216 6.5e-25 86.1 EF hand

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914417.1
CATCAAAACAAGAAATGCAAAGACTACCACAACCAGACTTTTCATCAAGTGATCAAACTAATCAAATCATCAAATTTTCAAAGCTCTCTCTCTATACCTCTCCCCTTTTCTCTCTCTCTAAGAAACTTCGTGGAAGCTCACTATGGCTTCCTACTCCCTCCCTCCATTTAACCCGCCCTCATTCCTCTACTCTCACTCATCACGCCTCCACTTTCTCTCTCTTATTCATATTTGTTTACGCATCCTCTCTACGGAGCGCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990192
ATGAAGCTCGCCAAGATCCTACCCGGAAAGCTCTTCAAGACGAGGAAATCCCGCTCCGTCTCCAGATCCGACACCGATCCGTCGTCGTTCAGCTCTCAGGCGACATCTTCGTCCTCCTCCTCCTCCTCGTCGGAGGACGTCTTCAAGACGTCGAAGCCGAACGGCTCCTCCACGCCGAACAGCGTGCTCCCCTCCTCCTCCTCCGGCGAGTGGCCGGAGATCTCCGCCGACGTCTACCTGGAGCTGAAACAAGCCTTCGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770400.1
MKLAKILPGKLFKTRKSRSVSRSDTDPSSFSSQATSSSSSSSSSEDVFKTSKPNGSSTPNSVLPSSSSGEWPEISADVYLELKQAFEMIDRDGDGKIEKEELERLLRRIGAEPPSQEELKLMLSEVDRDGDGCISLEEFYAIGSAFAPPACGGEMRETFDFFDSDRDGRITAEELLEVFKTIGDARCTLEECRRMIRGVDRNGDGFVCFEDFTRMMELQQR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器