Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001530`

染色体: Chr06 坐标: 16544231-16545318 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001530`
名称	SmilChr06G001530
描述	uncharacterized SmilChr06G001530
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	16544231 - 16545318 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990209`
GeneID	`130990209`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990209`
原始查询	`LOC130990209`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os12g0597300; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os12g0597300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G05850` (MUG7) MuDR family transposase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:3768859] identity=25.9; qcov=0.966; evalue=5.24e-12; confidence=low
Rice	`Os12g0597300` - identity=28.6; qcov=0.928; evalue=1.51e-23; confidence=low
GO	GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF04434 (SWIM)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990209

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057770417.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770417.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770417.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057770417.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057770417.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:16544350`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C83
`Chr6:16544901`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C51
`Chr6:16544972`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	A13
`Chr6:16544972`	`A`	`AT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	A13
`Chr6:16544986`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C41
`Chr6:16544987`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A13,B133
`Chr6:16544995`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,C5,C77,D5
`Chr6:16545003`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B56,C61
`Chr6:16545003`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B56,C61
`Chr6:16545103`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C49
`Chr6:16545110`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B68
`Chr6:16545115`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	B88

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770417.1

264 aa

132

264

SWIM

PF04434 SWIM 124-154 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770417.1`	Pfam	`PF04434`	SWIM	Domain	124	154	2.7e-08	33.9	SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057914434.1
CTATGCTACTACCATTTGCAAAATAACCTGAAGCATTACGGTAAGGCAGTGGTCGAGGTGTATCGACAAGCTGCATTTGCGTACGAGAAGTCCGACTTCAATAGGGCTATGAACGCCCTGAAGGTTATGAAGAGAGCCGCGTACGATAAACTAATGGGGATTGGGCCGGAGAAGTGGGCTCGTTCGATGTGTCCTATGCCTGTGCGACGCTACAGTTTTATGACATCAAATGCTGCTGAAGCTTTTAATTCCAGATTGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990209
ATGAACGCCCTGAAGGTTATGAAGAGAGCCGCGTACGATAAACTAATGGGGATTGGGCCGGAGAAGTGGGCTCGTTCGATGTGTCCTATGCCTGTGCGACGCTACAGTTTTATGACATCAAATGCTGCTGAAGCTTTTAATTCCAGATTGTTGTGGGCAAGAAGACTTCCTATATGCTCGATGTTAGAGGCAATCAGAATTGTTATTGAGAAATGGTTCAGCGAGCGACTAAGGGCTGCACAACAAATCGAGCAAGGCTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770417.1
MNALKVMKRAAYDKLMGIGPEKWARSMCPMPVRRYSFMTSNAAEAFNSRLLWARRLPICSMLEAIRIVIEKWFSERLRAAQQIEQGLTVEAGKRVAIEVQKSRRYTAQRLSGMKYKVQTADRSFKVDLEKKKCECRVFQLDQLPCSHSIAAISEAGDTIAEYVDSYYTNDFLIDTYSREVNNLPPRRQWLVPEHIAEQVVLPLIVKGQAGRPKEGRHRGGGEGTSTQADESSSIRRRKPKKCSICHEEGHNKRTCAGRAT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器