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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001690

染色体: Chr06 坐标: 19261291-19278693 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001690
名称SmilChr06G001690
描述protein PLANT CADMIUM RESISTANCE 7-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向19261291 - 19278693 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990346
GeneID130990346
locus_tag-
NCBI NameLOC130990346
原始查询LOC130990346

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein PLANT CADMIUM RESISTANCE 7-like
产物protein PLANT CADMIUM RESISTANCE 7-like
ArabidopsisAT1G49030 (AT1G49030)
PLAC8 family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841326]
identity=55.8; qcov=0.639; evalue=3.53e-56; confidence=high
RiceOs03g0830400 (OSJNBb0027B08.17)
-
identity=51.3; qcov=0.463; evalue=1.76e-40; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF04749 (PLAC8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990346

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057770550.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770550.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770550.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770550.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770550.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:19261559 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A14,B82
Chr6:19261657 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,B9
Chr6:19261801 A ACC 2bp_insertion frameshift_variant 4 A15,B9,C23,C38
Chr6:19261801 A ACC 2bp_insertion CDS_variant 4 A15,B9,C23,C38
Chr6:19261822 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr6:19273260 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,C42
Chr6:19273277 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr6:19278450 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B9,C23,C38

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770550.1
244 aa
N
1
122
244
PLAC8
C
PF04749 PLAC8 108-206 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770550.1 Pfam PF04749 PLAC8 Family 108 206 4.5e-30 105.3 PLAC8 family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914567.1
ATCCTTACGTACATTACATATATAATGGAGATAAAATAGATAGCTACACAAATCAAAATCTATAAATAAAACTCCTTTAATTTATATGGTAATAGATTTATATCTTTATAACACTTTTCTCATCGACTAATTCAAAGGTTACCTTCCCACTTATATAAGAAGAGGTAGATAATCATATCATATCCATCAAAATTCCTTGTTTAGGAAATTAAAAAAAAACAAAAAACATATGGGGCGCGTCGAAGAAATCCCTCAAAGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990346
ATGGGGCGCGTCGAAGAAATCCCTCAAAGCCCCGCCGCCGGCACTATCGACGACGCTCCTCCTCCTTCTCCGCCCGACGAAGATCTTTACGAGCCGCCTGCCGACTACCAACCACCTTCTGCAGCCAAAAAGCCGCCGCCGCCGCCTCGGCCCTTCCCTCCTCTACAAGCTGATGATAAACCACAACATTTCCCTCCTCCTCAACCTTTCCCTCCAAATCAGTATTGTCAACCCCAACAAAATCTAAATTTTCCACAACA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770550.1
MGRVEEIPQSPAAGTIDDAPPPSPPDEDLYEPPADYQPPSAAKKPPPPPRPFPPLQADDKPQHFPPPQPFPPNQYCQPQQNLNFPQQQFMQPPQRIQMGFVAQENEPWKSHLFDCMKNPQNAIITLLFPCVTFGQIAEILDNGSTSCATSGILYSCIAFCIGMPCLMSCGYRSKLRAKFGLVESPAPDCLIHCFCEYCALCQEYRELEDRGFDPSIGHAGNEAKQQRQRLQQFGMTPPMQQRMM

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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