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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001680

染色体: Chr06 坐标: 19068117-19073100 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001680
名称SmilChr06G001680
描述uncharacterized SmilChr06G001680
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向19068117 - 19073100 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990339
GeneID130990339
locus_tag-
NCBI NameLOC130990339
原始查询LOC130990339

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os11g0307600; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os11g0307600; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs11g0307600
-
identity=24.7; qcov=0.595; evalue=2.26e-15; confidence=weak
GO-
KEGG-
PfamPF29561 (DUF8566)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990339

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770539.1
2 Chromosome 染色体 0.40000 XP_057770539.1
3 Telomere 端粒 0.20000 XP_057770541.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770539.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770539.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:19068341 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B119,B130,C74
Chr6:19068345 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B119
Chr6:19068350 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C42
Chr6:19068353 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,C26
Chr6:19069075 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,B48
Chr6:19069076 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B125,C87
Chr6:19069081 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B118,B8
Chr6:19069254 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B14,B59
Chr6:19069261 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr6:19069406 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 74 A14,A15,A18,A19,A22,A23,A6,B105,B11,B117,B118,B121,B126,B127,B128,B129,B133,B136,B137,B140,B17,B23,B24,B25,B28,B3,B30,B32,B41,B45,B63,B69,B7,B70,B72,B80,B81,B83,B86,B9,B97,C14,C15,C17,C2,C20,C21,C23,C24,C25,C26,C27,C28,C3,C33,C34,C36,C38,C40,C42,C45,C54,C57,C6,C63,C65,C67,C71,C79,C81,C83,C84,C9,D2
Chr6:19069416 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 3 B131,B92,C57
Chr6:19069416 TG T 1bp_deletion CDS_variant 3 B131,B92,C57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770539.1
560 aa
N
1
280
560
DUF8566
C
PF29561 DUF8566 152-354 aa
XP_057770540.1
560 aa
N
1
280
560
DUF8566
C
PF29561 DUF8566 152-354 aa
XP_057770541.1
540 aa
N
1
270
540
DUF8566
C
PF29561 DUF8566 132-334 aa
XP_057770542.1
489 aa
N
1
244
489
DUF8566
C
PF29561 DUF8566 81-283 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770539.1 Pfam PF29561 DUF8566 Domain 152 354 1.3e-53 182.5 Domain of unknown function (DUF8566)
XP_057770540.1 Pfam PF29561 DUF8566 Domain 152 354 1.3e-53 182.5 Domain of unknown function (DUF8566)
XP_057770541.1 Pfam PF29561 DUF8566 Domain 132 334 1.2e-53 182.7 Domain of unknown function (DUF8566)
XP_057770542.1 Pfam PF29561 DUF8566 Domain 81 283 9.6e-54 183.0 Domain of unknown function (DUF8566)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914557.1
CCAATAACATAATTCCATAGAACCGAAAAATTAAATAAAATAATACTACTAATTATGTTGAGTATGAATTGCAAAGTATTTGATGCAGATTTTCAGTCTCTCTCTCTCTCTCTTCAATTATAACCTACGAAATAACTCTTCCATCTTCTTCACTCACAAACGGCGGAAGAAGTAGGGTTCGATTGTAGTTTCTGATTCCAGCGACGGCGGGACAATGGCGAGGACGAAGAATGCAACGGCAGCGCGAGGCAAAAGCAAAG...
XM_057914556.1
CCAATAACATAATTCCATAGAACCGAAAAATTAAATAAAATAATACTACTAATTATGTTGAGTATGAATTGCAAAGTATTTGATGCAGATTTTCAGTCTCTCTCTCTCTCTCTTCAATTATAACCTACGAAATAACTCTTCCATCTTCTTCACTCACAAACGGCGGAAGAAGTAGGGTTCGATTGTAGTTTCTGATTCCAGCGACGGCGGGACAATGGCGAGGACGAAGAATGCAACGGCAGCGCGAGGCAAAAGCAAAG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130990339
ATGGCGAGGACGAAGAATGCAACGGCAGCGCGAGGCAAAAGCAAAGAAGTGAGTAAAGACAAACAAATCCATGAGAATCCCAAAACTGGAGTTACGAACTGCCAAGCAACTAAAGTTCATACGAAGAACAAGGGAAAAGGTGTGTTGCAAAGTTCTGGATCCGAAGCTGATGTAACGAATTTTGAAGTTCGTACAAAACATAAGAACGATCCTTTAATGGTTGAATTAAAAAGGGCTGTATTTGCAGCCAATGCTCGTAA...
LOC130990339
ATGGCGAGGACGAAGAATGCAACGGCAGCGCGAGGCAAAAGCAAAGAAGTGAGTAAAGACAAACAAATCCATGAGAATCCCAAAACTGGAGTTACGAACTGCCAAGCAACTAAAGTTCATACGAAGAACAAGGGAAAAGGTGTGTTGCAAAGTTCTGGATCCGAAGCTGATGTAACGAATTTTGAAGTTCGTACAAAACATAAGAACGATCCTTTAATGGTTGAATTAAAAAGGGCTGTATTTGCAGCCAATGCTCGTAA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057770539.1
MARTKNATAARGKSKEVSKDKQIHENPKTGVTNCQATKVHTKNKGKGVLQSSGSEADVTNFEVRTKHKNDPLMVELKRAVFAANARKRKANEIGGSSGDIPIQQPDNIVVSDAPLSPVAMAKKIRKEKRQASLENYKQLQVRPAEDYPSLFTRSTPCVMYKAVREMSDLQHFAVAQMGFDHLLELLVKDMPGKLNYWLLDRFNYKRCEIQLSCGTKIPVTADDVYRVFGFPNGGKEMPLLNRDDTTPLLEQWRAFFPNTN...
XP_057770540.1
MARTKNATAARGKSKEVSKDKQIHENPKTGVTNCQATKVHTKNKGKGVLQSSGSEADVTNFEVRTKHKNDPLMVELKRAVFAANARKRKANEIGGSSGDIPIQQPDNIVVSDAPLSPVAMAKKIRKEKRQASLENYKQLQVRPAEDYPSLFTRSTPCVMYKAVREMSDLQHFAVAQMGFDHLLELLVKDMPGKLNYWLLDRFNYKRCEIQLSCGTKIPVTADDVYRVFGFPNGGKEMPLLNRDDTTPLLEQWRAFFPNTN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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