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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001629

染色体: Chr06 坐标: 18218045-18228064 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001629
名称SmilChr06G001629
描述probable serine/threonine-protein kinase SIS8
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向18218045 - 18228064 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990294
GeneID130990294
locus_tag-
NCBI NameLOC130990294
原始查询LOC130990294

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable serine/threonine-protein kinase SIS8
产物probable serine/threonine-protein kinase SIS8
ArabidopsisAT1G73660 (AT1G73660)
protein tyrosine kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843701]
identity=58.1; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0743500 (OJ1734_E02.18-2)
-
identity=47.3; qcov=1.1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF14381 (EDR1_CTR1_ARMC3_pept)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990294

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057770493.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057770493.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.20000 XP_057770493.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770493.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770493.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:18218800 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A2,B22,C42
Chr6:18218929 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr6:18220000 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:18222096 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B23,C64,C66
Chr6:18222659 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,A24,C13,C84
Chr6:18222668 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B125,C26,C87
Chr6:18222764 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B127,B45,C33,C41,D6
Chr6:18222806 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B62,C75
Chr6:18223306 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B113
Chr6:18223385 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B59,D2
Chr6:18223447 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:18223939 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770493.1
1032 aa
N
1
516
1032
EDR1_CTR1_ARMC3_pept
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF14381 EDR1_CTR1_ARMC3_pept 153-356 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 752-1004 aa PF00069 Pkinase 754-1002 aa
XP_057770494.1
1026 aa
N
1
513
1026
EDR1_CTR1_ARMC3_pept
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF14381 EDR1_CTR1_ARMC3_pept 153-356 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 751-998 aa PF00069 Pkinase 754-996 aa
XP_057770495.1
936 aa
N
1
468
936
EDR1_CTR1_ARMC3_pept
PK_Tyr_Ser-Thr
Pkinase
C
PF14381 EDR1_CTR1_ARMC3_pept 153-356 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 752-930 aa PF00069 Pkinase 754-931 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770493.1 Pfam PF14381 EDR1_CTR1_ARMC3_pept Domain 153 356 3e-73 246.7 EDR1/CTR1/ARMC3, peptidase-like
XP_057770493.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 752 1004 5.4e-66 223.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057770493.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 754 1002 1.2e-50 173.0 Protein kinase domain
XP_057770494.1 Pfam PF14381 EDR1_CTR1_ARMC3_pept Domain 153 356 3e-73 246.7 EDR1/CTR1/ARMC3, peptidase-like
XP_057770494.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 751 998 3.7e-64 217.2 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057770494.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 754 996 1.3e-48 166.5 Protein kinase domain
XP_057770495.1 Pfam PF14381 EDR1_CTR1_ARMC3_pept Domain 153 356 2.5e-73 246.9 EDR1/CTR1/ARMC3, peptidase-like
XP_057770495.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 752 930 2.5e-43 149.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057770495.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 754 931 1.6e-38 133.4 Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XR_009090911.1
ACTGATAGGGAGAGGACAAGTTGGAATTGGTTTTGGTTCGTCGAAAGTAAAGGAGAAAAGTGGTACAAAATTATGTGGAAGAAGTGGGTCGTATTTGTTGAAGGTCCTACTCTACTTCCCACTTGGATTGATTTTGCTGTCTCTGCAGCTACATAAGCATATGCGTATGGCTCTTTTTCCAAATTGACCAATTACAATTTTTTCCTCTTTTTTTATTTCATACTTCCTTCTCTTTCTCTCTCTTCACACAGTTCAAGATT...
XR_009090912.1
ACTGATAGGGAGAGGACAAGTTGGAATTGGTTTTGGTTCGTCGAAAGTAAAGGAGAAAAGTGGTACAAAATTATGTGGAAGAAGTGGGTCGTATTTGTTGAAGGTCCTACTCTACTTCCCACTTGGATTGATTTTGCTGTCTCTGCAGCTACATAAGCATATGCGTATGGCTCTTTTTCCAAATTGACCAATTACAATTTTTTCCTCTTTTTTTATTTCATACTTCCTTCTCTTTCTCTCTCTTCACACAGTTCAAGATT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130990294
ATGAAAAACTTTCTGAAGAAGCTTCACATAGGATCTAATCAGTCTGAAGATATAGATGCTTCTTCAACATCATCAAGGGGTACTACTAGATTGAGTGATGGTTCACCAACTGTTAAGTTATCTCACTCTAAGTCGGAGCACAAGCCATTTTCGACGATTTCGGGGTGGTTGAACTCTGTCACACATAGGCATAGTCCTAGCCCCCCATCTTCATCTAACGTGACGAAGGGGGAGAAAATGGAGCCTTCTGATTCTGTGGG...
LOC130990294
ATGAAAAACTTTCTGAAGAAGCTTCACATAGGATCTAATCAGTCTGAAGATATAGATGCTTCTTCAACATCATCAAGGGGTACTACTAGATTGAGTGATGGTTCACCAACTGTTAAGTTATCTCACTCTAAGTCGGAGCACAAGCCATTTTCGACGATTTCGGGGTGGTTGAACTCTGTCACACATAGGCATAGTCCTAGCCCCCCATCTTCATCTAACGTGACGAAGGGGGAGAAAATGGAGCCTTCTGATTCTGTGGG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057770493.1
MKNFLKKLHIGSNQSEDIDASSTSSRGTTRLSDGSPTVKLSHSKSEHKPFSTISGWLNSVTHRHSPSPPSSSNVTKGEKMEPSDSVGSSSLDAALDAVRRDSGSSNSRENEIEEEYQIQLALELSAKEDPEAVQIEAVKQISLGTCHPENTPAEVMAYRYWNYNALTYDDKILDGFYDLYGIVTDSTSSRMPSLVDLQATPVSNDISWEAILVNRQSDTKLLKLEQKAFEMGFRSRSHSVSSVTHNTVRKLATLVSDHMG...
XP_057770494.1
MKNFLKKLHIGSNQSEDIDASSTSSRGTTRLSDGSPTVKLSHSKSEHKPFSTISGWLNSVTHRHSPSPPSSSNVTKGEKMEPSDSVGSSSLDAALDAVRRDSGSSNSRENEIEEEYQIQLALELSAKEDPEAVQIEAVKQISLGTCHPENTPAEVMAYRYWNYNALTYDDKILDGFYDLYGIVTDSTSSRMPSLVDLQATPVSNDISWEAILVNRQSDTKLLKLEQKAFEMGFRSRSHSVSSVTHNTVRKLATLVSDHMG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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