当前解析结果
SmilChr06G001519| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001519 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001519 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G001519 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 16359021 - 16359952 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130990200 |
|---|---|
| GeneID | 130990200 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990200 |
| 原始查询 | LOC130990200 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818719]; symbol=AT2G41200; hit=AT2G41200; species=arabidopsis; confidence=medium |
| 产物 | uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818719]; symbol=AT2G41200; hit=AT2G41200; species=arabidopsis; confidence=medium |
| Arabidopsis | AT2G41200 (AT2G41200)uncharacterized protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818719] identity=46; qcov=1.04; evalue=7.92e-42; confidence=medium |
| Rice | Os01g0955600- identity=38.1; qcov=0.87; evalue=3.21e-21; confidence=medium |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF25284 (DUF7874) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990200 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.80000 | XP_057770408.1 |
| 2 | Mitochondrion | 线粒体 | 0.60000 | XP_057770408.1 |
| 3 | Mitochondrion membrane | 线粒体膜 | 0.60000 | XP_057770408.1 |
| 4 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.40000 | XP_057770408.1 |
| 5 | Mitochondrion outer membrane | 线粒体外膜 | 0.20000 | XP_057770408.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:16359151 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B100,B14,B47,C34,C75 |
Chr6:16359207 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:16359251 |
A |
ACC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B112,C83 |
Chr6:16359251 |
A |
ACC |
2bp_insertion | CDS_variant | 2 | B112,C83 |
Chr6:16359323 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C74 |
Chr6:16359696 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A14,B68,B69,B91 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770408.1PF25284
DUF7874 19-154 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770408.1 |
Pfam | PF25284 |
DUF7874 | Family | 19 | 154 | 1.9e-55 | 187.4 | Family of unknown function (DUF7874) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。