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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001557

染色体: Chr06 坐标: 16981700-16984981 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001557
名称SmilChr06G001557
描述bZIP transcription factor 17-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向16981700 - 16984981 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990232
GeneID130990232
locus_tag-
NCBI NameLOC130990232
原始查询LOC130990232

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述bZIP transcription factor 17-like
产物bZIP transcription factor 17-like
ArabidopsisAT2G40950 (BZIP17)
Basic-leucine zipper (bZIP) transcription factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818694]
identity=47.1; qcov=1.02; evalue=4.99e-159; confidence=high
RiceOs05g0411300 (BZIP39)
bZIP transcription factor 39-like [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:4338781]
identity=45.9; qcov=0.645; evalue=9.97e-97; confidence=high
GOGO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0006990 (GO:0006990)
KEGG-
PfamPF00170 (bZIP_1); PF07716 (bZIP_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990232

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770447.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.60000 XP_057770447.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057770447.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770447.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770447.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:16982162 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B78,C14
Chr6:16982530 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B137,B139,B32,C4
Chr6:16982551 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:16982703 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr6:16982944 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B99,C30
Chr6:16982948 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B99,C30
Chr6:16983106 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C43
Chr6:16984374 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A6
Chr6:16984430 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B114,B4,B77,B90,B92

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770447.1
753 aa
N
1
376
753
bZIP_2
bZIP_1
C
PF07716 bZIP_2 276-322 aa PF00170 bZIP_1 279-337 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770447.1 Pfam PF07716 bZIP_2 Coiled-coil 276 322 3.8e-06 27.6 Basic region leucine zipper
XP_057770447.1 Pfam PF00170 bZIP_1 Coiled-coil 279 337 3.8e-12 46.8 bZIP transcription factor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914464.1
GGATTTATTTCATTTTTCACATGAGTATTTTATTATTTTGAGCGTGACAAATACTCAAAAGCAAGTCAATAATAAACTCAACGATCGTTCCAAAACTGAGAAAATCCCTCTTTGAACCCTAAAAATCGAATCTTTCCCCATTTTCTTCAATTTACGTGATACTGAGAAGAGCAATAATGGCCGACGCCACAGTGGTTTCCGATGACCTGCCGCCTGTACGAACCACTGATTTTGATTGCGGCCTCTCGGTTCCGCCATTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990232
ATGGCCGACGCCACAGTGGTTTCCGATGACCTGCCGCCTGTACGAACCACTGATTTTGATTGCGGCCTCTCGGTTCCGCCATTTGACTCTGCCTTCTTTTCCCAACAGTTGATGGATGATGATGGCTTCATTGGCGGCGACAATCATGAAGACGTCGTTGTCGACGATTTTGATTTGGATTTCTCCTTCGACGATCTCTACATTCCCACCGCCGATGAGCTCGACGACCTCCTTCCTATCCGAATATCGGAATCCGGATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770447.1
MADATVVSDDLPPVRTTDFDCGLSVPPFDSAFFSQQLMDDDGFIGGDNHEDVVVDDFDLDFSFDDLYIPTADELDDLLPIRISESGFDANLPQFAPNLDQFDAVFKSNCSELRHGSGDCEFPGDHSFDGSGVINSASSGLESDQISGYLNVPSPESDGSNRGASGNCGGGANVSDFPSPESRGSGNCGSNVSEDSNDHARSVSSSPFMNKRSTRADEVDQKIKLVEPPKNKVSSSLLKRKKDCEEMPINTVDSRTNKHRK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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