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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001676

染色体: Chr06 坐标: 19038756-19052342 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001676
名称SmilChr06G001676
描述serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A beta isoform-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向19038756 - 19052342 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990335
GeneID130990335
locus_tag-
NCBI NameLOC130990335
原始查询LOC130990335

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A beta isoform-like
产物serine/threonine-protein phosphatase 2A 65 kDa regulatory subunit A beta isoform-like
ArabidopsisAT3G25800 (PP2AA2)
protein phosphatase 2A subunit A2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822171]
identity=84.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0249700 (PP2A-A)
-
identity=82.3; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000159 (protein phosphatase type 2A complex); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006470 (protein dephosphorylation); GO:0019888 (protein phosphatase regulator activity)
KEGGsmil03015 (mRNA surveillance pathway - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04382 (Cornified envelope formation - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF02985 (HEAT); PF12755 (Vac14_Fab1_bd); PF22646 (PPP2R1A-like_HEAT); PF22956 (PIK3R4-like_middle); PF25757 (TPR_DNAAF5)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990335

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057770534.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057770534.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057770534.1
4 Cytoskeleton 细胞骨架 0.20000 XP_057770534.1
5 Phragmoplast Phragmoplast 0.20000 XP_057770534.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:19039399 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B84
Chr6:19040750 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr6:19042130 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,C42
Chr6:19042770 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,C42
Chr6:19043411 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr6:19047725 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B107
Chr6:19047744 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 D10,D11
Chr6:19049041 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C13

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770534.1
587 aa
N
1
294
587
PIK3R4-like_middle
Vac14_Fab1_bd
HEAT
TPR_DNAAF5
PPP2R1A-like_HEAT
HEAT
C
PF22956 PIK3R4-like_middle 197-308 aa PF12755 Vac14_Fab1_bd 235-300 aa PF02985 HEAT 242-270 aa PF25757 TPR_DNAAF5 269-485 aa PF22646 PPP2R1A-like_HEAT 275-351 aa PF02985 HEAT 281-309 aa
XP_057770535.1
587 aa
N
1
294
587
PIK3R4-like_middle
Vac14_Fab1_bd
HEAT
TPR_DNAAF5
PPP2R1A-like_HEAT
HEAT
C
PF22956 PIK3R4-like_middle 197-308 aa PF12755 Vac14_Fab1_bd 235-300 aa PF02985 HEAT 242-270 aa PF25757 TPR_DNAAF5 269-485 aa PF22646 PPP2R1A-like_HEAT 275-351 aa PF02985 HEAT 281-309 aa
XP_057770536.1
587 aa
N
1
294
587
PIK3R4-like_middle
Vac14_Fab1_bd
HEAT
TPR_DNAAF5
PPP2R1A-like_HEAT
HEAT
C
PF22956 PIK3R4-like_middle 197-308 aa PF12755 Vac14_Fab1_bd 235-300 aa PF02985 HEAT 242-270 aa PF25757 TPR_DNAAF5 269-485 aa PF22646 PPP2R1A-like_HEAT 275-351 aa PF02985 HEAT 281-309 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770534.1 Pfam PF22956 PIK3R4-like_middle Repeat 197 308 4.4e-31 108.7 PIK3R4-like, middle domain
XP_057770534.1 Pfam PF12755 Vac14_Fab1_bd Repeat 235 300 8e-13 49.6 Vacuolar 14 Fab1-binding region
XP_057770534.1 Pfam PF02985 HEAT Repeat 242 270 3.7e-56 182.4 HEAT repeat
XP_057770534.1 Pfam PF25757 TPR_DNAAF5 Repeat 269 485 1.4e-10 41.6 Dynein axonemal assembly factor 5-like, TPR repeats
XP_057770534.1 Pfam PF22646 PPP2R1A-like_HEAT Repeat 275 351 3.1e-50 169.2 PPP2R1A-like HEAT repeat
XP_057770534.1 Pfam PF02985 HEAT Repeat 281 309 3.7e-56 182.4 HEAT repeat
XP_057770535.1 Pfam PF22956 PIK3R4-like_middle Repeat 197 308 4.4e-31 108.7 PIK3R4-like, middle domain
XP_057770535.1 Pfam PF12755 Vac14_Fab1_bd Repeat 235 300 8e-13 49.6 Vacuolar 14 Fab1-binding region
XP_057770535.1 Pfam PF02985 HEAT Repeat 242 270 3.7e-56 182.4 HEAT repeat
XP_057770535.1 Pfam PF25757 TPR_DNAAF5 Repeat 269 485 1.4e-10 41.6 Dynein axonemal assembly factor 5-like, TPR repeats
XP_057770535.1 Pfam PF22646 PPP2R1A-like_HEAT Repeat 275 351 3.1e-50 169.2 PPP2R1A-like HEAT repeat
XP_057770535.1 Pfam PF02985 HEAT Repeat 281 309 3.7e-56 182.4 HEAT repeat
XP_057770536.1 Pfam PF22956 PIK3R4-like_middle Repeat 197 308 4.4e-31 108.7 PIK3R4-like, middle domain
XP_057770536.1 Pfam PF12755 Vac14_Fab1_bd Repeat 235 300 8e-13 49.6 Vacuolar 14 Fab1-binding region
XP_057770536.1 Pfam PF02985 HEAT Repeat 242 270 3.7e-56 182.4 HEAT repeat
XP_057770536.1 Pfam PF25757 TPR_DNAAF5 Repeat 269 485 1.4e-10 41.6 Dynein axonemal assembly factor 5-like, TPR repeats
XP_057770536.1 Pfam PF22646 PPP2R1A-like_HEAT Repeat 275 351 3.1e-50 169.2 PPP2R1A-like HEAT repeat
XP_057770536.1 Pfam PF02985 HEAT Repeat 281 309 3.7e-56 182.4 HEAT repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914553.1
AGATGCTCTTAATAAGCAAAATTTTAATTACCCTTACAATAAAGAAAAGTAGAAAAAATTGAATATAAATATAGAATTAAAACACACGCCTCCTACCTTGAACAAAACATTCCACTTGTGATTACTGTGATCACACCTCCAATTTACAACTCAGAAAAATTTCAATTCAAGGTTCCGGTATTCTGAAATCCCATGGCGGCAGCTGGTGAGCCTCTGTACCCAATTGTTGTTCTGATCGATGAGCTTAAGAATGAGGACAT...
XM_057914552.1
AGATGCTCTTAATAAGCAAAATTTTAATTACCCTTACAATAAAGAAAAGTAGAAAAAATTGAATATAAATATAGAATTAAAACACACGCCTCCTACCTTGAACAAAACATTCCACTTGTGATTACTGTGATCACACCTCCAATTTACAACTCAGAAAAATTTCAATTCAAGGTTCCGGTATTCTGAAATCCCATGGCGGCAGCTGGTGAGCCTCTGTACCCAATTGTTGTTCTGATCGATGAGCTTAAGAATGAGGACAT...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC130990335
ATGGCGGCAGCTGGTGAGCCTCTGTACCCAATTGTTGTTCTGATCGATGAGCTTAAGAATGAGGACATTCAGCTAAGATTGAATTCTATCCGCCGGCTTTCCACAATTGCTCGGGCACTTGGGGAGGAGAGGACCCGGAAGGAGCTGATCCCGTTTATGATTGAGAATAATGATGATGATGATGAAGTACTTCTTGCAATGGCTGAGGCTGTGGGGAATCTTATTCCATATGTTGGTGGAGTTGAGCACGCTAGTGTGTT...
LOC130990335
ATGGCGGCAGCTGGTGAGCCTCTGTACCCAATTGTTGTTCTGATCGATGAGCTTAAGAATGAGGACATTCAGCTAAGATTGAATTCTATCCGCCGGCTTTCCACAATTGCTCGGGCACTTGGGGAGGAGAGGACCCGGAAGGAGCTGATCCCGTTTATGATTGAGAATAATGATGATGATGATGAAGTACTTCTTGCAATGGCTGAGGCTGTGGGGAATCTTATTCCATATGTTGGTGGAGTTGAGCACGCTAGTGTGTT...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057770534.1
MAAAGEPLYPIVVLIDELKNEDIQLRLNSIRRLSTIARALGEERTRKELIPFMIENNDDDDEVLLAMAEAVGNLIPYVGGVEHASVLLAPLEGLCSVEESSVREKAVASLCQIGSQMRESDLVEFFVPLVKRLAVGEWFTARVSSCGLFHIAYPSAPENIKNELRTIYGQLCQDDMPMVRRAAATNLGKFAATVEPSHLKTNIMSMFGDLTQDDQDSVRLLAVEGCVSIGKLLGPQDCASQILPDIINFSQDKSWRVRYM...
XP_057770535.1
MAAAGEPLYPIVVLIDELKNEDIQLRLNSIRRLSTIARALGEERTRKELIPFMIENNDDDDEVLLAMAEAVGNLIPYVGGVEHASVLLAPLEGLCSVEESSVREKAVASLCQIGSQMRESDLVEFFVPLVKRLAVGEWFTARVSSCGLFHIAYPSAPENIKNELRTIYGQLCQDDMPMVRRAAATNLGKFAATVEPSHLKTNIMSMFGDLTQDDQDSVRLLAVEGCVSIGKLLGPQDCASQILPDIINFSQDKSWRVRYM...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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