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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001559

染色体: Chr06 坐标: 16988881-16992365 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001559
名称SmilChr06G001559
描述exocyst complex component SEC15A
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向16988881 - 16992365 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990234
GeneID130990234
locus_tag-
NCBI NameLOC130990234
原始查询LOC130990234

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述exocyst complex component SEC15A
产物exocyst complex component SEC15A
ArabidopsisAT3G56640 (SEC15A)
exocyst complex component sec15A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824831]
identity=71.4; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs03g0163500 (OJ1607A12.3)
-
identity=58.8; qcov=0.97; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000145 (exocyst); GO:0006886 (intracellular protein transport); GO:0006887 (exocytosis); GO:0006893 (Golgi to plasma membrane transport); GO:0016020 (membrane); GO:0090522 (GO:0090522)
KEGG-
PfamPF04091 (Sec15_C); PF20651 (EXOC6_Sec15_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990234

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057770450.1
2 Trans-golgi network Trans-golgi network 1.00000 XP_057770450.1
3 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.80000 XP_057770450.1
4 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057770450.1
5 Vesicle 囊泡 0.80000 XP_057770450.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:16989812 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr6:16989944 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B77,C18,C63
Chr6:16990032 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:16990271 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,B2,B93
Chr6:16990274 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B130,C29,C32,C68,D3
Chr6:16990276 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B82
Chr6:16990276 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B82
Chr6:16990773 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B48
Chr6:16990788 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B27,B57
Chr6:16990835 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B103
Chr6:16991000 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,C40
Chr6:16991030 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770450.1
789 aa
N
1
394
789
EXOC6_Sec15_N
Sec15_C
C
PF20651 EXOC6_Sec15_N 51-220 aa PF04091 Sec15_C 400-752 aa
XP_057770451.1
789 aa
N
1
394
789
EXOC6_Sec15_N
Sec15_C
C
PF20651 EXOC6_Sec15_N 51-220 aa PF04091 Sec15_C 400-752 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770450.1 Pfam PF20651 EXOC6_Sec15_N Repeat 51 220 1e-54 185.7 Exocyst complex component EXOC6/Sec15, N-terminal
XP_057770450.1 Pfam PF04091 Sec15_C Repeat 400 752 1.7e-103 347.3 Exocyst complex subunit Sec15 C-terminal
XP_057770451.1 Pfam PF20651 EXOC6_Sec15_N Repeat 51 220 1e-54 185.7 Exocyst complex component EXOC6/Sec15, N-terminal
XP_057770451.1 Pfam PF04091 Sec15_C Repeat 400 752 1.7e-103 347.3 Exocyst complex subunit Sec15 C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914467.1
TAAGCAAAAAAGAAAAAACATAGTATTTGATATTTTCACATGTCATTAACATAAAACATCAGATTTGGAGTCATGGACTATTGTCTTTGCTTCCAAGTGAGAATGTCTGTGCCCTTTTCCCCTAATTTAATTATTACTCCCTATGCTTCATCATCATACCAATAATGGCAAAATCCGGCTAAAAATTATTATCCTACTGCACACACATAAACAACATCGACAACAATTTGGCGTTAACGGCCGAAGAAGAGAGAGAGAAA...
XM_057914468.1
AAACATCAGATTTGGAGTCATGGACTATTGTCTTTGCTTCCAAGTGAGAATGTCTGTGCCCTTTTCCCCTAATTTAATTATTACTCCCTATGCTTCATCATCATACCAATAATGGCAAAATCCGGCTAAAAATTATTATCCTACTGCACACACATAAACAACATCGACAACAATTTGGCGTTAACGGCCGAAGAAGAGAGAGAGAAAGAGAAGGTCTCGACACGCATTTTCTTGGGAGGAAGGAAAGAGAATTCTTGTGG...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130990234
ATGAGTGGTAGAAATAAGAGAAATGTGACTGAGAATGGCGGTGATACGGGCGAGGACTCTGTTCTTGCAACCTTGGTCAGCAATGGAGATGATATGGGTCCGATGGTTAGGCTTGCATTTGAGACGGGGAAGCCCGAAGCCCTCCTGCAGCAGCTCAAGCACTTGGTTAAGAAGAAAGAAGTTGAAATCGAGGAGCTCTGCAAACTCCATTATGAGGAATTTATTGTTGCAGTCGATGAGCTACGTGGTGTCTTGGTTGA...
LOC130990234
ATGAGTGGTAGAAATAAGAGAAATGTGACTGAGAATGGCGGTGATACGGGCGAGGACTCTGTTCTTGCAACCTTGGTCAGCAATGGAGATGATATGGGTCCGATGGTTAGGCTTGCATTTGAGACGGGGAAGCCCGAAGCCCTCCTGCAGCAGCTCAAGCACTTGGTTAAGAAGAAAGAAGTTGAAATCGAGGAGCTCTGCAAACTCCATTATGAGGAATTTATTGTTGCAGTCGATGAGCTACGTGGTGTCTTGGTTGA...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057770450.1
MSGRNKRNVTENGGDTGEDSVLATLVSNGDDMGPMVRLAFETGKPEALLQQLKHLVKKKEVEIEELCKLHYEEFIVAVDELRGVLVDAEELKSELSTDNSRLQQVGSALLTKLEELLESYSIKKNVTEAIKMSKNCVQVLDLCVKCNNHITEGRFYPALKAVDLIEKNYLQSIPAKALKTLIERRIPLLKSHIEKKVCTEVNEWLVHIRSSSKSIGQTAIGYAASARQREEDMLAHQRKAEEQSCLGLEDFTYALDVEEI...
XP_057770451.1
MSGRNKRNVTENGGDTGEDSVLATLVSNGDDMGPMVRLAFETGKPEALLQQLKHLVKKKEVEIEELCKLHYEEFIVAVDELRGVLVDAEELKSELSTDNSRLQQVGSALLTKLEELLESYSIKKNVTEAIKMSKNCVQVLDLCVKCNNHITEGRFYPALKAVDLIEKNYLQSIPAKALKTLIERRIPLLKSHIEKKVCTEVNEWLVHIRSSSKSIGQTAIGYAASARQREEDMLAHQRKAEEQSCLGLEDFTYALDVEEI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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