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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001650

染色体: Chr06 坐标: 18705398-18709013 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001650
名称SmilChr06G001650
描述uncharacterized SmilChr06G001650
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向18705398 - 18709013 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990310
GeneID130990310
locus_tag-
NCBI NameLOC130990310
原始查询LOC130990310

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述microbial collagenase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838386]; symbol=AT1G18060; hit=AT1G18060; species=arabidopsis; confidence=high
产物microbial collagenase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838386]; symbol=AT1G18060; hit=AT1G18060; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT1G18060 (AT1G18060)
microbial collagenase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838386]
identity=68.9; qcov=0.827; evalue=1.1e-98; confidence=high
RiceOs01g0120500
-
identity=58.3; qcov=1.02; evalue=8.05e-88; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990310

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057770511.1
2 Chloroplast thylakoid 类囊体 1.00000 XP_057770511.1
3 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.80000 XP_057770511.1
4 Chloroplast thylakoid membrane 类囊体膜 0.20000 XP_057770511.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770511.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:18705507 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B28,D10
Chr6:18705567 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 C2,C24,C32,C68
Chr6:18705576 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B113,C34,C75
Chr6:18705645 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A10,B35,B80,B84
Chr6:18707449 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B113,C34,C75

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914528.1
AGTACTTTCAAAAAAAATAAAAAATACCCAAAATGCATGGTATTTTAAATGGAAAAAATGGAGATATTGACTGTGTGGCCAACACCAACGGATAGATGGCTTCTTCTCCCTCCAATTGCTTCATTGCTGCTCCTTCTCACTCCCTCGCACCTTCAATCCGCCCTCTTCACAAACCCTTCAACCTTAATCTTCCTCACAGAACAACTACTCTCAGATTCTCCTGTATACAACGTATCAGAGCTACTCTCGATGACGGGGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990310
ATGGCTTCTTCTCCCTCCAATTGCTTCATTGCTGCTCCTTCTCACTCCCTCGCACCTTCAATCCGCCCTCTTCACAAACCCTTCAACCTTAATCTTCCTCACAGAACAACTACTCTCAGATTCTCCTGTATACAACGTATCAGAGCTACTCTCGATGACGGGGCCCAAATCTCCAGCGCGCCATCAGTTCTCGTTGAGGAACAAACACAACTCGATAAGGAAGTAGAGGAGTGTGTAAGAGTGCTTAAGAATGCAGCCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770511.1
MASSPSNCFIAAPSHSLAPSIRPLHKPFNLNLPHRTTTLRFSCIQRIRATLDDGAQISSAPSVLVEEQTQLDKEVEECVRVLKNAAKTRKVPQEEILNAFTVIEKAKLDPSRFLQTLGGTESPGRTWMLVFTAEKKLARGRYFPITAIQRFDAAGKRIENGVYLGPLGSLTFEGRLSWKKRILAFIFEKIRIKVGPLNPFEVSFKGDDEREPNNSDPFFIWFYIDEEIAVARGRSGGTAFWVRCKRVAY

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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