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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003131

染色体: Chr01 坐标: 50137159-50141307 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003131
名称SmilChr01G003131
描述uncharacterized protein C23H3.12c
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向50137159 - 50141307 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990221
GeneID130990221
locus_tag-
NCBI NameLOC130990221
原始查询LOC130990221

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述K+-H+ exchange-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841813]; symbol=AT1G53760; hit=AT1G53760; species=arabidopsis; confidence=high
产物K+-H+ exchange-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841813]; symbol=AT1G53760; hit=AT1G53760; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G53760 (AT1G53760)
K+-H+ exchange-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841813]
identity=54.4; qcov=1; evalue=2.17e-104; confidence=high
RiceOs02g0152600
-
identity=48.2; qcov=1.03; evalue=4.27e-89; confidence=high
GOGO:0005743 (mitochondrial inner membrane); GO:0006813 (potassium ion transport); GO:1902600 (proton transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF10173 (Mit_KHE1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990221

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057770434.1
2 Mitochondrion membrane 线粒体膜 1.00000 XP_057770434.1
3 Mitochondrion inner membrane 线粒体内膜 0.80000 XP_057770434.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770434.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770434.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:50137457 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr1:50137469 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B36
Chr1:50137541 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:50137764 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C27
Chr1:50137808 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66
Chr1:50137817 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr1:50140828 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B66

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770434.1
273 aa
N
1
136
273
Mit_KHE1
C
PF10173 Mit_KHE1 4-192 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770434.1 Pfam PF10173 Mit_KHE1 Family 4 192 1.5e-43 149.9 Mitochondrial K+-H+ exchange-related

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914451.1
ATATGAGAAAATGAGAAGAAAACAATTATAGAAAGAAGAAGGGATCCAAGTAGACAGAGCACTCATTTGATCTTTTATAGTTTTATTTTATTTTATATTTCGCACTCATTTAGCCTGCACAGTCAGCCTTCGAAACACACTTTGCTAAACAACGCCGCCGCTCAATTTTTGTAATTTGCATACATTTTCCGATTTCATTTCTCTTCTCACATAATCTCATTCACATCAACGCTCCACACGCTCTCGAGCAGTTTGGAATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990221
ATGAGGGCTAAAGTTGTCGTGTTTCCGATCAGAGGAAGGAATTGGTGTTTCAGCCGATCGATTGACCCTTCGACGGCCGGTGCTCAATCATCCACCGCTCCGTCGACGGTGAAGGAGCTCTGGAACAAAATCTCCAGCAATAAGCCGTCCGAGGACTCGAAAGTTGAGCTCGCCGTTGATTTCTTCGCAAACAAGATGAATGGAGCCTGGACTAAGCTGGAGAAGGCGCCCCAAGGAACTTTCAAGAATAAAATTCATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770434.1
MRAKVVVFPIRGRNWCFSRSIDPSTAGAQSSTAPSTVKELWNKISSNKPSEDSKVELAVDFFANKMNGAWTKLEKAPQGTFKNKIHGLGVRLLSRVKPSEIFFKSIPKEINRVDIVYPSSLNPRLVRRRLRHLAFRGSIIHTKYFYFSAIMVPLTSVFMVLPLPNIPFFWLLFRAYSHWRASQGSEKLMHLVSDASYRPLPSDQTAKSEDCSTQDKNSENSTTSPLVFQPSEELEKLIQNKDGDNGLSECVISKICQKHY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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