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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001574

染色体: Chr06 坐标: 17196374-17199286 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001574
名称SmilChr06G001574
描述nascent polypeptide-associated complex subunit alpha-like protein
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向17196374 - 17199286 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990247
GeneID130990247
locus_tag-
NCBI NameLOC130990247
原始查询LOC130990247

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述nascent polypeptide-associated complex subunit alpha-like protein
产物nascent polypeptide-associated complex subunit alpha-like protein
ArabidopsisAT5G13850 (NACA3)
nascent polypeptide-associated complex subunit alpha-like protein 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831231]
identity=74; qcov=1.04; evalue=4.52e-78; confidence=high
RiceOs01g0938900
-
identity=79.3; qcov=1.01; evalue=4.3e-98; confidence=high
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0005854 (nascent polypeptide-associated complex); GO:0006612 (protein targeting to membrane); GO:0051082 (GO:0051082)
KEGG-
PfamPF01849 (NAC); PF19026 (UBA_HYPK)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990247

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057770460.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057770460.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770460.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770460.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770460.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:17196569 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr6:17197877 A ATG 2bp_insertion frameshift_variant 1 B35
Chr6:17197877 A ATG 2bp_insertion CDS_variant 1 B35
Chr6:17198547 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C61
Chr6:17198606 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C61,C9
Chr6:17198800 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A20,B45,B89,C10,C72
Chr6:17198816 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr6:17198992 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770460.1
196 aa
N
1
98
196
NAC
UBA_HYPK
C
PF01849 NAC 58-113 aa PF19026 UBA_HYPK 156-195 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770460.1 Pfam PF01849 NAC Family 58 113 1.5e-24 86.4 NAC domain
XP_057770460.1 Pfam PF19026 UBA_HYPK Domain 156 195 3.1e-14 52.8 HYPK UBA domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914477.1
GTTTAGCGTTTTCTAACTGAAGAGAGACAAGCTTCTACTGTAAGAAGTCTTACTTAAAATAGGGTTTTCTAATGTAACACTGCCTTCATTTCTCTCTCTAGGGTTTTAAGCAAGCACACTCGTCCTCTCTTCAATTTCTCTCGTTTACCTGCCAAAGAATCAAGCATGACTCAATCCCAGGAGGAGTTATTGGCCCACCATCTTGAGCAACAGAAAATTGATAACGACGAGCCTATAATTGAAGATGAAGATGATGATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990247
ATGACTCAATCCCAGGAGGAGTTATTGGCCCACCATCTTGAGCAACAGAAAATTGATAACGACGAGCCTATAATTGAAGATGAAGATGATGATGATGATGATGACGAAGAAGATGAAGATGATGTTGAAGGACAAGAAGATGCCAGTGGTAGGTCAAAGCAGAGTCGTAGTGAGAAGAAGAGTCGCAAGGCGATGCTAAAGCTGGGAATGAAGCCAATCCCGGGGGTCAGCCGAGTCACTGTGAAGAAGAGCAAGAATAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770460.1
MTQSQEELLAHHLEQQKIDNDEPIIEDEDDDDDDDEEDEDDVEGQEDASGRSKQSRSEKKSRKAMLKLGMKPIPGVSRVTVKKSKNILFVISKPDVFKSPNSDTYVIFGEAKIEDLSSQLQTQAAEQFKAPNISQAAPKAEPTTVIQDDEDVDETGVEPKDIELVMTQAGVSRARAVKALKEANGDIVSAIMELTN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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