Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr01G003142

染色体: Chr01 坐标: 50252800-50259192 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr01G003142
名称SmilChr01G003142
描述alanine aminotransferase 2-like
染色体 / SeqIDChr01 / NC_080387.1
坐标与链方向50252800 - 50259192 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990331
GeneID130990331
locus_tag-
NCBI NameLOC130990331
原始查询LOC130990331

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述alanine aminotransferase 2-like
产物alanine aminotransferase 2-like
ArabidopsisAT1G72330 (ALAAT2)
alanine aminotransferase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843565]
identity=75.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs10g0390500 (ALAAT)
-
identity=78; qcov=0.821; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004021 (L-alanine:2-oxoglutarate transaminase activity); GO:0009058 (biosynthetic process); GO:0030170 (pyridoxal phosphate binding)
KEGGsmil00220 (Arginine biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00250 (Alanine, aspartate and glutamate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00710 (Carbon fixation by Calvin cycle - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01200 (Carbon metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01210 (2-Oxocarboxylic acid metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01230 (Biosynthesis of amino acids - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00155 (Aminotran_1_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990331

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 1.00000 XP_057770544.1
2 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057770537.1
3 Chloroplast stroma 叶绿体基质 0.20000 XP_057770528.1
4 Mitochondrion matrix 线粒体基质 0.20000 XP_057770537.1
5 Peroxisome 过氧化物酶体 0.20000 XP_057770528.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr1:50253215 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr1:50255802 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B46,B64,C56
Chr1:50255817 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C12
Chr1:50255817 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 C12
Chr1:50255819 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr1:50255889 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D7
Chr1:50256015 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,C37
Chr1:50256231 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B100
Chr1:50256395 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B103,C37
Chr1:50256605 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C10
Chr1:50256636 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B2,C71,D7
Chr1:50256882 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770528.1
579 aa
N
1
290
579
Aminotran_1_2
C
PF00155 Aminotran_1_2 256-555 aa
XP_057770537.1
554 aa
N
1
277
554
Aminotran_1_2
C
PF00155 Aminotran_1_2 178-530 aa
XP_057770544.1
453 aa
N
1
226
453
Aminotran_1_2
C
PF00155 Aminotran_1_2 178-443 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770528.1 Pfam PF00155 Aminotran_1_2 Domain 256 555 4.3e-35 122.3 Aminotransferase class I and II
XP_057770537.1 Pfam PF00155 Aminotran_1_2 Domain 178 530 4.7e-39 135.3 Aminotransferase class I and II
XP_057770544.1 Pfam PF00155 Aminotran_1_2 Domain 178 443 6.8e-31 108.5 Aminotransferase class I and II

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914554.1
GCAAATTCTAGGCCAAATTTTTTGAGGTTTCGCAAAGTATAAAAAGTTTGGTCGGCAAGTAATCCTTAAACAATTCATCGCCCCCTTCCCCGTTTTCCTCGTCTCTATTGCGAAAAGATTAAATCTTTGGCCAGCAGAGGAAAAACCCAGAAATTTATTACGTATAAATCCACAATGCGGAAATTTGCAGCCGAAAAATCCAAAAATTTATTAGCCCACAGGAAAATCTTAGCTGTCGGTGTGCGGCAGCCCACCGCTTC...
XM_057914561.1
GAGGTTTCGCAAAGTATAAAAAGTTTGGTCGGCAAGTAATCCTTAAACAATTCATCGCCCCCTTCCCCGTTTTCCTCGTCTCTATTGCGAAAAGATTAAATCTTTGGCCAGCAGAGGAAAAACCCAGAAATTTATTACGTATAAATCCACAATGCGGAAATTTGCAGCCGAAAAATCCAAAAATTTATTAGCCCACAGGAAAATCTTAGCTGTCGGTGTGCGGCAGCCCACCGCTTCACTCATCTCATCTCCATCTCAAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130990331
ATGCGGAAATTTGCAGCCGAAAAATCCAAAAATTTATTAGCCCACAGGAAAATCTTAGCTGTCGGTGTGCGGCAGCCCACCGCTTCACTCATCTCATCTCCATCTCAATCCCTTTCACATCATAACTTGCTGCCCCATTCGTCGCTTCTCTTGCGATTCCTGAGCACTGCTGCTGCGAATACCTCTGCCCCTTCTGAATCCATGGCTTCTGATTATTCCTCCACCCCTGTTAAGATTGATTCGATCAATCCTAAGGTTTT...
LOC130990331
ATGCGGAAATTTGCAGCCGAAAAATCCAAAAATTTATTAGCCCACAGGAAAATCTTAGCTGTCGGTGTGCGGCAGCCCACCGCTTCACTCATCTCATCTCCATCTCAATCCCTTTCACATCATAACTTGCTGCCCCATTCGTCGCTTCTCTTGCGATTCCTGAGCACTGCTGCTGCGAATACCTCTGCCCCTTCTGAATCCATGGCTTCTGATTATTCCTCCACCCCTGTTAAGATTGATTCGATCAATCCTAAGGTTTT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057770528.1
MRKFAAEKSKNLLAHRKILAVGVRQPTASLISSPSQSLSHHNLLPHSSLLLRFLSTAAANTSAPSESMASDYSSTPVKIDSINPKVLECEYAVRGEIVNLAQKLQEDLKVNPDTHPFDEIIYCNIGNPQSLGQQPITFFREVLALCDHPAILDKAETQGIFSADSIERAFQILDQIPGRATGAYSHSQGIKGLRDTICAGIEARDGFPADPNDIFLTDGASPAVFTKPYLSITVQTKFDITTFVFFFQVHMMMQLLIRSE...
XP_057770537.1
MRKFAAEKSKNLLAHRKILAVGVRQPTASLISSPSQSLSHHNLLPHSSLLLRFLSTAAANTSAPSESMASDYSSTPVKIDSINPKVLECEYAVRGEIVNLAQKLQEDLKVNPDTHPFDEIIYCNIGNPQSLGQQPITFFREVLALCDHPAILDKAETQGIFSADSIERAFQILDQIPGRATGAYSHSQGIKGLRDTICAGIEARDGFPADPNDIFLTDGASPAVHMMMQLLIRSEDDGILCPIPQYPLYSASIALHGGSL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器