Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003127

染色体: Chr01 坐标: 50092005-50097039 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003127
名称SmilChr01G003127
描述salviol synthase-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向50092005 - 50097039 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990193
GeneID130990193
locus_tag-
NCBI NameLOC130990193
原始查询LOC130990193

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述salviol synthase-like
产物salviol synthase-like
ArabidopsisAT3G26330 (CYP71B37)
cytochrome P450, family 71, subfamily B, polypeptide 37 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822237]
identity=42.6; qcov=0.931; evalue=7.6e-133; confidence=medium
RiceOs03g0593600 (CYP71W1)
-
identity=46.3; qcov=0.935; evalue=7.15e-149; confidence=high
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990193

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057770404.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057770404.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770404.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770404.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770404.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:50092111 ACT A 2bp_deletion frameshift_variant 2 B12,D1
Chr1:50092194 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B119,B121,B35,C17,C82
Chr1:50092270 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:50092276 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:50092406 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B100,B117,B90,B92,C65
Chr1:50092616 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B119,B121,B35,C17,C82
Chr1:50092725 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B90,B92,C65
Chr1:50096485 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr1:50096586 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr1:50096706 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B18,B40,B49,B78

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770404.1
504 aa
N
1
252
504
p450
C
PF00067 p450 40-488 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770404.1 Pfam PF00067 p450 Domain 40 488 2e-100 337.5 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914421.1
AACACGAAACAAGTTCAACGACATGATGGAGTTGAACATCCCATCCACACTCATAGCTCTACTTTCATTTCTCCTCTTACTCTTCACCTTTCTCAAATCGCGACGAATCACAAAATCTGCAAACAGCTACTCACACTTCCCAGGTCCCAAAGCGCTCCCCCTCATCGGAAACCTGCACCTCATGGTAGGCGCCGCCTTGCCCCACCACTTCTTCAGAGACCTCGCCGCCAAATACGGCCGCCTGATGCACCTGCAGCTCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990193
ATGATGGAGTTGAACATCCCATCCACACTCATAGCTCTACTTTCATTTCTCCTCTTACTCTTCACCTTTCTCAAATCGCGACGAATCACAAAATCTGCAAACAGCTACTCACACTTCCCAGGTCCCAAAGCGCTCCCCCTCATCGGAAACCTGCACCTCATGGTAGGCGCCGCCTTGCCCCACCACTTCTTCAGAGACCTCGCCGCCAAATACGGCCGCCTGATGCACCTGCAGCTCGGCGAGATCCACTTCCTCATCGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770404.1
MMELNIPSTLIALLSFLLLLFTFLKSRRITKSANSYSHFPGPKALPLIGNLHLMVGAALPHHFFRDLAAKYGRLMHLQLGEIHFLIVSSVDLAKQVVKTHDINFANRPPGLAAETLSYHYTDVVISPYSDQWRQLRKICTLELLSARRVQSFRPIRVEENLNLCRSIASCEGSPANLSDKLALASYDVITRAAVGAKTKEREMVTALVLDSLRLGSGFMIADLYPSIKLLPLITGAQFRIQRIHHRLDRLFDTIIKQHKS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器