Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001709

染色体: Chr06 坐标: 19645195-19660888 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001709
名称SmilChr06G001709
描述histone deacetylase 15-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向19645195 - 19660888 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990361
GeneID130990361
locus_tag-
NCBI NameLOC130990361
原始查询LOC130990361

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述histone deacetylase 15-like
产物histone deacetylase 15-like
ArabidopsisAT3G18520 (HDA15)
histone deacetylase 15 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821382]
identity=62.7; qcov=0.939; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0164100 (HDA704)
-
identity=58.2; qcov=0.941; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000118 (histone deacetylase complex); GO:0004407 (histone deacetylase activity); GO:0006325 (chromatin organization); GO:0016575 (GO:0016575)
KEGG-
PfamPF00850 (Hist_deacetyl)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990361

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770561.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057770561.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770563.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770563.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770563.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:19645563 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr6:19646246 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A19,B131,B52,C37,C43
Chr6:19646301 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,B107
Chr6:19649276 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,D4
Chr6:19649595 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,D4
Chr6:19655695 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C1
Chr6:19657023 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A21,D4
Chr6:19657041 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C38
Chr6:19660123 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:19660268 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr6:19660723 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A3,B140,B50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770561.1
555 aa
N
1
278
555
Hist_deacetyl
C
PF00850 Hist_deacetyl 174-463 aa
XP_057770562.1
553 aa
N
1
276
553
Hist_deacetyl
C
PF00850 Hist_deacetyl 174-463 aa
XP_057770563.1
553 aa
N
1
276
553
Hist_deacetyl
C
PF00850 Hist_deacetyl 172-461 aa
XP_057770565.1
544 aa
N
1
272
544
Hist_deacetyl
C
PF00850 Hist_deacetyl 163-452 aa
XP_057770566.1
542 aa
N
1
271
542
Hist_deacetyl
C
PF00850 Hist_deacetyl 163-452 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770561.1 Pfam PF00850 Hist_deacetyl Domain 174 463 1.2e-90 304.6 Histone deacetylase domain
XP_057770562.1 Pfam PF00850 Hist_deacetyl Domain 174 463 1.1e-90 304.7 Histone deacetylase domain
XP_057770563.1 Pfam PF00850 Hist_deacetyl Domain 172 461 1.1e-90 304.7 Histone deacetylase domain
XP_057770565.1 Pfam PF00850 Hist_deacetyl Domain 163 452 1.1e-90 304.7 Histone deacetylase domain
XP_057770566.1 Pfam PF00850 Hist_deacetyl Domain 163 452 1.1e-90 304.7 Histone deacetylase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914579.1
TATTATACTGTAGAGCGTTTTTCAACACCTAGGTATTCTCAGTTTTCTCCCCGTAGTCCTGATTCCCCGTTTCTCGACTGTGCTGTGCTGAGCTCTGCTGCTCTTTCCTTCTCTCTCTAGACTTGCCACAGTCGTCACCCCGCTGAAATGAGTCGTTTCAAAGAGGAAGAGATTGGAACTCGTCTTCGAAATGGAGACTCAGCGCCGCTCGCAGAAGCTGCCTCAAGCAACTCCTTCAAACCACATTTAGCTGAACAAAA...
XM_057914578.1
TATTATACTGTAGAGCGTTTTTCAACACCTAGGTATTCTCAGTTTTCTCCCCGTAGTCCTGATTCCCCGTTTCTCGACTGTGCTGTGCTGAGCTCTGCTGCTCTTTCCTTCTCTCTCTAGACTTGCCACAGTCGTCACCCCGCTGAAATGAGTCGTTTCAAAGAGGAAGAGATTGGAACTCGTCTTCGAAATGGAGACTCAGCGCCGCTCGCAGAAGCTGCCTCAAGCAACTCCTTCAAACCACATTTAGCTGAACAAAA...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
LOC130990361
ATGAGTCGTTTCAAAGAGGAAGAGATTGGAACTCGTCTTCGAAATGGAGACTCAGCGCCGCTCGCAGAAGCTGCCTCAAGCAACTCCTTCAAACCACATTTAGCTGAACAAAAAAACGGCAAGAGGAAGAGTGATATGTCTCTAGAAGAAATGTACAACAGCCAATACGATTTTGGAGATGATGAGGACGACGACAGTGATTGGGAGCCTTCGGCCTTACCAGCTCACAGTGTTGTCGAAATTCCTAAGTGGTTTTGCCT...
LOC130990361
ATGAGTCGTTTCAAAGAGGAAGAGATTGGAACTCGTCTTCGAAATGGAGACTCAGCGCCGCTCGCAGAAGCTGCCTCAAGCAACTCCTTCAAACCACATTTAGCTGAACAAAAAAACGGCAAGAGGAAGAGTGATATGTCTCTAGAAGAAATGTACAACAGCCAATACGATTTTGGAGATGATGAGGACGACGACAGTGATTGGGAGCCTTCGGCCTTACCAGCTCACAGTGTTGTCGAAATTCCTAAGTGGTTTTGCCT...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057770561.1
MSRFKEEEIGTRLRNGDSAPLAEAASSNSFKPHLAEQKNGKRKSDMSLEEMYNSQYDFGDDEDDDSDWEPSALPAHSVVEIPKWFCLNCTMLNIGDDSHCDVCGEHRESGILKRGFVSSASSREVVTQNGAHAADGLQDPHPLMQSIASDNPTAIGFDERMLLHEEVVMKSHPHPERPDRLRAIAASLATTGIFPGRCHPISAREITQEELLKVHSLENIEAVEITSRVFSSYFTPDTYANQYSATAARLAAGLCFDLAA...
XP_057770562.1
MSRFKEEEIGTRLRNGDSAPLAEAASSNSFKPHLAEQKNGKRKSDMSLEEMYNSQYDFGDDEDDDSDWEPSALPAHSVVEIPKWFCLNCTMLNIGDDSHCDVCGEHRESGILKRGFVSSASSREVVTQNGAHAADGLQDPHPLMQSIASDNPTAIGFDERMLLHEEVVMKSHPHPERPDRLRAIAASLATTGIFPGRCHPISAREITQEELLKVHSLENIEAVEITSRVFSSYFTPDTYANQYSATAARLAAGLCFDLAA...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器