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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr06G001657`

染色体: Chr06 坐标: 18817534-18830042 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr06G001657`
名称	SmilChr06G001657
描述	DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH3-like
染色体 / SeqID	Chr06 / NC_080392.1
坐标与链方向	18817534 - 18830042 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130990315`
GeneID	`130990315`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130990315`
原始查询	`LOC130990315`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH3-like
产物	DExH-box ATP-dependent RNA helicase DExH3-like
Arabidopsis	`AT1G48650` (AT1G48650) DEA(D/H)-box RNA helicase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841287] identity=71; qcov=0.954; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os03g0748800` - identity=66; qcov=0.896; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003723 (RNA binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005622 (intracellular anatomical structure); GO:0005634 (nucleus)
KEGG	smil03018 (RNA degradation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00035 (dsrm); PF00270 (DEAD); PF00271 (Helicase_C); PF04408 (WHD_HA2); PF07717 (OB_NTP_bind); PF21010 (HA2_C); PF26026 (RNA_hel_CTD); PF27261 (DEXH1_3_5_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130990315

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057770517.1`
2	Chloroplast	叶绿体	0.40000	`XP_057770517.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057770517.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057770517.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057770517.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr6:18818340`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A24,C22,C33,C71
`Chr6:18818446`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C36,D3
`Chr6:18818468`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C87
`Chr6:18818472`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A10,B47,C87,D5
`Chr6:18818547`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C75
`Chr6:18818590`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B111,B3,B70,C62
`Chr6:18818607`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B47,C46,D5
`Chr6:18819340`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B125,C87
`Chr6:18821094`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr6:18823753`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr6:18824925`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A2,C42
`Chr6:18824955`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B94

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770517.1

1198 aa

599

1198

DEXH1_3_5_N

DEAD

Helicase_C

WHD_HA2

HA2_C

OB_NTP_bind

RNA_hel_CTD

dsrm

PF27261 DEXH1_3_5_N 132-203 aa PF00270 DEAD 308-461 aa PF00271 Helicase_C 566-696 aa PF04408 WHD_HA2 760-788 aa PF21010 HA2_C 789-849 aa PF07717 OB_NTP_bind 915-997 aa PF26026 RNA_hel_CTD 1005-1063 aa PF00035 dsrm 1099-1161 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057770517.1`	Pfam	`PF27261`	DEXH1_3_5_N	Domain	132	203	1.2e-35	122.2	DEXH1_3_5, N-terminal domain
`XP_057770517.1`	Pfam	`PF00270`	DEAD	Domain	308	461	3.2e-09	37.4	DEAD/DEAH box helicase
`XP_057770517.1`	Pfam	`PF00271`	Helicase_C	Domain	566	696	1.7e-13	51.5	Helicase conserved C-terminal domain
`XP_057770517.1`	Pfam	`PF04408`	WHD_HA2	Domain	760	788	1.7e-09	38.2	Helicase associated domain (HA2), winged-helix
`XP_057770517.1`	Pfam	`PF21010`	HA2_C	Domain	789	849	6e-16	59.4	Helicase associated domain (HA2), ratchet-like
`XP_057770517.1`	Pfam	`PF07717`	OB_NTP_bind	Domain	915	997	3.2e-18	66.4	Oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB)-fold
`XP_057770517.1`	Pfam	`PF26026`	RNA_hel_CTD	Domain	1005	1063	1.1e-19	70.7	C-terminal domain in RNA helicases
`XP_057770517.1`	Pfam	`PF00035`	dsrm	Domain	1099	1161	1.8e-09	38.7	Double-stranded RNA binding motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA

XR_009090920.1
AGTGAGCGGCATGAAACCAGGTGTTACCTTACCTCCTTAAACCCTAACGACAATTCCCACACAGCATCAACGCCATGTCTTTTCACATACAACACATACTGCTTATGACGTATTAGCATGCCTTTCTCCTCCATGTTCCTCCAAAATTTCTTCAAACCCAAGCTCACAGCTATGTCTCTGGCCCATCTCACATGTCCCACAAAATCGTGGTCCTCCGCTGTCACGGCGTACCGCAGGCTTCACAATTTGTACCCAAGAAC...

XR_009090919.1
AGTGAGCGGCATGAAACCAGGTGTTACCTTACCTCCTTAAACCCTAACGACAATTCCCACACAGCATCAACGCCATGTCTTTTCACATACAACACATACTGCTTATGACGTATTAGCATGCCTTTCTCCTCCATGTTCCTCCAAAATTTCTTCAAACCCAAGCTCACAGCTATGTCTCTGGCCCATCTCACATGTCCCACAAAATCGTGGTCCTCCGCTGTCACGGCGTACCGCAGGCTTCACAATTTGTACCCAAGAAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130990315
ATGCCTTTCTCCTCCATGTTCCTCCAAAATTTCTTCAAACCCAAGCTCACAGCTATGTCTCTGGCCCATCTCACATGTCCCACAAAATCGTGGTCCTCCGCTGTCACGGCGTACCGCAGGCTTCACAATTTGTACCCAAGAACTCAAAGTAGGAATCTGCTGACAGGCTTCGTTTTTTCCTGCTATGCTTCATCTTCATCTTCGTCTTCGTCTTCGTCTTCTGTTGTGGTGAGGCGCAGCAGAAATGCTGCTTCTACGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057770517.1
MPFSSMFLQNFFKPKLTAMSLAHLTCPTKSWSSAVTAYRRLHNLYPRTQSRNLLTGFVFSCYASSSSSSSSSSSVVVRRSRNAASTFSSPQFYQHNLGYGRFAYDEYASEESDCEVQSSSKQLGSSTLDNVEDWQWKLTTLLRRKDEQEMVSREKKDRRDFEQLSALATRMGLHCRQYDRVVVFSKVPLPNYRSDLDSKRPQREVVLPFGLQKEVNSHLRAHLARKAVNKENLHNAYPASNVGQSQLIDEGLEEQEVSST...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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