Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001575

染色体: Chr06 坐标: 17217155-17220699 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001575
名称SmilChr06G001575
描述nascent polypeptide-associated complex subunit alpha-like protein
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向17217155 - 17220699 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990248
GeneID130990248
locus_tag-
NCBI NameLOC130990248
原始查询LOC130990248

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述nascent polypeptide-associated complex subunit alpha-like protein
产物nascent polypeptide-associated complex subunit alpha-like protein
ArabidopsisAT5G13850 (NACA3)
nascent polypeptide-associated complex subunit alpha-like protein 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:831231]
identity=72.5; qcov=1.04; evalue=8.75e-77; confidence=high
RiceOs01g0938900
-
identity=77.3; qcov=1.01; evalue=5.52e-97; confidence=high
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0005854 (nascent polypeptide-associated complex); GO:0006612 (protein targeting to membrane); GO:0051082 (GO:0051082)
KEGG-
PfamPF01849 (NAC); PF19026 (UBA_HYPK)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990248

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057770461.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057770461.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770461.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770461.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770461.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:17220441 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B57
Chr6:17220452 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770461.1
196 aa
N
1
98
196
NAC
UBA_HYPK
C
PF01849 NAC 58-113 aa PF19026 UBA_HYPK 156-195 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770461.1 Pfam PF01849 NAC Family 58 113 2e-24 85.9 NAC domain
XP_057770461.1 Pfam PF19026 UBA_HYPK Domain 156 195 8.5e-14 51.4 HYPK UBA domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914478.1
AAAATAGATAAATAAAAATTGAGTGAATATAGCGAATGAGAGTTCACCGACAAATAAATGGTTCGCTAAAAAAAAGAAAAAAGAAAAAAGAAAATAAATACTAAGTCGTTAGCGTTTTCTAACTGAAGAGAGACAAGCTTCCACTGTAAGCCGTCTTACTTAAAATAGGGTTTTCTAATGTAACACTGCCTTCATTTCTCTCTCTAGGGTTTTAAGCAAGCACGCTCGTGCCCTCTCCAATTTCTCTCGTTTACCTGCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990248
ATGACTCAATCCCAGGAGGAGTTATTGGCCCACCATCTTGAGCAACAGAAAATTGATAACGACGAGCCTATAATTGAAGATGAAGAAGATGATGATGATGACGACGAAGAAGATGAAGATGATGCTGAAGGACAAGAAGATGCCAGTGGTAGGTCAAAGCAGAGTCGTAGTGAGAAGAAGAGTCGCAAGGCGATGCTAAAGCTGGGAATGAAGCCAATCCCGGGGGTCAGCCGAGTCACTGTGAAGAAGAGCAAGAATAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770461.1
MTQSQEELLAHHLEQQKIDNDEPIIEDEEDDDDDDEEDEDDAEGQEDASGRSKQSRSEKKSRKAMLKLGMKPIPGVSRVTVKKSKNILFVISKPDVFKSPNSDTYVIFGEAKIEDLSSQLQTQAAEQFKAPNISQAAPKAEPATVIQDDEDVDETGVEPKDIELVMTQAGVSRARAVKALRDADGDIVTAIMELTN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器