Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr06G001717

染色体: Chr06 坐标: 19781952-19784201 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr06G001717
名称SmilChr06G001717
描述NAC domain-containing protein 79-like
染色体 / SeqIDChr06 / NC_080392.1
坐标与链方向19781952 - 19784201 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130990369
GeneID130990369
locus_tag-
NCBI NameLOC130990369
原始查询LOC130990369

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述NAC domain-containing protein 79-like
产物NAC domain-containing protein 79-like
ArabidopsisAT3G18400 (NAC058)
NAC domain containing protein 58 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821369]
identity=53.3; qcov=1.16; evalue=1.23e-96; confidence=high
RiceOs03g0624600 (ONAC006)
-
identity=72.6; qcov=0.651; evalue=5.53e-94; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF02365 (NAM)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130990369

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057770574.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057770574.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057770574.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057770574.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057770574.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr6:19782236 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,C58
Chr6:19782264 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C32
Chr6:19782264 GA G 1bp_deletion CDS_variant 1 C32
Chr6:19782519 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A21
Chr6:19782789 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B64
Chr6:19783875 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B131,B52,B77,C37,C43
Chr6:19783977 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057770574.1
275 aa
N
1
138
275
NAM
C
PF02365 NAM 7-131 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057770574.1 Pfam PF02365 NAM Family 7 131 1.3e-49 168.5 No apical meristem (NAM) protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057914591.1
ATCTTTGTCAAAGTGTTAGCTGTAAATATCTAAATAAACAAAGACTTTATAGTAAGGGAGAAGAAGAGGCTTGCCGCTGAAGGATGAATTGGGAAAAACTATCAAGTTAATAAGAAGGGGCCATTAGTAGCCGGCTCTGGATGCTGCCCTCCGTACTCGATCAAATAACGACACGAACACGACACGTTCTGATATATGGAGGAAACTCAGCTTCCTCCGGGGTTCAGATTCCACCCCACGGATGAAGAGCTCATCACTTA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130990369
ATGGAGGAAACTCAGCTTCCTCCGGGGTTCAGATTCCACCCCACGGATGAAGAGCTCATCACTTACTACCTTACCAATAAAGTGTCGGATTTCGAGTTCACCACTAGGGCTGTTGCCGATGTTGATCTTAACAAGTGCGAGCCTTGGGATCTCCCAGCGAAAGCATCAATGGGAGAAAGAGAGTGGTACTTCTTCAGCCTGCGAGATCGGAAGTACCCGACGGGGCTGCGCACGAACCGGGCGACGGAGGCCGGGTACTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057770574.1
MEETQLPPGFRFHPTDEELITYYLTNKVSDFEFTTRAVADVDLNKCEPWDLPAKASMGEREWYFFSLRDRKYPTGLRTNRATEAGYWKTTGKDKEIFRGSALVGMKKTLVFYRGRAPKGEKTNWVMHEYRLHNKLSFKPSKEEWVVCRIFQKTAAVKRPQQTPPSPPDDSPSFGMPVPPSPLQNYNTNDANVISSWNAADAALSSWPLSLSMNSLLLTALQLRGHQPDNYGLMPFGNHEFGASSFNMGSTSGVVDSLPQP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器