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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001705

染色体: Chr06 坐标: 19604607-19607924 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001705
名称SmilChr06G001705
描述G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase B120
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向19604607 - 19607924 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990356
GeneID130990356
locus_tag-
NCBI NameLOC130990356
原始查询LOC130990356

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase B120
产物G-type lectin S-receptor-like serine/threonine-protein kinase B120
ArabidopsisAT4G21390 (B120)
S-locus lectin protein kinase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827891]
identity=51.1; qcov=0.907; evalue=4.2e-115; confidence=high
RiceOs02g0710500
-
identity=51.7; qcov=0.842; evalue=9.72e-116; confidence=high
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990356

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057770559.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057770559.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057770559.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770559.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770559.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:19604823 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C74,D10
Chr6:19604894 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B113,B132,B8,C3,C7
Chr6:19604944 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B113,B132,B8,C3,C7
Chr6:19606090 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,C58
Chr6:19606421 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C2,C32,C68
Chr6:19606437 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C64
Chr6:19606473 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B47,C46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770559.1
386 aa
N
1
193
386
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00069 Pkinase 46-248 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 49-312 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770559.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 46 248 4.7e-44 151.5 Protein kinase domain
XP_057770559.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 49 312 5.8e-46 157.6 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914576.1
TAATTCAAACGTGTCAAAGGGAACGAAGGGAGTACTAATAATCTCAACGTCTTTGACCATTCTTTCTCTTGATCCTTTAATGAATTTGCATTGTAGCTTCCTCAAAGGAAACTTTAACCTGGATTTTAGTGTGGGGGTTTGGAGAAAGCCACCGCAGCTTTCTCTTTGATGCCTCTATGAGACTGTTTTCCGACATGTGTGGTTGTCTTCGCCGCCGGCTGAGCGCCACCGCCGCCGACGACTCCGCCGCCGAGGATACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990356
ATGAGACTGTTTTCCGACATGTGTGGTTGTCTTCGCCGCCGGCTGAGCGCCACCGCCGCCGACGACTCCGCCGCCGAGGATACCTCCGGTTTGTTCTACAAGCTCGAGACGCTGCAAATAGCTACTAACTTCTTCTCCGAGCTGAACCAGCTCGGCCATGGCGGCTTCGGCCCCGTCTACAAGGGATTGATGTCAAATGGTCAAGAAGTTGCTGTGAAAAAGTTATCCTTGGATTCAAGACAAGGGATTAGAGAATTCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770559.1
MRLFSDMCGCLRRRLSATAADDSAAEDTSGLFYKLETLQIATNFFSELNQLGHGGFGPVYKGLMSNGQEVAVKKLSLDSRQGIREFTNEVKLLLRVQHKNLVMLLGCCAEGPEKMLIYEYLPNRSLDYFLFDKKQSALLDWTKRFHIVKGIARGLLYLHEEAPERIIHRDIKCSNILLDDQLNPKISDFGLARLFPGEETHLNTFRISGTHGYMAPEYAIHGYLSVKTDVFSFGVLLLEIVTGRKNHDKLLGAERADLLH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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