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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001579

染色体: Chr06 坐标: 17230181-17231534 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001579
名称SmilChr06G001579
描述E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向17230181 - 17231534 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990252
GeneID130990252
locus_tag-
NCBI NameLOC130990252
原始查询LOC130990252

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like
产物E3 ubiquitin-protein ligase RING1-like
ArabidopsisAT3G19950 (AT3G19950)
RING/U-box superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821533]
identity=44.4; qcov=0.621; evalue=1.03e-23; confidence=medium
RiceOs03g0351800 (OsRFP)
-
identity=50.6; qcov=0.511; evalue=7.28e-24; confidence=medium
GOGO:0005737 (cytoplasm); GO:0016567 (protein ubiquitination); GO:0061630 (ubiquitin protein ligase activity)
KEGG-
PfamPF00097 (zf-C3HC4); PF12678 (zf-rbx1); PF13639 (zf-RING_2); PF13923 (zf-C3HC4_2); PF17123 (zf-RING_11)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990252

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057770466.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057770466.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057770467.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770466.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770466.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:17230564 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D5
Chr6:17230573 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770466.1
181 aa
N
1
90
181
zf-RING_11
zf-C3HC4
zf-C3HC4_2
zf-RING_2
zf-rbx1
C
PF17123 zf-RING_11 93-121 aa PF00097 zf-C3HC4 93-134 aa PF13923 zf-C3HC4_2 93-134 aa PF13639 zf-RING_2 93-135 aa PF12678 zf-rbx1 94-135 aa
XP_057770467.1
174 aa
N
1
87
174
zf-RING_11
zf-C3HC4
zf-C3HC4_2
zf-RING_2
zf-rbx1
C
PF17123 zf-RING_11 86-114 aa PF00097 zf-C3HC4 86-127 aa PF13923 zf-C3HC4_2 86-127 aa PF13639 zf-RING_2 86-128 aa PF12678 zf-rbx1 87-128 aa
XP_057770468.1
174 aa
N
1
87
174
zf-RING_11
zf-C3HC4
zf-C3HC4_2
zf-RING_2
zf-rbx1
C
PF17123 zf-RING_11 86-114 aa PF00097 zf-C3HC4 86-127 aa PF13923 zf-C3HC4_2 86-127 aa PF13639 zf-RING_2 86-128 aa PF12678 zf-rbx1 87-128 aa
XP_057770469.1
174 aa
N
1
87
174
zf-RING_11
zf-C3HC4
zf-C3HC4_2
zf-RING_2
zf-rbx1
C
PF17123 zf-RING_11 86-114 aa PF00097 zf-C3HC4 86-127 aa PF13923 zf-C3HC4_2 86-127 aa PF13639 zf-RING_2 86-128 aa PF12678 zf-rbx1 87-128 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770466.1 Pfam PF17123 zf-RING_11 Domain 93 121 4.5e-07 30.2 RING-like zinc finger
XP_057770466.1 Pfam PF00097 zf-C3HC4 Domain 93 134 1e-07 32.4 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
XP_057770466.1 Pfam PF13923 zf-C3HC4_2 Domain 93 134 1.1e-09 38.6 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
XP_057770466.1 Pfam PF13639 zf-RING_2 Domain 93 135 4.6e-12 46.7 Ring finger domain
XP_057770466.1 Pfam PF12678 zf-rbx1 Domain 94 135 1.5e-07 32.2 RING-H2 zinc finger domain
XP_057770467.1 Pfam PF17123 zf-RING_11 Domain 86 114 4.2e-07 30.2 RING-like zinc finger
XP_057770467.1 Pfam PF00097 zf-C3HC4 Domain 86 127 9.3e-08 32.5 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
XP_057770467.1 Pfam PF13923 zf-C3HC4_2 Domain 86 127 1.1e-09 38.7 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
XP_057770467.1 Pfam PF13639 zf-RING_2 Domain 86 128 4.2e-12 46.8 Ring finger domain
XP_057770467.1 Pfam PF12678 zf-rbx1 Domain 87 128 1.4e-07 32.4 RING-H2 zinc finger domain
XP_057770468.1 Pfam PF17123 zf-RING_11 Domain 86 114 4.2e-07 30.2 RING-like zinc finger
XP_057770468.1 Pfam PF00097 zf-C3HC4 Domain 86 127 9.3e-08 32.5 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
XP_057770468.1 Pfam PF13923 zf-C3HC4_2 Domain 86 127 1.1e-09 38.7 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
XP_057770468.1 Pfam PF13639 zf-RING_2 Domain 86 128 4.2e-12 46.8 Ring finger domain
XP_057770468.1 Pfam PF12678 zf-rbx1 Domain 87 128 1.4e-07 32.4 RING-H2 zinc finger domain
XP_057770469.1 Pfam PF17123 zf-RING_11 Domain 86 114 4.2e-07 30.2 RING-like zinc finger
XP_057770469.1 Pfam PF00097 zf-C3HC4 Domain 86 127 9.3e-08 32.5 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
XP_057770469.1 Pfam PF13923 zf-C3HC4_2 Domain 86 127 1.1e-09 38.7 Zinc finger, C3HC4 type (RING finger)
XP_057770469.1 Pfam PF13639 zf-RING_2 Domain 86 128 4.2e-12 46.8 Ring finger domain
XP_057770469.1 Pfam PF12678 zf-rbx1 Domain 87 128 1.4e-07 32.4 RING-H2 zinc finger domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914484.1
CTACGTCCCTTTATTAGCAAATTTCTGTTATTGTCGTTTATATCTCCTCAATCAAAGCTAATTTCCCATTTAATTCTTTCTTCGCTTTCTCCCTACTTTTTCTTTTCCATTAGAAGCATGAAGACAGAATTCACGTTTATGGAGGTTGGCGGCAACTTATACAGTAGCATTTATTGGAGAGGCTCAAAGCACATTATGAATGGAGATCTGAAATTGAGAATTAGAATCCCTCGCAATGGTGGTGACTGGTTCTTCTTCAG...
XM_057914486.1
TCCCTTTATTAGCAAATTTCTGTTATTGTCGTTTATATCTCCTCAATCAAAGCTAATTTCCCATTTAATTCTTTCTTCGCTTTCTCCCTACTTTTTCTTTTCCATTAGCATGAAGACAGAATTCACGTTTATGGAGGTTGGCGGCAACTTATACAGTAGCATTTATTGGAGAGGCTCAAAGCACATTATGAATGGAGATCTGAAATTGAGAATTAGAATCCCTCGCAATGGTGGTGACTGGTTCTTCTTCAGAGCTGGTG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130990252
ATGAATTTTGTTATTAGAAGCATGAAGACAGAATTCACGTTTATGGAGGTTGGCGGCAACTTATACAGTAGCATTTATTGGAGAGGCTCAAAGCACATTATGAATGGAGATCTGAAATTGAGAATTAGAATCCCTCGCAATGGTGGTGACTGGTTCTTCTTCAGAGCTGGTGTAGAAGTGCTGCATACCCAATGCCAGCGCGCCTCTAAACCAGCTTCAAAATCCTCCATAGATGCATTGCCATCTGTCACGATTTCCAC...
LOC130990252
ATGAAGACAGAATTCACGTTTATGGAGGTTGGCGGCAACTTATACAGTAGCATTTATTGGAGAGGCTCAAAGCACATTATGAATGGAGATCTGAAATTGAGAATTAGAATCCCTCGCAATGGTGGTGACTGGTTCTTCTTCAGAGCTGGTGTAGAAGTGCTGCATACCCAATGCCAGCGCGCCTCTAAACCAGCTTCAAAATCCTCCATAGATGCATTGCCATCTGTCACGATTTCCACCGACAAAGATATCATCTGTGC...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057770466.1
MNFVIRSMKTEFTFMEVGGNLYSSIYWRGSKHIMNGDLKLRIRIPRNGGDWFFFRAGVEVLHTQCQRASKPASKSSIDALPSVTISTDKDIICAVCTERLEEGSQTCRELPCKHLYHSDCIVPWLQRRNSCPICRHMLTHNSTQQSGDDQAIQMKRWSCLWSLGSRREKKLNLISGDAPSI
XP_057770467.1
MKTEFTFMEVGGNLYSSIYWRGSKHIMNGDLKLRIRIPRNGGDWFFFRAGVEVLHTQCQRASKPASKSSIDALPSVTISTDKDIICAVCTERLEEGSQTCRELPCKHLYHSDCIVPWLQRRNSCPICRHMLTHNSTQQSGDDQAIQMKRWSCLWSLGSRREKKLNLISGDAPSI

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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