当前解析结果
SmilChr06G001557| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001557 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001557 |
| 描述 | bZIP transcription factor 17-like |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 16981700 - 16984981 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130990232 |
|---|---|
| GeneID | 130990232 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990232 |
| 原始查询 | LOC130990232 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | bZIP transcription factor 17-like |
| 产物 | bZIP transcription factor 17-like |
| Arabidopsis | AT2G40950 (BZIP17)Basic-leucine zipper (bZIP) transcription factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818694] identity=47.1; qcov=1.02; evalue=4.99e-159; confidence=high |
| Rice | Os05g0411300 (BZIP39)bZIP transcription factor 39-like [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:4338781] identity=45.9; qcov=0.645; evalue=9.97e-97; confidence=high |
| GO | GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005789 (endoplasmic reticulum membrane); GO:0006990 (GO:0006990) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00170 (bZIP_1); PF07716 (bZIP_2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990232 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057770447.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.60000 | XP_057770447.1 |
| 3 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.60000 | XP_057770447.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770447.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770447.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:16982162 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B78,C14 |
Chr6:16982530 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B137,B139,B32,C4 |
Chr6:16982551 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr6:16982703 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D7 |
Chr6:16982944 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B99,C30 |
Chr6:16982948 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B99,C30 |
Chr6:16983106 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C43 |
Chr6:16984374 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | A6 |
Chr6:16984430 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B114,B4,B77,B90,B92 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770447.1PF07716
bZIP_2 276-322 aa
PF00170
bZIP_1 279-337 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770447.1 |
Pfam | PF07716 |
bZIP_2 | Coiled-coil | 276 | 322 | 3.8e-06 | 27.6 | Basic region leucine zipper |
XP_057770447.1 |
Pfam | PF00170 |
bZIP_1 | Coiled-coil | 279 | 337 | 3.8e-12 | 46.8 | bZIP transcription factor |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。