当前解析结果
SmilChr06G001591| 统一新 Gene ID | SmilChr06G001591 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr06G001591 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr06G001591 |
| 染色体 / SeqID | Chr06 / NC_080392.1 |
| 坐标与链方向 | 17569355 - 17572136 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130990264 |
|---|---|
| GeneID | 130990264 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130990264 |
| 原始查询 | LOC130990264 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os03g0707200; species=rice; confidence=high |
| 产物 | hit=Os03g0707200; species=rice; confidence=high |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os03g0707200- identity=55.8; qcov=0.783; evalue=1.43e-125; confidence=high |
| GO | GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00892 (EamA) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130990264 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Chloroplast | 叶绿体 | 1.00000 | XP_057770480.1 |
| 2 | Chloroplast membrane | 叶绿体膜 | 1.00000 | XP_057770480.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057770480.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057770480.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057770480.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr6:17569614 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B33,D10 |
Chr6:17570214 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B56,B96,C85 |
Chr6:17570243 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D11 |
Chr6:17571821 |
ACT |
A |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B47 |
Chr6:17571821 |
ACT |
A |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B47 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057770480.1PF00892
EamA 112-236 aa
PF00892
EamA 246-385 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057770480.1 |
Pfam | PF00892 |
EamA | Domain | 112 | 236 | 3.2e-23 | 83.2 | EamA-like transporter family |
XP_057770480.1 |
Pfam | PF00892 |
EamA | Domain | 246 | 385 | 3.2e-23 | 83.2 | EamA-like transporter family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。